More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2372 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2372  UspA domain protein  100 
 
 		 293 aa  584  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.019406  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1847  UspA domain protein  93.52 
 
 		 293 aa  530  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000811482 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3112  UspA domain-containing protein  49.12 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.615607  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0923  UspA domain-containing protein  32.76 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.792635  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3718  UspA domain protein  29.05 
 
 		 278 aa  93.6  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1641  UspA domain-containing protein  27.74 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4298  UspA domain protein  30 
 
 		 281 aa  90.1  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.940658  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0262  UspA domain protein  29.31 
 
 		 279 aa  86.7  4e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.542285  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2427  UspA domain-containing protein  27.02 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.420316  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2866  UspA domain-containing protein  28.42 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3794  UspA domain protein  28.67 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697323 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  26.47 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0336  hypothetical protein  28.91 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.159298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1040  UspA domain protein  28.62 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0924435  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2145  UspA domain protein  31.41 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1767  hypothetical protein  27.15 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0255  UspA domain protein  25.26 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.955091  normal  0.331109 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3089  UspA domain protein  31.65 
 
 		 280 aa  70.1  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1011  UspA domain protein  23.71 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000787918 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1658  UspA domain protein  24.83 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3817  UspA domain protein  31.31 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.232363  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  28.06 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2717  UspA domain-containing protein  25.32 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2552  UspA domain protein  23.62 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1939  UspA domain-containing protein  31.76 
 
 		 157 aa  65.1  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2171  UspA domain-containing protein  31.29 
 
 		 145 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.198814  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1158  UspA domain-containing protein  26.42 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2199  universal stress protein  30.07 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3775  UspA domain-containing protein  30.94 
 
 		 138 aa  62  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.309835  normal  0.427023 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  21.67 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1311  UspA domain protein  31.72 
 
 		 187 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.519886  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3712  universal stress protein  23.53 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2107  UspA domain-containing protein  29.65 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1762  UspA domain-containing protein  30.94 
 
 		 137 aa  60.5  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1796  UspA domain-containing protein  30.94 
 
 		 137 aa  60.5  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  27.7 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  26.83 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2559  UspA domain protein  32.14 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  26.48 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  29.66 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1791  UspA domain-containing protein  28.36 
 
 		 136 aa  58.5  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.933223  normal  0.40622 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1570  UspA domain protein  30 
 
 		 154 aa  58.5  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3681  UspA domain protein  26.4 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0023  universal stress protein  26.57 
 
 		 137 aa  57.4  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  28.67 
 
 		 149 aa  58.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0913  UspA domain-containing protein  30.22 
 
 		 138 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2634  UspA domain protein  28.1 
 
 		 170 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.765417  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3403  UspA domain protein  25.84 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2538  UspA domain protein  28.1 
 
 		 170 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.205387  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  28.95 
 
 		 149 aa  57  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4336  hypothetical protein  25.16 
 
 		 289 aa  57  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0474832 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  30.99 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1612  UspA domain protein  26.87 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0914  UspA domain protein  28.48 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.446701 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  30.15 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1768  UspA domain-containing protein  28.37 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  31.72 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  25.56 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1762  UspA domain-containing protein  28.35 
 
 		 324 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1890  UspA domain protein  29.58 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108778  normal  0.382663 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5263  UspA domain protein  30.66 
 
 		 138 aa  55.5  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.179366  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  30 
 
 		 153 aa  55.5  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1661  UspA domain protein  28.48 
 
 		 147 aa  54.7  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1659  UspA domain-containing protein  27.01 
 
 		 140 aa  54.7  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1334  hypothetical protein  30.34 
 
 		 154 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0586772  normal  0.952223 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1774  universal stress protein  29.17 
 
 		 142 aa  54.3  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1433  GCN5-related N-acetyltransferase  30.88 
 
 		 412 aa  54.3  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.378287  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2577  UspA domain protein  28.67 
 
 		 148 aa  53.9  0.000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.987812  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  19.87 
 
 		 295 aa  53.9  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1338  universal stress protein  32.37 
 
 		 145 aa  53.9  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431225  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1321  universal stress protein UspA  28.1 
 
 		 169 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.111503  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3176  UspA domain protein  28.5 
 
 		 291 aa  53.9  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2552  UspA domain protein  28.67 
 
 		 147 aa  53.9  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4459099999999997e-20 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1269  universal stress protein  29.45 
 
 		 137 aa  53.5  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.779976  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  28.76 
 
 		 304 aa  53.9  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2707  UspA domain-containing protein  28.33 
 
 		 279 aa  53.5  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3533  UspA domain protein  25.93 
 
 		 305 aa  53.5  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0015  UspA domain-containing protein  32.65 
 
 		 143 aa  53.5  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.246066  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3274  UspA domain-containing protein  25.16 
 
 		 160 aa  53.5  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0533854 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3831  UspA domain protein  26.61 
 
 		 300 aa  53.1  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0656239  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0641  UspA domain-containing protein  31.72 
 
 		 314 aa  53.1  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.562028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1042  UspA domain-containing protein  29.29 
 
 		 150 aa  53.1  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0801176  hitchhiker  0.000626372 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2551  UspA domain-containing protein  31.91 
 
 		 278 aa  53.1  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000359822  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0959  UspA domain protein  27.08 
 
 		 144 aa  52.8  0.000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.260464  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0180  UspA domain-containing protein  29.33 
 
 		 160 aa  53.1  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149543  normal  0.974446 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1272  UspA domain-containing protein  28.68 
 
 		 138 aa  52.8  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.828897 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0982  UspA domain protein  25 
 
 		 140 aa  52.8  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00474456  normal  0.0330842 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1083  UspA domain-containing protein  25.64 
 
 		 449 aa  52.8  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000280681  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4244  UspA domain protein  26.32 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.284447  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1735  universal stress protein  28 
 
 		 301 aa  52  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0846445  normal  0.348826 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1294  universal stress protein  30.66 
 
 		 152 aa  52  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.967689 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1234  universal stress protein  27.54 
 
 		 152 aa  51.6  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0081  UspA domain protein  26.81 
 
 		 137 aa  52  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0161  UspA domain-containing protein  24.3 
 
 		 276 aa  52  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2256  UspA domain-containing protein  23.95 
 
 		 308 aa  52  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01350  universal stress protein  25.69 
 
 		 276 aa  52  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5577  UspA domain protein  29.5 
 
 		 140 aa  51.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00018626  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1182  UspA domain protein  28.26 
 
 		 148 aa  51.6  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.146743 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2298  UspA domain-containing protein  28.85 
 
 		 164 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1787  universal stress protein  22.86 
 
 		 345 aa  51.2  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>