More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7335 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 245 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  79.59 
 
 		 255 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  80 
 
 		 245 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  83.27 
 
 		 245 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  82.04 
 
 		 245 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  83.27 
 
 		 245 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  79.18 
 
 		 245 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  65.31 
 
 		 245 aa  335  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 248 aa  325  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  63.56 
 
 		 251 aa  317  9e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  63.56 
 
 		 251 aa  317  9e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 		 246 aa  315  6e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  61.22 
 
 		 249 aa  311  3.9999999999999997e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  61.54 
 
 		 251 aa  310  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 260 aa  307  1.0000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  57.09 
 
 		 268 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  59.11 
 
 		 259 aa  299  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 247 aa  298  4e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  56.68 
 
 		 272 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 247 aa  298  8e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  60.24 
 
 		 253 aa  296  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  58.63 
 
 		 252 aa  288  6e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  58.78 
 
 		 249 aa  287  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  55.06 
 
 		 247 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 250 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  58.23 
 
 		 250 aa  281  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  59.04 
 
 		 250 aa  278  5e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  55.1 
 
 		 278 aa  277  1e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 246 aa  268  5e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 254 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 257 aa  260  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  53.41 
 
 		 255 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  53.41 
 
 		 255 aa  255  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  52.65 
 
 		 254 aa  255  5e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  54.76 
 
 		 261 aa  254  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 254 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  51.41 
 
 		 259 aa  251  6e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  48.36 
 
 		 245 aa  241  7.999999999999999e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  54.62 
 
 		 257 aa  238  5.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 		 258 aa  238  9e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 		 245 aa  236  2e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  53.63 
 
 		 255 aa  235  5.0000000000000005e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  46.31 
 
 		 245 aa  231  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 		 243 aa  224  1e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 270 aa  201  8e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  46.5 
 
 		 271 aa  194  9e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  46.5 
 
 		 271 aa  194  9e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  44.94 
 
 		 259 aa  188  7e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 259 aa  187  9e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  42.39 
 
 		 259 aa  186  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 264 aa  186  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  45.9 
 
 		 261 aa  186  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 		 269 aa  185  5e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 261 aa  185  5e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  40.74 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 244 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  40.74 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  42.39 
 
 		 264 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  43.48 
 
 		 261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 263 aa  179  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  43.48 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 256 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  41.67 
 
 		 289 aa  178  5.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  178  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 244 aa  178  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 261 aa  177  9e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 264 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  44.12 
 
 		 262 aa  176  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  42.39 
 
 		 276 aa  176  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 270 aa  176  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  176  4e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 261 aa  175  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 264 aa  175  6e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  175  7e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  175  8e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  174  9e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  174  9e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 270 aa  174  9e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  41.87 
 
 		 270 aa  174  9e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 270 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 250 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 271 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  41.08 
 
 		 269 aa  173  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 270 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>