More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0297 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0297  hypothetical protein  100 
 
 		 286 aa  580  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.633779  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4198  NLP/P60 protein  68.57 
 
 		 285 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4487  NLP/P60 protein  66.79 
 
 		 285 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3361  NLP/P60 protein  66.07 
 
 		 288 aa  392  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3951  NLP/P60  57.45 
 
 		 286 aa  323  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.613547  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2179  NLP/P60 family protein  53.17 
 
 		 290 aa  304  9.000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2091  NLP/P60 family protein  53.17 
 
 		 290 aa  304  9.000000000000001e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.611915  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0732  NLP/P60 protein  51.41 
 
 		 286 aa  292  4e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1265  NLP/P60 family protein  46.43 
 
 		 284 aa  254  8e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0858  NLP/P60 protein  50.75 
 
 		 286 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0257977  normal  0.028426 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0817  NLP/P60 protein  50.37 
 
 		 286 aa  248  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.391542  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0280  NLP/P60 protein  50.9 
 
 		 279 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1116  NLP/P60 protein  51.72 
 
 		 294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19125  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4311  NLP/P60 protein  47.22 
 
 		 286 aa  243  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.201596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0782  NLP/P60 protein  48.88 
 
 		 286 aa  243  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0488091 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1776  NLP/P60  45.17 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.390211  normal  0.0674552 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3041  NLP/P60 protein  46.59 
 
 		 288 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.241785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4208  NLP/P60 protein  44.65 
 
 		 281 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.200815  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1127  NLP/P60 protein  44.69 
 
 		 286 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.111374 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2154  NLP/P60 protein  48.66 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.749613 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3721  NLP/P60  44.65 
 
 		 303 aa  222  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0244  NLP/P60 protein  42.59 
 
 		 289 aa  218  7e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3528  NLP/P60  46.39 
 
 		 283 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0383  NLP/P60  43.46 
 
 		 281 aa  216  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7040  NLP/P60 family protein  46.67 
 
 		 279 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.732055 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0293  cell wall-associated hydrolase  43.17 
 
 		 281 aa  209  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0430  NLP/P60 protein  40.44 
 
 		 283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4584  NLP/P60 protein  43.06 
 
 		 276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0105  NLP/P60  41.57 
 
 		 278 aa  194  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0039  NLP/P60 protein  43.01 
 
 		 270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1380  hypothetical protein  43.01 
 
 		 271 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0096  NLP/P60 protein  38.43 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0048  NLP/P60 protein  43.01 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3233  NLP/P60 protein  42.75 
 
 		 279 aa  177  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3454  NLP/P60  42.86 
 
 		 246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2708  NLP/P60 protein  35.23 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0712  cell wall-associated hydrolase  38.75 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.507156 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1111  NLP/P60  38.46 
 
 		 295 aa  139  4.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  hitchhiker  0.00442968 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3657  NLP/P60 protein  32.17 
 
 		 385 aa  105  8e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3172  NLP/P60 protein  29.88 
 
 		 335 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2577  cell wall-associated hydrolase  29.69 
 
 		 333 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.164117  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2862  NLP/P60 family protein  30.95 
 
 		 333 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2855  NLP/P60 family protein  29.69 
 
 		 333 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136718 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2878  NLP/P60 family protein  30.48 
 
 		 333 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0584446  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2897  NLP/P60 family protein  29.26 
 
 		 333 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2658  NLP/P60 family protein  29.26 
 
 		 333 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.209758  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2849  NLP/P60 family protein  29.26 
 
 		 333 aa  95.9  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2609  cell wall-associated hydrolase  29.26 
 
 		 333 aa  95.5  8e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.652367  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1936  NLP/P60 protein  30.09 
 
 		 333 aa  95.5  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.782262  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2432  NLP/P60 family protein  30 
 
 		 333 aa  94  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.899635 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2651  NLP/P60 protein  29.52 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.398316  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2224  NLP/P60  27.46 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.231098  hitchhiker  0.0000179311 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1049  NLP/P60 protein  27.98 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4057  NLP/P60  26.64 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144265  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3326  NLP/P60 protein  28.73 
 
 		 346 aa  80.9  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0910486  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3201  NLP/P60 protein  28.22 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.234486  normal  0.143067 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3592  NLP/P60 protein  25.76 
 
 		 345 aa  80.5  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4613  NLP/P60 protein  25.31 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5440  NLP/P60 protein  28.87 
 
 		 263 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.737943 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3759  NLP/P60 protein  29.35 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.159293 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1954  lipoprotein; cell wall-associated hydrolase  26.64 
 
 		 259 aa  75.5  0.0000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.370488  normal  0.0479966 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2413  NLP/P60  27.68 
 
 		 337 aa  75.5  0.0000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000144369  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  30.7 
 
 		 245 aa  75.5  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11858  dipeptidyl peptidase VI  25.22 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.706852  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  28.57 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2432  NLP/P60 protein  42.25 
 
 		 391 aa  66.2  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18950  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  40.66 
 
 		 556 aa  66.2  0.0000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.10475 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2736  NLP/P60 protein  34.31 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09540  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  39.78 
 
 		 280 aa  65.5  0.0000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623217  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31170  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  37.82 
 
 		 270 aa  65.5  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000817725  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2277  NLP/P60 family lipoprotein  40.23 
 
 		 267 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1813  NLP/P60 protein  23.97 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03920  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  29.19 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2365  NLP/P60:sporulation-related protein  37.25 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3257  NLP/P60 protein  39.08 
 
 		 269 aa  63.2  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2321  NLP/P60 protein  29.03 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0696  PgdS peptidase. cysteine peptidase. MEROPS family C40  27.71 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3043  NLP/P60 protein  34.02 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.166608  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0184  NLP/P60  39.22 
 
 		 174 aa  62.4  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  39.42 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0061  NLP/P60 family lipoprotein  41.98 
 
 		 154 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03360  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  28.27 
 
 		 580 aa  62  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1592  NLP/P60  42.35 
 
 		 171 aa  61.6  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.098676  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  36.26 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1003  NLP/P60 protein  39.08 
 
 		 269 aa  62  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0480  NLP/P60 protein  42.53 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0218691  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1506  NLP/P60 protein  40.48 
 
 		 524 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.483483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0792  NLP/P60 protein  39.36 
 
 		 535 aa  60.8  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0403  Nlp/P60 family protein  23.69 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.000865774  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2074  NLP/P60 protein  42.25 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.591046  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2262  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  43.21 
 
 		 388 aa  60.5  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2104  NLP/P60  32.69 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.178668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  30.77 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000104581  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0058  NLP/P60 protein  41.25 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1239  NLP/P60  31.94 
 
 		 362 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00968494  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0063  NLP/P60 protein  40.74 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  35.34 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1256  NLP/P60 protein  31.94 
 
 		 362 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.589306 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0878  NLP/P60 protein  29.63 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00112829 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4296  NLP/P60 protein  41.25 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.346407  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>