More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0944 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0944  UspA domain-containing protein  100 
 
 
140 aa  290  6e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3700  hypothetical protein  60.71 
 
 
140 aa  171  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.539513 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0093  UspA domain protein  53.57 
 
 
140 aa  166  8e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.29194  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0074  UspA domain-containing protein  52.86 
 
 
140 aa  164  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.937758  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0134  UspA domain-containing protein  56.03 
 
 
141 aa  159  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0818403 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0110  UspA domain-containing protein  54.29 
 
 
140 aa  159  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0401  hypothetical protein  53.57 
 
 
140 aa  154  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0098  UspA domain-containing protein  52.86 
 
 
140 aa  148  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0148787  normal  0.288023 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5577  UspA domain protein  52.14 
 
 
140 aa  141  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00018626  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1627  UspA domain-containing protein  49.29 
 
 
140 aa  128  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2543  UspA domain protein  39.01 
 
 
141 aa  102  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.431262  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4309  hypothetical protein  34.29 
 
 
140 aa  98.2  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00391503  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1050  hypothetical protein  38.3 
 
 
141 aa  81.3  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1409  UspA domain protein  35.25 
 
 
140 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.554815 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2474  hypothetical protein  30 
 
 
141 aa  68.6  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3847  UspA domain protein  29.86 
 
 
145 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000916772  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2222  hypothetical protein  33.81 
 
 
156 aa  68.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544254  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  29.17 
 
 
145 aa  68.2  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0982  UspA domain protein  30.77 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00474456  normal  0.0330842 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0968  UspA domain protein  33.57 
 
 
122 aa  62.8  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.400355  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  30 
 
 
150 aa  62.4  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4648  universal stress protein family  30.34 
 
 
140 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000011295  unclonable  2.43078e-26 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2727  universal stress protein  31.54 
 
 
140 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.671125  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2199  universal stress protein  32.87 
 
 
139 aa  61.2  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  30.07 
 
 
150 aa  61.6  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1529  UspA domain protein  28.78 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4775  UspA domain protein  34.51 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0690  universal stress protein family  29.66 
 
 
140 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0108874  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0566  universal stress protein  29.66 
 
 
140 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0528  UspA domain protein  35.1 
 
 
145 aa  58.2  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.572687  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1945  UspA domain-containing protein  31.91 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0568  UspA domain-containing protein  29.66 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0906  UspA domain protein  29.53 
 
 
147 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00116915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3922  UspA domain protein  29.45 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17970  universal stress protein family  34.04 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1274  UspA domain-containing protein  28.77 
 
 
145 aa  57.8  0.00000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.331528 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0722  universal stress protein  28.97 
 
 
140 aa  57.4  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1803  UspA domain protein  28.57 
 
 
143 aa  57.4  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1585  UspA domain protein  31.91 
 
 
142 aa  57.4  0.00000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0622  universal stress protein  29.66 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0565  universal stress protein  29.66 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0711  universal stress protein family  29.66 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0445079 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0654  universal stress protein  29.66 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0783  universal stress protein family  29.66 
 
 
140 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2339  UspA domain-containing protein  29.29 
 
 
128 aa  57  0.00000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0225784 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0101  UspA domain protein  33.1 
 
 
141 aa  57  0.00000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2714  UspA domain protein  28.06 
 
 
154 aa  56.2  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  30.14 
 
 
153 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1164  hypothetical protein  33.79 
 
 
153 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1591  hypothetical protein  28.67 
 
 
141 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0442  universal stress protein  31.51 
 
 
200 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0848  hypothetical protein  28.17 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.957853  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1343  UspA domain protein  30.28 
 
 
139 aa  56.2  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.292273  normal  0.588543 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0788  UspA domain-containing protein  30.14 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.523142 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1165  hypothetical protein  26.62 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2411  UspA domain protein  29.53 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000128611  normal  0.369799 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0589  universal stress protein  29.86 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.558284  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0276  UspA domain protein  29.58 
 
 
138 aa  55.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6944  universal stress protein  28.77 
 
 
157 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00046035  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1933  UspA domain-containing protein  27.34 
 
 
141 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3866  hypothetical protein  26.71 
 
 
152 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108165  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7052  UspA domain-containing protein  28.77 
 
 
159 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1440  hypothetical protein  28.77 
 
 
159 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6388  UspA domain-containing protein  28.77 
 
 
159 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.686835  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1519  UspA domain-containing protein  29.73 
 
 
148 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0716802  normal  0.348047 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3775  UspA domain-containing protein  32.17 
 
 
138 aa  53.9  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.309835  normal  0.427023 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0487  universal stress protein  28.17 
 
 
150 aa  53.9  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3264  UspA domain protein  28.67 
 
 
141 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4273  UspA domain protein  30.77 
 
 
155 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.664066 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2716  UspA domain protein  28.57 
 
 
154 aa  53.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0309  hypothetical protein  27.14 
 
 
142 aa  53.1  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4260  UspA domain protein  30.46 
 
 
148 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0631  UspA domain protein  32 
 
 
160 aa  53.1  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113911  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  29.71 
 
 
153 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  30.61 
 
 
153 aa  52.4  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0288  UspA domain protein  43.55 
 
 
303 aa  52.4  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0754  UspA domain protein  31.08 
 
 
152 aa  52.8  0.000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0606368  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  29.93 
 
 
138 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1294  universal stress protein  31.16 
 
 
152 aa  52.8  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.967689 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0253  UspA domain-containing protein  22.86 
 
 
130 aa  52.8  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.157205 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0391  UspA domain-containing protein  29.11 
 
 
142 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.308438 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1134  UspA domain-containing protein  28.38 
 
 
167 aa  52  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  27.97 
 
 
143 aa  52.8  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3089  UspA domain protein  32.43 
 
 
280 aa  52  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2091  UspA domain-containing protein  31.21 
 
 
140 aa  51.6  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10254  normal  0.0585614 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2643  universal stress protein UspA-like protein  43.4 
 
 
168 aa  51.6  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795343  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2278  UspA domain protein  29.93 
 
 
143 aa  51.6  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3815  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 
167 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.911542  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4283  UspA domain-containing protein  34.03 
 
 
163 aa  51.6  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1407  universal stress protein  46.15 
 
 
161 aa  51.2  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  30.56 
 
 
150 aa  51.6  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1454  universal stress protein  28.19 
 
 
149 aa  51.2  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000316755  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4308  hypothetical protein  27.4 
 
 
147 aa  51.2  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00896563  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0352  UspA domain-containing protein  29.53 
 
 
159 aa  51.6  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818544 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3527  universal stress protein  26.57 
 
 
151 aa  51.2  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  26.17 
 
 
150 aa  51.2  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6247  UspA domain-containing protein  30.07 
 
 
313 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.887249 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  30.99 
 
 
152 aa  50.8  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1677  hypothetical protein  30.95 
 
 
146 aa  50.8  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.884231 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0550  UspA domain-containing protein  26.62 
 
 
140 aa  50.8  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>