More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1551 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1551  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  447  1e-125  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.386957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0227  transcriptional regulator, TetR family  43.71 
 
 		 247 aa  132  5e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.543112  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7136  transcriptional regulator, TetR family  42.74 
 
 		 237 aa  122  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00720754  normal  0.217815 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4412  transcriptional regulator, TetR family  44.51 
 
 		 252 aa  120  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1646  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  119  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1028  regulatory protein TetR  41.25 
 
 		 262 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.190494  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4864  transcriptional regulator, TetR family  36.72 
 
 		 236 aa  96.3  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0772  transcriptional regulator, TetR family  36.22 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3202  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 209 aa  66.6  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5062  TetR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 208 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1927  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4939  transcriptional regulator, TetR family  30.26 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7494  transcriptional regulator, TetR family  30.56 
 
 		 188 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03060  transcriptional regulator, tetR family  33.95 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0780  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00331259  decreased coverage  0.000414604 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2350  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000443807  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7250  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 		 252 aa  62.8  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4794  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 187 aa  62  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3652  regulatory protein TetR  34.59 
 
 		 188 aa  62  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2366  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000270806  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0053  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.573004  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3328  TetR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3896  transcriptional regulator, TetR family  34.78 
 
 		 202 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.673039  normal  0.0314346 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3700  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3781  regulatory protein TetR  33.88 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0489772  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4877  transcriptional regulator, TetR family  52.83 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268958  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 208 aa  58.9  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2375  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.826028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2422  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.04833  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2416  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.112157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0103  transcriptional regulator, TetR family  31.97 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6254  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.170118  normal  0.0153866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1711  putative transcriptional regulator, TetR family  39.86 
 
 		 208 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.195446 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0998  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 199 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1016  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 199 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.355321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1026  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 199 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 251 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3492  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 231 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.781193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2116  transcriptional regulator, TetR family  43.48 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4318  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.419772 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2370  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00377718  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0291  putative transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1275  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4347  transcriptional regulator, TetR family  45.12 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.685734 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1547  transcriptional regulator, TetR family  44.79 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0308789 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0709  regulatory protein TetR  35.09 
 
 		 248 aa  55.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 203 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0015  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3846  transcriptional regulator, TetR family  32.08 
 
 		 206 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213396  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4404  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0064  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 242 aa  53.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 223 aa  53.9  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5861  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 197 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.356858 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5092  putative transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.318569  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2112  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 211 aa  53.5  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.935315  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1677  transcriptional regulator, TetR family  54 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.981661 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2329  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 186 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000143879 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5390  transcriptional regulator, TetR family  43.66 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1294  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 204 aa  52.8  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0560487 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2044  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0432  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 237 aa  52.4  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4559  transcriptional regulator, TetR family  44.12 
 
 		 192 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5175  putative transcriptional regulator, TetR family  31.45 
 
 		 205 aa  52.4  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0125916  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1676  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 201 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.257121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 201 aa  52.4  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 202 aa  52  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0113  transcriptional regulator, TetR family  47.92 
 
 		 211 aa  52  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.987214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5330  transcriptional regulator, TetR family  43.64 
 
 		 190 aa  52  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  44.68 
 
 		 184 aa  51.2  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 770 aa  51.6  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2851  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 204 aa  51.2  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2525  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12230  transcriptional regulator  43.86 
 
 		 199 aa  51.6  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0370  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0234884  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10705  transcriptional regulator  28.49 
 
 		 198 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  26.63 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14590  transcriptional regulator, tetR family  26.15 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4348  transcriptional regulator, TetR family  28.93 
 
 		 198 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0114  transcriptional regulator, TetR family  47.83 
 
 		 197 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13864  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 324 aa  50.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 191 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0203  regulatory protein TetR  31.95 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.041689  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5008  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 201 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 206 aa  50.1  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1650  regulatory protein TetR  37.39 
 
 		 203 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0671734  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5189  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1502  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.385487  normal  0.318035 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5040  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5585  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2298  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 497 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5433  transcriptional regulator, TetR family  28.41 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.944120000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24360  transcriptional regulator  42.59 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>