More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1389 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 289 aa  605  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  41.22 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 283 aa  198  7.999999999999999e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  41.76 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  37.99 
 
 		 292 aa  188  9e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  37.68 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.91 
 
 		 283 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 320 aa  165  9e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  38.22 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  34.86 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  35.27 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  37.4 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  36.09 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 300 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 319 aa  132  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  32.45 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 314 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 312 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 285 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  49.4 
 
 		 259 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  25.54 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 301 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.11 
 
 		 288 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.18 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  43.68 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  45.12 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.84 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  43.33 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  45.12 
 
 		 296 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 290 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 299 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  43.9 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  27.4 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.63 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 329 aa  67  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  37.38 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  39.56 
 
 		 412 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.47 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1416  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.813304  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 301 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 297 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1809  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.02 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000134184 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 307 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  37.08 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  34.48 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  25.98 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  40.51 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>