More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1127 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1127  NLP/P60 protein  100 
 
 		 286 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.111374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3041  NLP/P60 protein  62.11 
 
 		 288 aa  338  5.9999999999999996e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.241785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1116  NLP/P60 protein  57.95 
 
 		 294 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19125  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0280  NLP/P60 protein  55.12 
 
 		 279 aa  278  8e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0817  NLP/P60 protein  51.25 
 
 		 286 aa  275  6e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.391542  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0858  NLP/P60 protein  51.25 
 
 		 286 aa  275  9e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0257977  normal  0.028426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2154  NLP/P60 protein  55.56 
 
 		 294 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.749613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1776  NLP/P60  51.24 
 
 		 294 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.390211  normal  0.0674552 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0782  NLP/P60 protein  50 
 
 		 286 aa  271  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0488091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3721  NLP/P60  52.86 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4311  NLP/P60 protein  50.7 
 
 		 286 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.201596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4208  NLP/P60 protein  49.64 
 
 		 281 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.200815  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3951  NLP/P60  49.29 
 
 		 286 aa  262  6e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.613547  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0293  cell wall-associated hydrolase  48.21 
 
 		 281 aa  259  3e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0244  NLP/P60 protein  48.03 
 
 		 289 aa  258  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3528  NLP/P60  48.4 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0383  NLP/P60  48.04 
 
 		 281 aa  252  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2179  NLP/P60 family protein  47.04 
 
 		 290 aa  246  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2091  NLP/P60 family protein  47.04 
 
 		 290 aa  246  3e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.611915  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0732  NLP/P60 protein  45.19 
 
 		 286 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7040  NLP/P60 family protein  47.86 
 
 		 279 aa  232  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.732055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4198  NLP/P60 protein  46.13 
 
 		 285 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0297  hypothetical protein  44.69 
 
 		 286 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.633779  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3361  NLP/P60 protein  44.93 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4487  NLP/P60 protein  44.28 
 
 		 285 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0105  NLP/P60  43.93 
 
 		 278 aa  214  9e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4584  NLP/P60 protein  45.52 
 
 		 276 aa  209  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0430  NLP/P60 protein  46.04 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1265  NLP/P60 family protein  39.15 
 
 		 284 aa  199  3e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0039  NLP/P60 protein  41.07 
 
 		 270 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2708  NLP/P60 protein  41.73 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0096  NLP/P60 protein  39.01 
 
 		 312 aa  170  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1380  hypothetical protein  40.7 
 
 		 271 aa  169  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0048  NLP/P60 protein  40.31 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3454  NLP/P60  41.7 
 
 		 246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3233  NLP/P60 protein  39.93 
 
 		 279 aa  162  9e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0712  cell wall-associated hydrolase  38.43 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.507156 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1111  NLP/P60  37.88 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  hitchhiker  0.00442968 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3592  NLP/P60 protein  28.78 
 
 		 345 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3657  NLP/P60 protein  27.44 
 
 		 385 aa  90.9  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1049  NLP/P60 protein  26.29 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4613  NLP/P60 protein  27.73 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  31.62 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2224  NLP/P60  32.64 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.231098  hitchhiker  0.0000179311 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4057  NLP/P60  26.02 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144265  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11858  dipeptidyl peptidase VI  28.38 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.706852  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3201  NLP/P60 protein  24.34 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.234486  normal  0.143067 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1954  lipoprotein; cell wall-associated hydrolase  25 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.370488  normal  0.0479966 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0184  NLP/P60  38.84 
 
 		 174 aa  70.1  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2413  NLP/P60  26.83 
 
 		 337 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000144369  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31170  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  34.92 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.000817725  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3172  NLP/P60 protein  25.54 
 
 		 335 aa  63.2  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2262  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  47.5 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3043  NLP/P60 protein  37.78 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.166608  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5440  NLP/P60 protein  27.27 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.737943 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1506  NLP/P60 protein  38.2 
 
 		 524 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.483483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3759  NLP/P60 protein  38.33 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.159293 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1936  NLP/P60 protein  25.21 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.782262  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3095  NLP/P60 protein  38.83 
 
 		 452 aa  61.6  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.378956 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3326  NLP/P60 protein  25.31 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0910486  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0917  NLP/P60 protein  34.15 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.693605  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2432  NLP/P60 protein  36.05 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18950  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  40.23 
 
 		 556 aa  60.5  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.10475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8043  Cell wall-associated hydrolase (invasion- associated protein)-like protein  38.54 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.433259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2432  NLP/P60 family protein  24.88 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.899635 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2658  NLP/P60 family protein  24.36 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.209758  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2849  NLP/P60 family protein  24.36 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5092  NLP/P60 protein  34.09 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2878  NLP/P60 family protein  24.88 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0584446  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2651  NLP/P60 protein  25.47 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.398316  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5001  NLP/P60 protein  32.52 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.132684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0373  NLP/P60 protein  36.89 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0007  nlp/p60 family protein  35.45 
 
 		 380 aa  58.9  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0241644  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5142  NLP/P60 protein  35.77 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0699781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  38.46 
 
 		 368 aa  58.9  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09540  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  35 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623217  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2862  NLP/P60 family protein  24.88 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2897  NLP/P60 family protein  23.93 
 
 		 333 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2692  NLP/P60 protein  38.3 
 
 		 162 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  29.36 
 
 		 265 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000104581  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  39.81 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4965  NLP/P60 protein  35.83 
 
 		 208 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16981  hypothetical protein  29.03 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.227275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2577  cell wall-associated hydrolase  23.93 
 
 		 333 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.164117  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2683  NLP/P60 protein  32.99 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.65308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1592  NLP/P60  41.49 
 
 		 171 aa  58.2  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.098676  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7119  NLP/P60 protein  33.8 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2736  NLP/P60 protein  37.25 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1825  lipoprotein NlpC  35.35 
 
 		 152 aa  57  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1159  NLP/P60 protein  33.04 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.944138  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4909  NLP/P60 protein  39.13 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0573  NLP/P60 protein  47.14 
 
 		 388 aa  57  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.774962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2855  NLP/P60 family protein  23.08 
 
 		 333 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136718 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3992  NLP/P60 protein  37.5 
 
 		 196 aa  57  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000856339  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1644  lipoprotein NlpC  34.34 
 
 		 153 aa  57.4  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2609  cell wall-associated hydrolase  23.93 
 
 		 333 aa  57  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.652367  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01906  outer membrane lipoprotein  39.22 
 
 		 221 aa  57  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.211693  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3253  NLP/P60 protein  32.08 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000111899  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  35.34 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4200  NLP/P60 protein  34.48 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>