More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1914 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1914  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  430  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.183306 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2355  transcriptional regulator, TetR family  45.79 
 
 		 204 aa  151  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2521  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 200 aa  119  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0353  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0616658  normal  0.0838621 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4572  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 200 aa  101  8e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.209013  normal  0.793533 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1840  transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 213 aa  100  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0700993  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10136  transcriptional regulator  34.57 
 
 		 201 aa  98.6  6e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.984674 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5473  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 193 aa  98.6  7e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5094  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 201 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0170525  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5182  TetR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 193 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1674  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 192 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.344236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1103  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 185 aa  91.3  9e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.716955  normal  0.719209 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4838  transcriptional regulator, TetR family  38.14 
 
 		 217 aa  89  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5713  TetR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 198 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5079  TetR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 190 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1169  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 202 aa  82.4  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3152  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262017  normal  0.121031 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5197  transcriptional regulator, TetR family  28.19 
 
 		 211 aa  80.1  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4507  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.916577  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4594  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.60513  normal  0.70435 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4890  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.218482 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3167  transcriptional regulator, TetR family  38.79 
 
 		 213 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3363  regulatory protein TetR  39.76 
 
 		 213 aa  72  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.268151  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2639  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.302097  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3166  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.335744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5172  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.369972  normal  0.335335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5977  transcriptional regulator, TetR family  28.29 
 
 		 271 aa  65.1  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.414781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5790  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0320  transcriptional regulator, TetR family  27.59 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3153  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.12439 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 218 aa  61.6  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1013  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.421012  normal  0.993866 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4885  putative transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0329972  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0515  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53550  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00980972  decreased coverage  0.0000958508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4693  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3656  TetR family transcriptional regulator  31 
 
 		 223 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2739  transcriptional regulator, TetR family  29.52 
 
 		 225 aa  52.4  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000589766  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 206 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  35.85 
 
 		 186 aa  51.6  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0908  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.376971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1211  transcriptional regulator, TetR family  27.73 
 
 		 227 aa  51.6  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 242 aa  50.1  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 212 aa  50.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0987  TetR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 203 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4936  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 211 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3447  regulatory protein TetR  29.71 
 
 		 199 aa  49.7  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2681  transcriptional regulator, TetR family  33.87 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.387724  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1827  regulatory protein, TetR  28.1 
 
 		 196 aa  49.3  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0170  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 201 aa  49.3  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.307357  hitchhiker  0.00190078 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 220 aa  49.3  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4300  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 236 aa  49.3  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.459951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 		 190 aa  48.9  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3755  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 239 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3828  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 239 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3767  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 239 aa  48.9  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 212 aa  48.5  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 212 aa  48.5  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1291  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 190 aa  48.5  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.170651  normal  0.326718 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  30.61 
 
 		 237 aa  48.5  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 212 aa  48.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  42.19 
 
 		 202 aa  48.1  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1190  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106163  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4918  transcriptional regulator, TetR family  28.43 
 
 		 221 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2776  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.376535  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 221 aa  48.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  28.22 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2332  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3299  regulatory protein, TetR  35.71 
 
 		 216 aa  47.4  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424651 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 212 aa  46.6  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1142  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.627372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 205 aa  47  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4220  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 239 aa  47  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1468  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 190 aa  47.4  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 206 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2679  transcriptional regulator, TetR family  35.53 
 
 		 210 aa  46.6  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569392  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0635  transcription regulator protein  46.51 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13181  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 213 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000106336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1682  putative transcriptional regulator, TetR family  24.28 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.546444 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2712  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 227 aa  46.2  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2111  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 214 aa  46.2  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.780559 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 205 aa  46.6  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3839  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 251 aa  46.6  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2432  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.625789 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4680  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 236 aa  46.2  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2164  regulatory protein, TetR  31.96 
 
 		 209 aa  46.2  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 191 aa  46.2  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4203  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 216 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0570722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3565  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 189 aa  46.2  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0847285  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0113  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 211 aa  45.8  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.987214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 194 aa  45.8  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 223 aa  45.8  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 205 aa  45.4  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 205 aa  45.4  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>