249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3454 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3454  NLP/P60  100 
 
 		 246 aa  499  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0105  NLP/P60  46.89 
 
 		 278 aa  228  9e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1380  hypothetical protein  49.79 
 
 		 271 aa  211  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0048  NLP/P60 protein  49.79 
 
 		 270 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0039  NLP/P60 protein  46.06 
 
 		 270 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2708  NLP/P60 protein  47.93 
 
 		 282 aa  196  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4311  NLP/P60 protein  43.43 
 
 		 286 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.201596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4208  NLP/P60 protein  46.72 
 
 		 281 aa  188  7e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.200815  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0280  NLP/P60 protein  48.51 
 
 		 279 aa  188  7e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_004310  BR2179  NLP/P60 family protein  45.06 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2091  NLP/P60 family protein  45.06 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.611915  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0293  cell wall-associated hydrolase  46.64 
 
 		 281 aa  184  9e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3041  NLP/P60 protein  46.96 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.241785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1116  NLP/P60 protein  43.43 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19125  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3233  NLP/P60 protein  42.98 
 
 		 279 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1776  NLP/P60  45.81 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.390211  normal  0.0674552 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0782  NLP/P60 protein  42.34 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0488091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0858  NLP/P60 protein  43.32 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0257977  normal  0.028426 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0383  NLP/P60  46.41 
 
 		 281 aa  175  5e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2154  NLP/P60 protein  45.45 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.749613 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0817  NLP/P60 protein  42.91 
 
 		 286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.391542  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0297  hypothetical protein  42.86 
 
 		 286 aa  172  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.633779  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0732  NLP/P60 protein  44.63 
 
 		 286 aa  171  9e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0430  NLP/P60 protein  43.21 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0244  NLP/P60 protein  39.29 
 
 		 289 aa  166  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3721  NLP/P60  45.66 
 
 		 303 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4198  NLP/P60 protein  41.67 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1127  NLP/P60 protein  41.7 
 
 		 286 aa  165  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.111374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3528  NLP/P60  46.05 
 
 		 283 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3951  NLP/P60  40.68 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.613547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7040  NLP/P60 family protein  45.13 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.732055 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1265  NLP/P60 family protein  40.62 
 
 		 284 aa  158  9e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4487  NLP/P60 protein  40.8 
 
 		 285 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4584  NLP/P60 protein  43.5 
 
 		 276 aa  156  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3361  NLP/P60 protein  41.94 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0096  NLP/P60 protein  38.74 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0712  cell wall-associated hydrolase  37.5 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.507156 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1111  NLP/P60  37.56 
 
 		 295 aa  104  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  hitchhiker  0.00442968 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3657  NLP/P60 protein  30.68 
 
 		 385 aa  86.7  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1049  NLP/P60 protein  26.78 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1954  lipoprotein; cell wall-associated hydrolase  30.71 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.370488  normal  0.0479966 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3201  NLP/P60 protein  31.62 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.234486  normal  0.143067 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4057  NLP/P60  27.27 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144265  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  33.7 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4613  NLP/P60 protein  26.91 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5440  NLP/P60 protein  30.88 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.737943 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11858  dipeptidyl peptidase VI  27.78 
 
 		 249 aa  68.2  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.706852  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2658  NLP/P60 family protein  23.89 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.209758  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2609  cell wall-associated hydrolase  23.89 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.652367  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2577  cell wall-associated hydrolase  23.89 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.164117  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2432  NLP/P60 family protein  24.38 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.899635 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2849  NLP/P60 family protein  23.89 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2855  NLP/P60 family protein  23.89 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136718 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3592  NLP/P60 protein  25.77 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2862  NLP/P60 family protein  24.51 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2897  NLP/P60 family protein  23.48 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2878  NLP/P60 family protein  24.28 
 
 		 333 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2413  NLP/P60  24.3 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000144369  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2651  NLP/P60 protein  23.14 
 
 		 333 aa  62.4  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.398316  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3326  NLP/P60 protein  30.77 
 
 		 346 aa  62  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0910486  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3074  NLP/P60 protein  38.83 
 
 		 116 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1936  NLP/P60 protein  24.11 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.782262  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3172  NLP/P60 protein  26.64 
 
 		 335 aa  58.5  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4077  NLP/P60 protein  30.43 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.0063374  normal  0.206509 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0184  NLP/P60  41.75 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1159  NLP/P60 protein  32.11 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.944138  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1657  cell wall-associated hydrolase  31.96 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.388437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3759  NLP/P60 protein  27.05 
 
 		 314 aa  56.6  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.159293 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1813  NLP/P60 protein  25.95 
 
 		 258 aa  55.5  0.0000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09540  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  40.28 
 
 		 280 aa  55.1  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623217  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2224  NLP/P60  27.96 
 
 		 309 aa  54.7  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.231098  hitchhiker  0.0000179311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8043  Cell wall-associated hydrolase (invasion- associated protein)-like protein  35.87 
 
 		 210 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.433259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03920  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  28.06 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31170  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  41.56 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000817725  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07830  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  37.8 
 
 		 372 aa  53.5  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2022  NLP/P60 protein  32.56 
 
 		 242 aa  53.9  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.321386 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2100  NLP/P60 protein  36.56 
 
 		 302 aa  53.1  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.660776  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3000  NLP/P60 protein  40.22 
 
 		 463 aa  53.1  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.487438  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2151  NLP/P60 protein  26.44 
 
 		 424 aa  52.4  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000325506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3365  NLP/P60 protein  30.39 
 
 		 342 aa  52.4  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2041  NLP/P60 protein  26.74 
 
 		 284 aa  52.4  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000350881  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3056  NLP/P60 protein  23.61 
 
 		 347 aa  52  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000688808  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1816  NLP/P60 protein  44.26 
 
 		 330 aa  52  0.000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00581974  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1368  NLP/P60 protein  28.43 
 
 		 346 aa  52  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00025517  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1216  NLP/P60 protein  41.03 
 
 		 212 aa  51.2  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000177513  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2262  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  42.86 
 
 		 388 aa  50.8  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01906  outer membrane lipoprotein  38.46 
 
 		 221 aa  50.1  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.211693  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  28.03 
 
 		 211 aa  50.4  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1783  NLP/P60 protein  37.97 
 
 		 317 aa  50.1  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.114987  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0896  NLP/P60 protein  29.41 
 
 		 342 aa  50.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000013444  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0573  NLP/P60 protein  33.02 
 
 		 388 aa  49.3  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.774962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2452  NLP/P60  33.33 
 
 		 241 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2497  NLP/P60 protein  33.33 
 
 		 241 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2489  NLP/P60 protein  33.33 
 
 		 221 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0999493  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0670  NLP/P60 protein  38.55 
 
 		 207 aa  49.3  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.160252 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0175  cell wall endopeptidase, family M23/M37  32.43 
 
 		 1048 aa  49.3  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.131665  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4909  NLP/P60 protein  33.33 
 
 		 335 aa  49.3  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2940  NLP/P60 protein  33.33 
 
 		 217 aa  49.3  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.284799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0057  lipoprotein  36 
 
 		 174 aa  49.3  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438446  hitchhiker  0.00939156 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1599  NLP/P60 protein  33.33 
 
 		 368 aa  48.9  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0891153 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>