294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3656 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3656  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  448  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4693  transcriptional regulator  68.72 
 
 		 227 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53550  transcriptional regulator  66.67 
 
 		 227 aa  276  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00980972  decreased coverage  0.0000958508 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4939  transcriptional regulator, TetR family  34.35 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2350  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000443807  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 497 aa  55.5  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 204 aa  54.7  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3152  transcriptional regulator, TetR family  27.36 
 
 		 248 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262017  normal  0.121031 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2366  transcriptional regulator, TetR family  41.51 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000270806  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1914  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 212 aa  53.1  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.183306 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 200 aa  52  0.000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2525  transcriptional regulator, TetR family  28.33 
 
 		 200 aa  52  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3153  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 243 aa  51.2  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.12439 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2355  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 204 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0267  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.173198  hitchhiker  0.00351225 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0227  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.543112  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0384  transcriptional regulator, TetR family  29.01 
 
 		 225 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3995  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1550  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0830  transcriptional regulator, TetR family  24.17 
 
 		 214 aa  50.1  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4166  TetR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 191 aa  49.7  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4502  TetR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 241 aa  50.1  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.595773 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4838  transcriptional regulator, TetR family  28.09 
 
 		 217 aa  49.3  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 251 aa  49.7  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5361  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296046  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  32.87 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2367  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 202 aa  49.7  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.445055  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5636  transcriptional regulator, TetR family  34.94 
 
 		 202 aa  49.3  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.500793 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4182  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 201 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.368627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 222 aa  48.9  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5762  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 204 aa  48.9  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.182054  normal  0.0696367 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5054  putative transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 201 aa  48.9  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.613298 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3328  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 226 aa  48.5  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4559  transcriptional regulator, TetR family  51.22 
 
 		 192 aa  48.5  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  51.22 
 
 		 252 aa  48.5  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 212 aa  48.5  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2411  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 205 aa  48.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.147912 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38090  TetR-family transcriptional regulatory protein  32.08 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0395776  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0320  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3546  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 206 aa  48.1  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4475  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4936  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 211 aa  47  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0097  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  44 
 
 		 241 aa  47  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  28.24 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3205  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  27.97 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1276  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 241 aa  47  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.296602  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1384  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00670258  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1142  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 236 aa  47.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.627372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0113  transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.987214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3267  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0261097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0989  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 199 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1169  TetR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 197 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3216  TetR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.278224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4037  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 446 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.755951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6231  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 197 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6821  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 186 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1240  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 202 aa  46.6  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  29.29 
 
 		 190 aa  46.6  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2434  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 188 aa  46.6  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5655  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 205 aa  47  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0301112  normal  0.0166104 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3314  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 214 aa  46.6  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3950  TetR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 212 aa  46.6  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.390353  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 208 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4029  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 196 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  23.81 
 
 		 216 aa  46.2  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1862  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 205 aa  46.2  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0730  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 192 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.110462  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2156  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 		 207 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.362049 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0716  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 289 aa  46.2  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.673391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2672  TetR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 217 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5790  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 220 aa  46.2  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4445  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 191 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal  0.471705 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3167  transcriptional regulator, TetR family  35.9 
 
 		 213 aa  46.2  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1897  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 202 aa  46.2  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  29 
 
 		 205 aa  46.2  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2475  transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 		 222 aa  46.2  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.260568  hitchhiker  0.0024636 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0889  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 192 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1887  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 202 aa  46.2  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.943502 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1927  TetR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 198 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0350  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 194 aa  46.2  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.378963  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0794  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 192 aa  45.8  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0156861  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0743  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 192 aa  45.8  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.019038  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4006  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 202 aa  46.2  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 212 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0834  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 191 aa  45.8  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00423826  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 214 aa  45.8  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1028  regulatory protein TetR  32.03 
 
 		 262 aa  45.8  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.190494  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 212 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0929  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 192 aa  45.8  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1215099999999997e-45 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0403  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 195 aa  45.8  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>