More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1776 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1776  NLP/P60  100 
 
 		 294 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.390211  normal  0.0674552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4208  NLP/P60 protein  83.87 
 
 		 281 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.200815  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3528  NLP/P60  80.78 
 
 		 283 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3721  NLP/P60  72.89 
 
 		 303 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0293  cell wall-associated hydrolase  66.19 
 
 		 281 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0383  NLP/P60  64.75 
 
 		 281 aa  362  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7040  NLP/P60 family protein  65.47 
 
 		 279 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.732055 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0280  NLP/P60 protein  59.07 
 
 		 279 aa  310  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1116  NLP/P60 protein  54.51 
 
 		 294 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19125  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1127  NLP/P60 protein  51.24 
 
 		 286 aa  271  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.111374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3041  NLP/P60 protein  48.78 
 
 		 288 aa  253  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.241785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2154  NLP/P60 protein  52.46 
 
 		 294 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.749613 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0858  NLP/P60 protein  49.46 
 
 		 286 aa  242  6e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0257977  normal  0.028426 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4311  NLP/P60 protein  49.12 
 
 		 286 aa  241  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.201596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0817  NLP/P60 protein  49.1 
 
 		 286 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.391542  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0782  NLP/P60 protein  48.06 
 
 		 286 aa  237  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0488091 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0297  hypothetical protein  45.17 
 
 		 286 aa  231  9e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.633779  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4198  NLP/P60 protein  45.94 
 
 		 285 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0244  NLP/P60 protein  45.36 
 
 		 289 aa  226  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1265  NLP/P60 family protein  41.28 
 
 		 284 aa  218  7.999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3951  NLP/P60  43.11 
 
 		 286 aa  216  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.613547  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4487  NLP/P60 protein  43.46 
 
 		 285 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2179  NLP/P60 family protein  41.7 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2091  NLP/P60 family protein  41.7 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.611915  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0430  NLP/P60 protein  43.97 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0732  NLP/P60 protein  38.87 
 
 		 286 aa  197  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4584  NLP/P60 protein  45.52 
 
 		 276 aa  195  7e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3361  NLP/P60 protein  40.64 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0039  NLP/P60 protein  45.88 
 
 		 270 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0105  NLP/P60  41.64 
 
 		 278 aa  192  5e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0096  NLP/P60 protein  43.66 
 
 		 312 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3454  NLP/P60  45.81 
 
 		 246 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1380  hypothetical protein  43.19 
 
 		 271 aa  178  7e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0048  NLP/P60 protein  43.19 
 
 		 270 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2708  NLP/P60 protein  42.22 
 
 		 282 aa  168  9e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3233  NLP/P60 protein  41.49 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0712  cell wall-associated hydrolase  39.5 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.507156 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1111  NLP/P60  36.33 
 
 		 295 aa  122  7e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  hitchhiker  0.00442968 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3592  NLP/P60 protein  31.1 
 
 		 345 aa  97.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3657  NLP/P60 protein  32.36 
 
 		 385 aa  93.2  5e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1049  NLP/P60 protein  28.14 
 
 		 250 aa  88.2  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2224  NLP/P60  32.79 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.231098  hitchhiker  0.0000179311 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1954  lipoprotein; cell wall-associated hydrolase  28.08 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.370488  normal  0.0479966 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3172  NLP/P60 protein  28.79 
 
 		 335 aa  84  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2432  NLP/P60 family protein  28.57 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.899635 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1936  NLP/P60 protein  28.98 
 
 		 333 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.782262  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2862  NLP/P60 family protein  29.18 
 
 		 333 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4613  NLP/P60 protein  26.7 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2651  NLP/P60 protein  27.94 
 
 		 333 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.398316  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2658  NLP/P60 family protein  27.49 
 
 		 333 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.209758  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2849  NLP/P60 family protein  27.49 
 
 		 333 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2897  NLP/P60 family protein  27.49 
 
 		 333 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2878  NLP/P60 family protein  27.94 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0584446  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2609  cell wall-associated hydrolase  27.49 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.652367  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2577  cell wall-associated hydrolase  27.49 
 
 		 333 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.164117  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2855  NLP/P60 family protein  28.29 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136718 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1813  NLP/P60 protein  24.72 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4057  NLP/P60  27.47 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144265  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11858  dipeptidyl peptidase VI  25 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.706852  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  32.77 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3201  NLP/P60 protein  26.14 
 
 		 260 aa  69.7  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.234486  normal  0.143067 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2413  NLP/P60  29.25 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000144369  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2277  NLP/P60 family lipoprotein  33.81 
 
 		 267 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09540  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  44.94 
 
 		 280 aa  67.4  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623217  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2432  NLP/P60 protein  38.32 
 
 		 391 aa  67  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  40.95 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31170  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  41.76 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000817725  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1159  NLP/P60 protein  31.97 
 
 		 210 aa  65.5  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.944138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3257  NLP/P60 protein  34.57 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2736  NLP/P60 protein  40.62 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5440  NLP/P60 protein  25.54 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.737943 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1644  lipoprotein NlpC  31.71 
 
 		 153 aa  63.9  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1825  lipoprotein NlpC  34.58 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1787  NLP/P60 protein  41.11 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149372  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1003  NLP/P60 protein  33.95 
 
 		 269 aa  63.2  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0184  NLP/P60  41.94 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  34.55 
 
 		 205 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1605  NLP/P60 protein  34.29 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0609  NLP/P60 protein  44.09 
 
 		 495 aa  62  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00032953 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  30.95 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2022  NLP/P60 protein  37.08 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.321386 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1658  hypothetical protein  34.29 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.110646  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2074  NLP/P60 protein  33.33 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.591046  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0091  NLP/P60  31.15 
 
 		 170 aa  60.5  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3326  NLP/P60 protein  43.84 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0910486  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  31.96 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000104581  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2283  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  41.05 
 
 		 222 aa  59.7  0.00000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0670  NLP/P60 protein  28.24 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.160252 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8043  Cell wall-associated hydrolase (invasion- associated protein)-like protein  40.23 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.433259  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0573  NLP/P60 protein  37.04 
 
 		 388 aa  59.3  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.774962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0724  NLP/P60 protein  38.95 
 
 		 419 aa  58.9  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673085  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03920  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  31.11 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2365  NLP/P60:sporulation-related protein  36.67 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2041  NLP/P60 protein  40.66 
 
 		 284 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000350881  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1506  NLP/P60 protein  33.61 
 
 		 524 aa  58.9  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.483483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0175  cell wall endopeptidase, family M23/M37  29.69 
 
 		 1048 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.131665  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2262  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  36.36 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0870  NLP/P60 protein  37.62 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1368  NLP/P60 protein  28.91 
 
 		 346 aa  57.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00025517  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0883  NLP/P60 protein  33.33 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.201792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>