More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5577 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5577  UspA domain protein  100 
 
 		 140 aa  280  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00018626  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0401  hypothetical protein  54.29 
 
 		 140 aa  141  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0944  UspA domain-containing protein  52.14 
 
 		 140 aa  141  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3700  hypothetical protein  55 
 
 		 140 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.539513 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0074  UspA domain-containing protein  51.77 
 
 		 140 aa  133  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.937758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0093  UspA domain protein  51.06 
 
 		 140 aa  131  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.29194  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0134  UspA domain-containing protein  55.63 
 
 		 141 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0818403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0110  UspA domain-containing protein  48.57 
 
 		 140 aa  128  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0098  UspA domain-containing protein  52.48 
 
 		 140 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0148787  normal  0.288023 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1627  UspA domain-containing protein  51.06 
 
 		 140 aa  114  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4309  hypothetical protein  35 
 
 		 140 aa  96.3  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00391503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2543  UspA domain protein  36.17 
 
 		 141 aa  84.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.431262  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1050  hypothetical protein  37.59 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2222  hypothetical protein  35.25 
 
 		 156 aa  75.5  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2474  hypothetical protein  30.56 
 
 		 141 aa  72.4  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1409  UspA domain protein  34.04 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.554815 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0982  UspA domain protein  30.71 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00474456  normal  0.0330842 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2199  universal stress protein  35.86 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  31.43 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2339  UspA domain-containing protein  36.17 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0225784 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3847  UspA domain protein  33.78 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000916772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1803  UspA domain protein  32.37 
 
 		 143 aa  63.9  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3866  hypothetical protein  29.79 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  30.34 
 
 		 150 aa  63.2  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1529  UspA domain protein  30.94 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0487  universal stress protein  30.99 
 
 		 150 aa  62  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0384  UspA domain protein  30.34 
 
 		 142 aa  61.6  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000150335  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1768  UspA domain-containing protein  31.47 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1131  UspA domain-containing protein  35.86 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.922965  normal  0.348983 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2411  UspA domain protein  30.67 
 
 		 146 aa  61.6  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000128611  normal  0.369799 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0959  UspA domain protein  29.86 
 
 		 144 aa  60.8  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.260464  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1741  hypothetical protein  34.29 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.447862  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2511  UspA domain-containing protein  35.25 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.947152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1933  UspA domain-containing protein  46.77 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1659  UspA domain-containing protein  32.62 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3775  UspA domain-containing protein  34.51 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.309835  normal  0.427023 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  27.66 
 
 		 164 aa  60.1  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2792  UspA domain protein  31.25 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1224  UspA domain protein  43.37 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3338  UspA domain-containing protein  31.47 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0631  UspA domain protein  32.45 
 
 		 160 aa  58.5  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113911  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0780  UspA domain protein  27.78 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0608906  normal  0.0365188 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0391  UspA domain-containing protein  33.56 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.308438 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  29.66 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0589  universal stress protein  30.22 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.558284  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2643  universal stress protein UspA-like protein  50.77 
 
 		 168 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795343  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  33.8 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0968  UspA domain protein  29.29 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.400355  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0690  universal stress protein family  28.87 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0108874  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2109  UspA domain-containing protein  48.28 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0566  universal stress protein  28.06 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1796  UspA domain-containing protein  30.43 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1762  UspA domain-containing protein  30.43 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  30.07 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4356  UspA domain-containing protein  37.24 
 
 		 145 aa  57  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244024  normal  0.219177 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4648  universal stress protein family  28.17 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000011295  unclonable  2.43078e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0568  UspA domain-containing protein  27.78 
 
 		 140 aa  57  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0098  universal stress protein  36.55 
 
 		 140 aa  57  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.45012  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3070  hypothetical protein  34.97 
 
 		 300 aa  57  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1659  UspA domain protein  29.37 
 
 		 147 aa  57  0.00000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.452952  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1407  universal stress protein  51.92 
 
 		 161 aa  57  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17970  universal stress protein family  43.28 
 
 		 142 aa  57  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0722  universal stress protein  28.17 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1165  hypothetical protein  27.86 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0253  UspA domain-containing protein  27.86 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.157205 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  33.81 
 
 		 297 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1606  UspA domain-containing protein  43.75 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.198066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1603  UspA domain protein  28.17 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0804  UspA domain protein  33.33 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3082  UspA domain protein  30.77 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1585  UspA domain protein  32.17 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  28.37 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0622  universal stress protein  28.06 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0565  universal stress protein  28.06 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1022  UspA domain-containing protein  49.06 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.335236  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1383  UspA domain protein  28.97 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2851  universal stress protein  31.4 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.113376  hitchhiker  0.00572798 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2230  UspA domain-containing protein  48.44 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0395018 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1343  UspA domain protein  30.99 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.292273  normal  0.588543 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3808  UspA domain protein  33.11 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3028  hypothetical protein  29.73 
 
 		 151 aa  55.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0763744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0480  UspA domain protein  31.91 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0654  universal stress protein  28.06 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  28.17 
 
 		 274 aa  55.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4254  UspA domain protein  28.67 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4775  UspA domain protein  31.21 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5263  UspA domain protein  31.43 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.179366  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3922  UspA domain protein  32.67 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3815  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 167 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.911542  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  43.75 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4478  UspA domain-containing protein  31.47 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108103 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0252  UspA domain-containing protein  45.28 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0783  universal stress protein family  28.06 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0711  universal stress protein family  28.06 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0445079 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2586  universal stress protein  45.28 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0483395  normal  0.125899 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4283  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 163 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1182  UspA domain protein  29.08 
 
 		 148 aa  55.1  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.146743 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  49.06 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2008  UspA domain-containing protein  28.77 
 
 		 141 aa  55.1  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1274  UspA domain-containing protein  29.05 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.331528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>