More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2237 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1786  TonB-dependent receptor  44.68 
 
 		 824 aa  682    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57125  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2237  TonB domain-containing protein  100 
 
 		 797 aa  1635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.441448  normal  0.673807 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0955  TonB-dependent receptor  43.97 
 
 		 802 aa  630  1e-179  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00125718 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0305  TonB-dependent receptor  42.21 
 
 		 805 aa  621  1e-176  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.165406 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7039  TonB-dependent receptor  40.59 
 
 		 821 aa  591  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0654  TonB-dependent receptor  40.42 
 
 		 826 aa  579  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8022  TonB-dependent receptor  40.42 
 
 		 825 aa  579  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4265  TonB-dependent receptor  39.59 
 
 		 868 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.585484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7523  TonB-dependent receptor  40.31 
 
 		 825 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322865  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4800  TonB-dependent receptor  39.23 
 
 		 848 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6779  TonB-dependent receptor  39.95 
 
 		 825 aa  572  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0248517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2714  TonB-dependent receptor  38.54 
 
 		 856 aa  568  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.360758  normal  0.210323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3150  TonB-dependent receptor  40.35 
 
 		 807 aa  547  1e-154  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1853  TonB-dependent receptor  36.91 
 
 		 839 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.239373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2188  TonB-dependent receptor  36.91 
 
 		 841 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0518679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1804  TonB-dependent receptor  36.79 
 
 		 839 aa  515  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.451169 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0896  TonB-dependent receptor  36.24 
 
 		 775 aa  483  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2074  TonB domain-containing protein  35.59 
 
 		 741 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2037  TonB-dependent receptor  36.78 
 
 		 821 aa  451  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  35.69 
 
 		 741 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0687  TonB-dependent receptor  35.23 
 
 		 772 aa  441  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  33.13 
 
 		 769 aa  429  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0864  TonB-dependent receptor  35.2 
 
 		 760 aa  427  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  34.73 
 
 		 777 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  34.73 
 
 		 777 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  34.57 
 
 		 777 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  34.36 
 
 		 788 aa  411  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3599  TonB-dependent receptor  34.43 
 
 		 822 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  33.76 
 
 		 801 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1253  TonB-dependent receptor  31.9 
 
 		 778 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.393341 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1862  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 773 aa  360  8e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.610045  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2103  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 873 aa  356  1e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210734  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1926  TonB-dependent receptor  30.91 
 
 		 779 aa  353  5.9999999999999994e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2497  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 873 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.842174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2662  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 781 aa  326  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  30.99 
 
 		 787 aa  321  3.9999999999999996e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5422  TonB-dependent receptor  30.9 
 
 		 770 aa  304  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2292  OM receptor TonB  27.91 
 
 		 935 aa  303  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1787  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 		 813 aa  289  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7407  ferrienterobactin-like protein  29.61 
 
 		 775 aa  248  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1351  TonB-dependent receptor  36.6 
 
 		 1188 aa  190  8e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.32258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2031  TonB-dependent receptor, plug  36.76 
 
 		 317 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.773657 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  20.98 
 
 		 730 aa  79.7  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 716 aa  74.7  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2950  TonB-dependent siderophore receptor  25.99 
 
 		 720 aa  73.2  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  26.45 
 
 		 716 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 709 aa  72.4  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 766 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.77 
 
 		 728 aa  72.8  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  29.71 
 
 		 706 aa  72  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  29.71 
 
 		 706 aa  71.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  29.71 
 
 		 721 aa  71.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  33.14 
 
 		 731 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  29.71 
 
 		 706 aa  71.6  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  29.71 
 
 		 706 aa  71.6  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  31.49 
 
 		 700 aa  70.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 700 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  31.49 
 
 		 700 aa  70.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 700 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 700 aa  70.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 700 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 700 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 		 688 aa  68.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  23.32 
 
 		 727 aa  68.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 700 aa  68.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 700 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 715 aa  68.2  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 706 aa  67.8  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  25.94 
 
 		 718 aa  67.8  0.0000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 717 aa  67.8  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0508  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 764 aa  67  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.786517  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.53 
 
 		 710 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0874  TonB-dependent siderophore receptor  24.57 
 
 		 840 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708566 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0102  TonB-dependent siderophore receptor  21.96 
 
 		 755 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058066  normal  0.995779 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  26.22 
 
 		 713 aa  65.9  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  21.89 
 
 		 688 aa  65.5  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 706 aa  65.5  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 634 aa  65.1  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4025  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 826 aa  65.1  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 705 aa  63.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 		 700 aa  63.9  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  26.1 
 
 		 702 aa  63.9  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  26.1 
 
 		 702 aa  63.9  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.03 
 
 		 681 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 786 aa  62.4  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 675 aa  62.8  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 742 aa  62  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 705 aa  62  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 678 aa  62  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 766 aa  60.8  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 715 aa  61.2  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58570  putative outer membrane ferric siderophore receptor  30 
 
 		 753 aa  60.8  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0227  TonB-dependent siderophore receptor  24.43 
 
 		 738 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.373801 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  21.28 
 
 		 711 aa  60.5  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0845  TonB-dependent siderophore receptor  23.97 
 
 		 703 aa  60.8  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0700  TonB-dependent siderophore receptor  22.24 
 
 		 776 aa  60.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0376627  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2044  TonB-dependent receptor  31.76 
 
 		 776 aa  60.8  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 787 aa  59.3  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12430  TonB-dependent siderophore receptor  29.13 
 
 		 753 aa  59.3  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.396509  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  21.38 
 
 		 656 aa  58.9  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>