More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2543 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2543  UspA domain protein  100 
 
 		 141 aa  280  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.431262  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0110  UspA domain-containing protein  42.55 
 
 		 140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3700  hypothetical protein  42.55 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.539513 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4309  hypothetical protein  38.3 
 
 		 140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00391503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0098  UspA domain-containing protein  41.13 
 
 		 140 aa  109  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0148787  normal  0.288023 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0401  hypothetical protein  41.13 
 
 		 140 aa  108  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0093  UspA domain protein  43.26 
 
 		 140 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.29194  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0074  UspA domain-containing protein  43.26 
 
 		 140 aa  107  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.937758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0134  UspA domain-containing protein  41.55 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0818403 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0944  UspA domain-containing protein  39.01 
 
 		 140 aa  102  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0519  hypothetical protein  36.69 
 
 		 145 aa  85.5  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.581709  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5577  UspA domain protein  36.17 
 
 		 140 aa  84.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00018626  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1050  hypothetical protein  38.46 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1627  UspA domain-containing protein  35.46 
 
 		 140 aa  80.1  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1165  hypothetical protein  34.51 
 
 		 146 aa  76.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0458  hypothetical protein  32.14 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3304  UspA domain protein  35.17 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3628  UspA domain protein  35.17 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5174  hypothetical protein  34.75 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2474  hypothetical protein  34.04 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3866  hypothetical protein  32.39 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2222  hypothetical protein  32.86 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0276  UspA domain protein  30.07 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3922  UspA domain protein  32.88 
 
 		 142 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0762  UspA domain protein  33.1 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5582  UspA domain protein  34 
 
 		 158 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.285651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1083  UspA domain-containing protein  32.65 
 
 		 449 aa  56.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000280681  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0906  UspA domain protein  30.28 
 
 		 147 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00116915 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  31.47 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1466  UspA domain-containing protein  31.72 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.838968  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1459  UspA domain protein  32.62 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0337  UspA domain-containing protein  32.62 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  31.25 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2829  UspA domain protein  32.41 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0510043  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1774  universal stress protein  33.79 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0914  UspA domain-containing protein  31.08 
 
 		 297 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  31.72 
 
 		 297 aa  55.1  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0870  UspA domain protein  32.14 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1131  UspA domain-containing protein  31.21 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.922965  normal  0.348983 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1454  universal stress protein  30.77 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000316755  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1664  UspA domain-containing protein  31.25 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1382  UspA domain-containing protein  30.22 
 
 		 142 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.378027 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6247  UspA domain-containing protein  30.77 
 
 		 313 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.887249 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  34.04 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  33.79 
 
 		 155 aa  53.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1924  UspA domain-containing protein  34.48 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.164923 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1661  UspA domain protein  30.77 
 
 		 147 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1529  hypothetical protein  34.27 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0528  UspA domain protein  30.61 
 
 		 145 aa  51.6  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.572687  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1567  universal stress protein  28.97 
 
 		 164 aa  51.2  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84315  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0848  hypothetical protein  27.86 
 
 		 142 aa  51.2  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.957853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0309  hypothetical protein  28.37 
 
 		 142 aa  50.8  0.000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1933  UspA domain-containing protein  30.34 
 
 		 141 aa  50.8  0.000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1851  UspA domain-containing protein  34.48 
 
 		 142 aa  50.8  0.000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3796  UspA domain protein  32.35 
 
 		 139 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.72021 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1409  UspA domain protein  31.47 
 
 		 140 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.554815 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1467  UspA domain protein  29.79 
 
 		 180 aa  50.8  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  29.37 
 
 		 294 aa  50.4  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3438  UspA domain protein  32.41 
 
 		 144 aa  50.4  0.000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0704  hypothetical protein  32.17 
 
 		 148 aa  50.8  0.000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  28.28 
 
 		 151 aa  50.4  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0804  UspA domain protein  31.72 
 
 		 138 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2298  UspA domain-containing protein  30.52 
 
 		 164 aa  50.4  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4273  UspA domain protein  30.61 
 
 		 155 aa  50.1  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.664066 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  30 
 
 		 158 aa  50.4  0.000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  28.17 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  31.47 
 
 		 297 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5580  UspA domain protein  30.56 
 
 		 168 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1268  universal stress protein  30.61 
 
 		 315 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4616  UspA domain protein  27.52 
 
 		 141 aa  49.7  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1134  UspA domain-containing protein  27.03 
 
 		 167 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  32.41 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1884  UspA domain-containing protein  30.99 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0866  UspA domain protein  44.78 
 
 		 280 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.111703  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2076  UspA domain protein  27.66 
 
 		 288 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000523468 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0105  universal stress protein  28.57 
 
 		 319 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1230  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 137 aa  48.9  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1541  hypothetical protein  28.47 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1610  universal stress family protein  28.57 
 
 		 315 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3847  UspA domain protein  31.76 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000916772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1525  universal stress family protein  28.57 
 
 		 315 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2102  UspA domain protein  33.83 
 
 		 289 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0252  UspA domain-containing protein  31.91 
 
 		 148 aa  48.9  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1963  UspA domain-containing protein  29.82 
 
 		 147 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3585  UspA domain-containing protein  31.51 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.666006  normal  0.0498222 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2372  UspA domain protein  27.14 
 
 		 293 aa  48.5  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.019406  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3529  universal stress protein  32.62 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0176065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3816  UspA domain protein  31.25 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0222227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3773  UspA domain protein  29.79 
 
 		 152 aa  48.5  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2727  universal stress protein  29.29 
 
 		 140 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.671125  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0780  UspA domain protein  26.95 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0608906  normal  0.0365188 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1741  hypothetical protein  29.37 
 
 		 143 aa  48.9  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.447862  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0384  UspA domain protein  26.53 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000150335  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1164  hypothetical protein  48.15 
 
 		 153 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4298  UspA domain protein  29.86 
 
 		 281 aa  48.1  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.940658  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0916  hypothetical protein  31.08 
 
 		 173 aa  48.1  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1489  UspA domain-containing protein  31.21 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.854212 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1862  UspA domain-containing protein  27.59 
 
 		 293 aa  48.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23265  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5163  UspA domain protein  31.94 
 
 		 145 aa  47.8  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.262292  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2107  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 291 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>