More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0099 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 238 aa  494  1e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  69.49 
 
 		 238 aa  351  4e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  67.52 
 
 		 238 aa  337  7e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  66.24 
 
 		 238 aa  317  7e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  57.89 
 
 		 239 aa  279  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  56.3 
 
 		 239 aa  279  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  55.07 
 
 		 248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  54.39 
 
 		 249 aa  269  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  50.88 
 
 		 239 aa  252  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  49.56 
 
 		 235 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 		 240 aa  242  5e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  48.03 
 
 		 251 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  48.02 
 
 		 240 aa  226  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  45.58 
 
 		 240 aa  224  7e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  44.49 
 
 		 241 aa  224  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  48.67 
 
 		 236 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  42.06 
 
 		 236 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.06 
 
 		 230 aa  135  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  35.38 
 
 		 228 aa  132  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.84 
 
 		 228 aa  112  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.18 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  35.18 
 
 		 236 aa  108  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.24 
 
 		 228 aa  108  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.18 
 
 		 226 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.84 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.78 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.78 
 
 		 228 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.78 
 
 		 228 aa  105  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.82 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.79 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.95 
 
 		 229 aa  101  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.64 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 		 246 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.28 
 
 		 228 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.64 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.28 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.25 
 
 		 233 aa  96.3  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.2 
 
 		 223 aa  95.9  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 		 239 aa  95.5  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.52 
 
 		 233 aa  93.6  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  31.67 
 
 		 200 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.67 
 
 		 200 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  32.14 
 
 		 228 aa  89.7  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.11 
 
 		 200 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.43 
 
 		 203 aa  80.9  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  30.43 
 
 		 181 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.35 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.81 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.18 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.11 
 
 		 200 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.83 
 
 		 200 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.17 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.61 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.02 
 
 		 244 aa  75.1  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  30.17 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.26 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  29.48 
 
 		 212 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.7 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.63 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  27.85 
 
 		 1390 aa  68.2  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  25.58 
 
 		 1397 aa  68.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  24.86 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.67 
 
 		 719 aa  65.9  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.17 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  29.05 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  22.33 
 
 		 201 aa  64.7  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.08 
 
 		 1367 aa  64.3  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  25.29 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.08 
 
 		 1367 aa  64.3  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.1 
 
 		 1433 aa  63.5  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.92 
 
 		 595 aa  62.8  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.67 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 		 769 aa  63.2  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.88 
 
 		 232 aa  61.6  0.000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 		 184 aa  61.6  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27 
 
 		 203 aa  61.6  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  24.59 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  25.29 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.26 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.52 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  25.43 
 
 		 218 aa  59.7  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.26 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  25.23 
 
 		 1442 aa  58.9  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  26.71 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.6 
 
 		 590 aa  58.9  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  26.59 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.6 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.72 
 
 		 578 aa  58.9  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  26.26 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  25.94 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  28.89 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  21.23 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  29.37 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.63 
 
 		 731 aa  57.4  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  20.66 
 
 		 203 aa  57  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  24.23 
 
 		 1426 aa  57  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.13 
 
 		 722 aa  56.6  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>