More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4503 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  100 
 
 		 492 aa  997    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  85.51 
 
 		 492 aa  865    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  79.75 
 
 		 492 aa  811    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  65.15 
 
 		 507 aa  662    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  85.51 
 
 		 492 aa  865    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  84.08 
 
 		 492 aa  852    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  85.51 
 
 		 492 aa  865    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  79.88 
 
 		 492 aa  790    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  98.17 
 
 		 492 aa  982    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  83.47 
 
 		 492 aa  847    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  58.7 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  56.59 
 
 		 520 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  56.74 
 
 		 520 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  55.65 
 
 		 527 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  55.44 
 
 		 521 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  55.44 
 
 		 521 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  55.44 
 
 		 521 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  50.62 
 
 		 516 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  50.31 
 
 		 522 aa  485  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  51.24 
 
 		 503 aa  477  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  50.41 
 
 		 510 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  48.98 
 
 		 510 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  49.18 
 
 		 510 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  49.18 
 
 		 510 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  49.18 
 
 		 510 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  50.21 
 
 		 510 aa  442  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  46.04 
 
 		 507 aa  435  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 487 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 487 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  46.07 
 
 		 487 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  46.28 
 
 		 487 aa  435  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  46.07 
 
 		 528 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 487 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 487 aa  435  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  49.17 
 
 		 510 aa  435  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  45.04 
 
 		 505 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  45.02 
 
 		 505 aa  412  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  45.02 
 
 		 505 aa  412  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  43.22 
 
 		 489 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  43.22 
 
 		 489 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  43.22 
 
 		 499 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  43.72 
 
 		 484 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 499 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 524 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  43.22 
 
 		 499 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  43.22 
 
 		 506 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 506 aa  396  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 516 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  44.49 
 
 		 508 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 474 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 532 aa  376  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  43.84 
 
 		 510 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 506 aa  369  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  41.24 
 
 		 509 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  45.44 
 
 		 506 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 503 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  40.75 
 
 		 502 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  43.97 
 
 		 488 aa  350  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 501 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 501 aa  349  6e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 502 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 504 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 493 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 498 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  40.29 
 
 		 512 aa  330  3e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 496 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 499 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 508 aa  326  7e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  38.27 
 
 		 494 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  40.75 
 
 		 496 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  38.68 
 
 		 502 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  38.68 
 
 		 502 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  38.48 
 
 		 502 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  41.16 
 
 		 496 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 480 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  39.21 
 
 		 502 aa  320  5e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  39.58 
 
 		 572 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 506 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 506 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 530 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  34.4 
 
 		 494 aa  263  4.999999999999999e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 512 aa  263  6.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 503 aa  261  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 531 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 534 aa  256  6e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 533 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 518 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  33.4 
 
 		 516 aa  253  4.0000000000000004e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  33.47 
 
 		 548 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  32.79 
 
 		 555 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 522 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  31.76 
 
 		 528 aa  233  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  35.46 
 
 		 522 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  35.79 
 
 		 522 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 515 aa  219  8.999999999999998e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 515 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  52 
 
 		 1262 aa  178  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.16 
 
 		 664 aa  174  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.76 
 
 		 313 aa  174  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>