278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2355 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2355  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 204 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2521  TetR family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 200 aa  161  5.0000000000000005e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1914  TetR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 212 aa  151  5.9999999999999996e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.183306 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4572  transcriptional regulator, TetR family  45.05 
 
 		 200 aa  135  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.209013  normal  0.793533 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1840  transcriptional regulator, TetR family  38.17 
 
 		 213 aa  116  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0700993  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3167  transcriptional regulator, TetR family  43.98 
 
 		 213 aa  109  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3152  transcriptional regulator, TetR family  35.84 
 
 		 248 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.262017  normal  0.121031 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0353  transcriptional regulator, TetR family  37.2 
 
 		 228 aa  104  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0616658  normal  0.0838621 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5713  TetR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 198 aa  103  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5094  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 201 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0170525  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5182  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 193 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5473  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 193 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1674  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 192 aa  98.2  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.344236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2639  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 196 aa  96.7  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.302097  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4507  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 224 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.916577  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4838  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4594  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 224 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.60513  normal  0.70435 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4890  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 206 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.218482 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5079  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 190 aa  91.3  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10136  transcriptional regulator  29.38 
 
 		 201 aa  89.4  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.984674 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1103  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 185 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.716955  normal  0.719209 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5197  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3363  regulatory protein TetR  30.16 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.268151  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1169  TetR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 202 aa  78.6  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0320  transcriptional regulator, TetR family  37.17 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5790  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3166  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.335744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3153  transcriptional regulator, TetR family  29.34 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.12439 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5977  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 271 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.414781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5172  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.369972  normal  0.335335 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53550  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00980972  decreased coverage  0.0000958508 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1142  transcriptional regulator, TetR family  30.38 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.627372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1682  putative transcriptional regulator, TetR family  24.22 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.546444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4693  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 227 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 215 aa  53.9  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  29.13 
 
 		 206 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4885  putative transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0329972  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2134  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0273951 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0908  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.376971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2739  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 225 aa  52.8  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000589766  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0187  regulatory protein TetR  30.43 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 221 aa  52.8  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 238 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3656  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 223 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 214 aa  50.8  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 269 aa  50.8  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4596  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1120  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 223 aa  50.1  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.917457  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0450  transcriptional regulator, TetR family  41.54 
 
 		 349 aa  49.3  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0035112 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 209 aa  48.9  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4222  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.42669  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4300  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 236 aa  48.9  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.459951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4288  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.458199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0515  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 211 aa  48.9  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4600  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0411306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0746  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 190 aa  48.9  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  30.71 
 
 		 211 aa  48.5  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1941  hypothetical protein  26.58 
 
 		 200 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 220 aa  48.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  27.07 
 
 		 221 aa  48.1  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 		 216 aa  47.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1281  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.781108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3493  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729173  normal  0.75311 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  25 
 
 		 237 aa  47.4  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4583  putative transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 200 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181423  normal  0.302497 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  27.85 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4242  transcriptional regulator, TetR family  26.89 
 
 		 200 aa  47  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 199 aa  47.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  27.4 
 
 		 216 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2028  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.578288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 212 aa  46.6  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1167  regulatory protein TetR  29.9 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000201787  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  24.72 
 
 		 202 aa  46.6  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  43.14 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3397  TetR family transcriptional regulator  33 
 
 		 222 aa  46.2  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.15089  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0203  regulatory protein TetR  38.33 
 
 		 186 aa  46.6  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.041689  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2339  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 208 aa  46.2  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249237 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4521  hypothetical protein  35.05 
 
 		 244 aa  45.8  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 497 aa  46.2  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1394  TetR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 185 aa  45.8  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.546688  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3260  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 245 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 210 aa  46.2  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10308  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000336223  normal  0.125099 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3207  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 245 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1486  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 201 aa  45.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.260636  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0128  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.168138  normal  0.0601393 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2497  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 212 aa  45.8  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3198  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 228 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2116  transcriptional regulator, TetR family  38.03 
 
 		 192 aa  45.8  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0998  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 191 aa  45.4  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000315127  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0136  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 201 aa  45.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563717  normal  0.436061 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>