198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3299 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3299  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 216 aa  419  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424651 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2048  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03160  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 175 aa  58.2  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1276  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 241 aa  53.1  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.296602  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1169  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2480  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0287  hypothetical protein  23.23 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.356291  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3307  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 180 aa  49.7  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0386151  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4193  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 302 aa  49.3  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0423044  normal  0.257514 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2017  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 184 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.93886 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1526  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 189 aa  48.5  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000234923  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2683  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 219 aa  48.5  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3750  transcriptional regulator, TetR family  27.13 
 
 		 236 aa  48.5  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.178814  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3229  putative transcriptional regulator, TetR family  30.48 
 
 		 206 aa  48.5  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.446849 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  45.28 
 
 		 179 aa  48.1  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4737  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.838213 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3656  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1769  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1007  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 194 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.587433  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1914  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.183306 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0736  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 194 aa  46.6  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0116381  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1960  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 199 aa  46.2  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3153  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 243 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.12439 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1669  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 225 aa  46.6  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413702  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3648  TetR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 204 aa  46.6  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 211 aa  46.2  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2005  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 193 aa  46.2  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.848045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 192 aa  45.8  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4242  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 200 aa  45.4  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2168  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 188 aa  45.4  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2995  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 205 aa  45.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0523811 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5977  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 		 271 aa  45.4  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.414781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1957  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 194 aa  45.1  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12230  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 199 aa  45.1  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1551  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 227 aa  45.1  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  29.51 
 
 		 201 aa  45.1  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2563  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 192 aa  45.1  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.227827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2893  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 205 aa  45.1  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0699347  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2112  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 211 aa  45.1  0.0008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.935315  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1372  transcriptional regulator, TetR family  37.66 
 
 		 221 aa  45.1  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2057  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 191 aa  45.1  0.0009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0403  TetR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 195 aa  44.7  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1335  TetR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 235 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4404  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14590  transcriptional regulator, tetR family  35.38 
 
 		 200 aa  44.7  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2667  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2667  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000225339  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1371  TetR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 274 aa  44.3  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 204 aa  45.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3687  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4182  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 203 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1193  TetR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000366279  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1173  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 218 aa  44.7  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4064  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1946  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 183 aa  43.9  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3136  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.495546  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6078  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 190 aa  44.3  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0977252 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2898  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2172  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 185 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0700  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 178 aa  43.9  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3139  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05640  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 223 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.950785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 188 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3115  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 188 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0015  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2131  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47240  putative transcriptional regulator  24.84 
 
 		 204 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2575  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 196 aa  43.9  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.230257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2392  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 184 aa  43.5  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.255301 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1353  TetR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 217 aa  43.9  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.299374  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0324  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 192 aa  43.9  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4272  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  21.77 
 
 		 600 aa  43.5  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10308  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000336223  normal  0.125099 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3118  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 		 205 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8504  putative transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 197 aa  43.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2350  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000443807  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2824  TetR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.551621  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 189 aa  43.5  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1845  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.025211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0896  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 218 aa  43.1  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00832617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2558  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 175 aa  43.1  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003710  transcriptional regulator  23.38 
 
 		 262 aa  43.1  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.485423  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3106  transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1294  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 204 aa  43.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0560487 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0053  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 188 aa  43.5  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.573004  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 200 aa  43.1  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>