More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4608 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4608  ABC transporter related  100 
 
 		 342 aa  686    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3162  ABC transporter related  80.53 
 
 		 341 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3041  ABC transporter related  51.32 
 
 		 372 aa  299  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.383047  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3396  ABC opine/polyamine transporter, ATPase subunit  51.32 
 
 		 372 aa  299  5e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1478  ABC transporter, ATP-binding protein  44.06 
 
 		 343 aa  296  4e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00879269  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0674  ABC transporter, ATP-binding protein  49.69 
 
 		 353 aa  293  2e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0790  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.19 
 
 		 372 aa  294  2e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279429 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3284  ABC transporter related  48.3 
 
 		 350 aa  293  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.77037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5048  ABC transporter related  54.71 
 
 		 353 aa  292  5e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0718  ABC transporter, ATP-binding protein  49.69 
 
 		 353 aa  292  7e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1836  ABC transporter, atp_binding subunit  46.99 
 
 		 364 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1464  ABC-type spermidine/putrescine transport system, ATPase component  43.3 
 
 		 350 aa  290  2e-77  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1592  ABC transporter related  47.19 
 
 		 356 aa  290  2e-77  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.911818  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0832  ABC transporter related  48.88 
 
 		 344 aa  290  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0784  ABC transporter related  56.96 
 
 		 362 aa  290  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.17 
 
 		 370 aa  289  4e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3843  ABC transporter related  49.06 
 
 		 353 aa  288  8e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3205  ABC transporter related  49.24 
 
 		 339 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.21 
 
 		 382 aa  287  2e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4651  ABC transporter related  49.52 
 
 		 367 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.74 
 
 		 373 aa  285  7e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5254  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  46.32 
 
 		 370 aa  285  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0335  ABC transporter related  42.09 
 
 		 329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0307284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6502  putative ABC transporter ATP-binding protein  50.8 
 
 		 351 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl511  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding component  47.1 
 
 		 350 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1365  ABC transporter related  49.83 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1759  ABC transporter related  47.63 
 
 		 353 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.483638  normal  0.015539 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  48.36 
 
 		 342 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  56.72 
 
 		 423 aa  281  1e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2703  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  46.2 
 
 		 359 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.76714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5058  ABC transporter related  47.11 
 
 		 360 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.0933032 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0201  ABC transporter related  55.97 
 
 		 350 aa  281  1e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.490731 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3541  ABC transporter related  47.09 
 
 		 360 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3117  ABC transporter-related protein  47.92 
 
 		 353 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0860  ABC transporter related  49.36 
 
 		 353 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5376  ABC transporter related  47.09 
 
 		 360 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.51 
 
 		 388 aa  279  4e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  55.51 
 
 		 388 aa  279  4e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6000  ABC transporter related  45.24 
 
 		 356 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0326013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.51 
 
 		 388 aa  279  4e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4155  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.31 
 
 		 359 aa  279  6e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0243  ABC transporter related  46.06 
 
 		 342 aa  279  6e-74  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.251428 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1896  ABC transporter related  45.59 
 
 		 359 aa  278  7e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0892333  normal  0.42443 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1553  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.49 
 
 		 362 aa  278  7e-74  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00925156  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.52 
 
 		 353 aa  278  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0281  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.2 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0517  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.56 
 
 		 356 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.105133  normal  0.328539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4728  ABC transporter related  47.08 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.871256  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3635  ABC transporter related  47.08 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.340284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4680  ABC transporter related  48.71 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.96 
 
 		 384 aa  277  2e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0349  ABC transporter, ATPase subunit  45.27 
 
 		 352 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  46.06 
 
 		 366 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4439  ABC transporter related  45.06 
 
 		 348 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3754  ABC transporter related  46.39 
 
 		 353 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.037176  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0112  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  46.08 
 
 		 353 aa  276  3e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178265  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3237  ABC transporter related  54.39 
 
 		 353 aa  276  3e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.543822  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0889  ABC transporter related  44.93 
 
 		 368 aa  276  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1993  ABC transporter related  45.27 
 
 		 352 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.218449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0308  ABC transporter related  48.12 
 
 		 356 aa  276  5e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.48 
 
 		 352 aa  276  5e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000146357  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8306  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  46.58 
 
 		 347 aa  275  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.646948  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4431  ABC transporter related  46.2 
 
 		 363 aa  275  8e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140949  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2335  ABC transporter  47.01 
 
 		 342 aa  275  9e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321614  normal  0.595854 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0375  ABC transporter, ATP-binding protein  45.34 
 
 		 316 aa  275  1.0000000000000001e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0102  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  45.75 
 
 		 353 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.12958  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0224  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.73 
 
 		 359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1109  ABC transporter related  45.15 
 
 		 323 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.79033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4232  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.59 
 
 		 353 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4419  ABC transporter related  45.14 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7050  ABC transporter related  44.9 
 
 		 356 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.348083 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21300  ABC transporter, ATP binding component  48.47 
 
 		 352 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6063  ABC transporter related  46.75 
 
 		 353 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.127278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3616  ABC transporter related  47.35 
 
 		 356 aa  273  4.0000000000000004e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.71 
 
 		 383 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2951  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  42.48 
 
 		 352 aa  273  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0897  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.26 
 
 		 358 aa  272  5.000000000000001e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4198  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  46.73 
 
 		 356 aa  272  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.722311 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2474  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.74 
 
 		 353 aa  272  6e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7384  ABC transporter related protein  48.62 
 
 		 360 aa  272  7e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0947  ABC transporter related  44.67 
 
 		 352 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.167661 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1935  ABC transporter related  47.74 
 
 		 352 aa  271  8.000000000000001e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7452  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.71 
 
 		 374 aa  271  9e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.252559 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.99 
 
 		 382 aa  271  9e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0750  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter ATPase  45.9 
 
 		 363 aa  271  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0659663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4319  ABC transporter-related protein  45.22 
 
 		 364 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.34288 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  42.41 
 
 		 367 aa  271  1e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.15 
 
 		 363 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  55.23 
 
 		 363 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1993  ABC transporter related protein  45.19 
 
 		 344 aa  270  2e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.381301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4660  ABC transporter related  44.87 
 
 		 347 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.934636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.18 
 
 		 366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1804  ABC-type spermidine/putrescine transport systems ATPase components-like protein  49.48 
 
 		 527 aa  270  2.9999999999999997e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4219  ABC transporter related  54.39 
 
 		 399 aa  270  2.9999999999999997e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.116014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5898  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.23 
 
 		 371 aa  270  2.9999999999999997e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0353  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.36 
 
 		 366 aa  269  4e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00527297  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1157  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  52.26 
 
 		 372 aa  269  4e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.602801  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1061  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  45.25 
 
 		 382 aa  270  4e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000354755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4878  ABC transporter related  55.74 
 
 		 387 aa  270  4e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.211799  normal  0.53709 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1925  ABC transporter related protein  54.13 
 
 		 340 aa  270  4e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.664507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>