278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2708 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2708  NLP/P60 protein  100 
 
 		 282 aa  563  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0048  NLP/P60 protein  50.55 
 
 		 270 aa  245  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1380  hypothetical protein  50.92 
 
 		 271 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0039  NLP/P60 protein  49.45 
 
 		 270 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0105  NLP/P60  40.94 
 
 		 278 aa  214  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3454  NLP/P60  47.93 
 
 		 246 aa  209  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1116  NLP/P60 protein  45.68 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19125  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0280  NLP/P60 protein  44.19 
 
 		 279 aa  191  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0858  NLP/P60 protein  42.39 
 
 		 286 aa  188  9e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0257977  normal  0.028426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4208  NLP/P60 protein  41.48 
 
 		 281 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.200815  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3721  NLP/P60  43.87 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0782  NLP/P60 protein  41.67 
 
 		 286 aa  186  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0488091 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0817  NLP/P60 protein  42.03 
 
 		 286 aa  186  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.391542  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1776  NLP/P60  42.22 
 
 		 294 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.390211  normal  0.0674552 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3233  NLP/P60 protein  40.94 
 
 		 279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.534878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1127  NLP/P60 protein  41.37 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.111374 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3041  NLP/P60 protein  39.72 
 
 		 288 aa  182  7e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.241785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4311  NLP/P60 protein  42.7 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.201596 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4584  NLP/P60 protein  45.26 
 
 		 276 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2154  NLP/P60 protein  44.9 
 
 		 294 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.848601  normal  0.749613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3528  NLP/P60  42.07 
 
 		 283 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3951  NLP/P60  37.68 
 
 		 286 aa  175  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.613547  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0244  NLP/P60 protein  36.56 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4198  NLP/P60 protein  38.41 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0430  NLP/P60 protein  38.87 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4487  NLP/P60 protein  38.73 
 
 		 285 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0293  cell wall-associated hydrolase  40.37 
 
 		 281 aa  170  3e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7040  NLP/P60 family protein  39.47 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.732055 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0383  NLP/P60  40.37 
 
 		 281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0297  hypothetical protein  35.23 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.633779  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0096  NLP/P60 protein  39.65 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.7705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2179  NLP/P60 family protein  35.66 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2091  NLP/P60 family protein  35.66 
 
 		 290 aa  159  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.611915  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0732  NLP/P60 protein  34.8 
 
 		 286 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3361  NLP/P60 protein  36.27 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1265  NLP/P60 family protein  30.99 
 
 		 284 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0712  cell wall-associated hydrolase  38.22 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.507156 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1111  NLP/P60  40 
 
 		 295 aa  122  9e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  hitchhiker  0.00442968 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3592  NLP/P60 protein  31.35 
 
 		 345 aa  91.7  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3657  NLP/P60 protein  30.29 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4057  NLP/P60  27.03 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144265  normal  0.145245 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1049  NLP/P60 protein  23.72 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3172  NLP/P60 protein  26.72 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1954  lipoprotein; cell wall-associated hydrolase  26.7 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.370488  normal  0.0479966 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2224  NLP/P60  28.57 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.231098  hitchhiker  0.0000179311 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1159  NLP/P60 protein  26.99 
 
 		 210 aa  65.9  0.0000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.944138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3365  NLP/P60 protein  30.28 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0184  NLP/P60  41.67 
 
 		 174 aa  65.1  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3201  NLP/P60 protein  30.52 
 
 		 260 aa  65.1  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.234486  normal  0.143067 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1368  NLP/P60 protein  31.9 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00025517  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  29.41 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2413  NLP/P60  24.69 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000144369  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3326  NLP/P60 protein  28.64 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0910486  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1936  NLP/P60 protein  22.13 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.782262  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0896  NLP/P60 protein  32.76 
 
 		 342 aa  62  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000013444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2365  NLP/P60:sporulation-related protein  40.45 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3759  NLP/P60 protein  31.3 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.159293 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  30.6 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2432  NLP/P60 protein  34 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5440  NLP/P60 protein  26.85 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.737943 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2651  NLP/P60 protein  25.37 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.398316  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1030  NLP/P60 family secreted protein  36.28 
 
 		 340 aa  59.3  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.427961  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2151  NLP/P60 protein  21.82 
 
 		 424 aa  59.3  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000325506  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2432  NLP/P60 family protein  22.55 
 
 		 333 aa  58.9  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.899635 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2878  NLP/P60 family protein  24.26 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0584446  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2736  NLP/P60 protein  37.08 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4613  NLP/P60 protein  24.62 
 
 		 253 aa  58.5  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3043  NLP/P60 protein  28.44 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.166608  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0958  NLP/P60 protein  31.63 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000015981  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1657  cell wall-associated hydrolase  26.72 
 
 		 186 aa  57.8  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.388437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4909  NLP/P60 protein  36.36 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3257  NLP/P60 protein  37.08 
 
 		 269 aa  57  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2862  NLP/P60 family protein  22.87 
 
 		 333 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0869  LysM domain/NLP/P60 family protein  31.09 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2897  NLP/P60 family protein  23.76 
 
 		 333 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1402  NLP/P60 protein  38.46 
 
 		 175 aa  57  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2609  cell wall-associated hydrolase  23.76 
 
 		 333 aa  56.2  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.652367  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1003  NLP/P60 protein  37.08 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1169  NLP/P60:peptidoglycan-binding LysM  30.25 
 
 		 341 aa  56.6  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000154936  normal  0.0379935 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07830  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  33.64 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1266  NLP/P60 protein  35.78 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2277  NLP/P60 family lipoprotein  36.63 
 
 		 267 aa  55.8  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2452  NLP/P60  36.21 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2497  NLP/P60 protein  36.21 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09540  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  30.77 
 
 		 280 aa  55.5  0.0000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623217  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  28.35 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2658  NLP/P60 family protein  23.76 
 
 		 333 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.209758  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2577  cell wall-associated hydrolase  23.76 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.164117  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18950  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  40.79 
 
 		 556 aa  55.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.10475 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2283  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)  39.02 
 
 		 222 aa  55.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2849  NLP/P60 family protein  23.76 
 
 		 333 aa  55.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1239  NLP/P60  35.78 
 
 		 362 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00968494  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1256  NLP/P60 protein  35.78 
 
 		 362 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.589306 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2748  NLP/P60 protein  34.62 
 
 		 230 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.46287  normal  0.819631 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2489  NLP/P60 protein  36.21 
 
 		 221 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0999493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2855  NLP/P60 family protein  22.13 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136718 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3074  NLP/P60 protein  36.67 
 
 		 116 aa  54.7  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4708  NLP/P60 protein  27.69 
 
 		 214 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.341111  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0978  NLP/P60 protein  33.94 
 
 		 384 aa  54.3  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3603  NLP/P60 protein  35.83 
 
 		 164 aa  54.3  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>