More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3304 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3304  UspA domain protein  100 
 
 		 144 aa  288  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3628  UspA domain protein  99.31 
 
 		 145 aa  286  6e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0458  hypothetical protein  61.11 
 
 		 144 aa  182  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0519  hypothetical protein  60.84 
 
 		 145 aa  179  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.581709  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1165  hypothetical protein  58.04 
 
 		 146 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5174  hypothetical protein  60.28 
 
 		 147 aa  177  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3866  hypothetical protein  35.66 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2474  hypothetical protein  31.91 
 
 		 141 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0110  UspA domain-containing protein  33.81 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4309  hypothetical protein  35.46 
 
 		 140 aa  77.8  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00391503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2543  UspA domain protein  35.17 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.431262  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0098  UspA domain-containing protein  35.51 
 
 		 140 aa  75.9  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0148787  normal  0.288023 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1627  UspA domain-containing protein  35.97 
 
 		 140 aa  74.7  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0093  UspA domain protein  33.09 
 
 		 140 aa  73.9  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.29194  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0074  UspA domain-containing protein  33.09 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.937758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0401  hypothetical protein  33.33 
 
 		 140 aa  71.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0169  hypothetical protein  41.55 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1050  hypothetical protein  38.03 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3922  UspA domain protein  33.79 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2222  hypothetical protein  28.57 
 
 		 156 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1457  UspA domain-containing protein  32.43 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1606  UspA domain-containing protein  32.43 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.198066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  32.43 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0134  UspA domain-containing protein  31.65 
 
 		 141 aa  62.8  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0818403 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2614  universal stress protein  46.84 
 
 		 280 aa  61.2  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1022  UspA domain-containing protein  31.76 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.335236  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0825  universal stress protein  27.7 
 
 		 164 aa  58.5  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  35.25 
 
 		 297 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0384  UspA domain protein  31.21 
 
 		 142 aa  58.2  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000150335  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1274  UspA domain-containing protein  33.1 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.331528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2088  UspA domain-containing protein  35.86 
 
 		 153 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0358891 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1741  hypothetical protein  28.57 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.447862  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  29.86 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  30.2 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4616  UspA domain protein  27.78 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2552  UspA domain protein  31.21 
 
 		 147 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4459099999999997e-20 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3101  UspA domain protein  31.08 
 
 		 151 aa  55.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1661  UspA domain protein  30.22 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  31.76 
 
 		 150 aa  56.2  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0762  UspA domain protein  31.69 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  31.97 
 
 		 290 aa  54.7  0.0000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4083  UspA domain-containing protein  44.29 
 
 		 172 aa  54.3  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.391845  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0622  universal stress protein  22.3 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0565  universal stress protein  22.3 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1383  UspA domain protein  30.56 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0654  universal stress protein  22.3 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0783  universal stress protein family  22.3 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0711  universal stress protein family  22.3 
 
 		 140 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0445079 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4069  UspA domain-containing protein  34.51 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0307561  normal  0.903316 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3070  hypothetical protein  30.94 
 
 		 300 aa  53.5  0.0000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0337  UspA domain-containing protein  30.77 
 
 		 137 aa  53.5  0.0000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0602  UspA domain-containing protein  29.33 
 
 		 147 aa  53.5  0.0000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.491088  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  29.17 
 
 		 149 aa  52.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1459  UspA domain protein  29.61 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1924  UspA domain-containing protein  30.07 
 
 		 142 aa  52.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.164923 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0870  UspA domain protein  27.89 
 
 		 140 aa  53.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  31.69 
 
 		 156 aa  52.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2411  UspA domain protein  30.46 
 
 		 146 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000128611  normal  0.369799 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0954  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  37.97 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0023  universal stress protein  27.34 
 
 		 137 aa  52  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0568  UspA domain-containing protein  23.02 
 
 		 140 aa  52  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  29.86 
 
 		 150 aa  52.4  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1570  UspA domain protein  34.78 
 
 		 154 aa  52  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0206  UspA domain-containing protein  35.51 
 
 		 294 aa  52.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  27.08 
 
 		 151 aa  52.4  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2722  UspA domain protein  29.29 
 
 		 142 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.189807 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1158  universal stress family protein  36.67 
 
 		 164 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0707  universal stress protein  36.67 
 
 		 164 aa  51.6  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.531837  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1659  UspA domain protein  26.32 
 
 		 147 aa  52  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.452952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2430  universal stress protein  36.67 
 
 		 164 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3847  UspA domain protein  31.03 
 
 		 145 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000916772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1567  universal stress protein  33.77 
 
 		 164 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84315  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1720  universal stress protein  36.67 
 
 		 164 aa  51.6  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3112  UspA domain-containing protein  27.86 
 
 		 290 aa  52  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.615607  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1232  universal stress family protein  36.67 
 
 		 164 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736212  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0755  universal stress protein  36.67 
 
 		 164 aa  51.6  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2199  universal stress protein  26.95 
 
 		 139 aa  51.6  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2967  UspA domain-containing protein  36.73 
 
 		 133 aa  51.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.377799  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0597  UspA domain-containing protein  30.77 
 
 		 170 aa  51.2  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2278  UspA domain protein  41.18 
 
 		 143 aa  51.2  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1234  universal stress protein  38.57 
 
 		 152 aa  51.2  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  28.08 
 
 		 147 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3645  UspA domain-containing protein  26.03 
 
 		 151 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000262927  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2767  UspA domain protein  31.73 
 
 		 139 aa  50.8  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4059  UspA domain protein  24.06 
 
 		 147 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  29.66 
 
 		 150 aa  50.8  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4021  UspA domain protein  24.06 
 
 		 147 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5899  UspA domain-containing protein  53.06 
 
 		 167 aa  50.8  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.642554  normal  0.144749 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3085  hypothetical protein  36.59 
 
 		 303 aa  50.8  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0804  UspA domain protein  32.87 
 
 		 138 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2050  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  26.62 
 
 		 143 aa  50.8  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.450915  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1803  UspA domain protein  28.87 
 
 		 143 aa  50.8  0.000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  32.19 
 
 		 162 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5577  UspA domain protein  31.25 
 
 		 140 aa  50.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00018626  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  30.28 
 
 		 143 aa  50.4  0.000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0631  UspA domain protein  47.17 
 
 		 160 aa  50.4  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113911  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3815  UspA domain-containing protein  50 
 
 		 167 aa  50.4  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.911542  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0758  UspA domain protein  49.06 
 
 		 162 aa  50.4  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.16073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1409  UspA domain protein  29.05 
 
 		 140 aa  50.1  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.554815 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0704  hypothetical protein  33.1 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>