More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_07780 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  35.39 
 
 		 1158 aa  665    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.05 
 
 		 1176 aa  735    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 		 1148 aa  684    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  40.58 
 
 		 1157 aa  669    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  54.51 
 
 		 1198 aa  1205    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  55.19 
 
 		 1234 aa  1214    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.18 
 
 		 1155 aa  684    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  37.8 
 
 		 1169 aa  723    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  36.04 
 
 		 1147 aa  644    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1176 aa  726    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  32.32 
 
 		 1169 aa  639    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  0.0000230767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1148 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  62.4 
 
 		 1216 aa  1468    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1164 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1150 aa  648    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1176 aa  726    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1178 aa  725    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1176 aa  726    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  37.81 
 
 		 1176 aa  726    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  35.32 
 
 		 1153 aa  647    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  35.23 
 
 		 1153 aa  643    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1150 aa  651    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  60.66 
 
 		 1210 aa  1445    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.53 
 
 		 1176 aa  718    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1168 aa  699    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1157 aa  655    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1188 aa  669    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  39.01 
 
 		 1178 aa  794    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  55.2 
 
 		 1211 aa  1239    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  41.04 
 
 		 1265 aa  763    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 		 1148 aa  640    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  38.89 
 
 		 1161 aa  664    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1154 aa  668    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1148 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1192 aa  651    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 		 1162 aa  640    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1192 aa  654    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  40 
 
 		 1158 aa  712    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1164 aa  637    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  37.54 
 
 		 1176 aa  726    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1153 aa  680    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  36.4 
 
 		 1156 aa  637    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1179 aa  706    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.22 
 
 		 1183 aa  771    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 		 1162 aa  640    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 		 1162 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  62.06 
 
 		 1208 aa  1379    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1165 aa  641    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  68.8 
 
 		 1193 aa  1602    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.08 
 
 		 1165 aa  783    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04745  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1154 aa  641    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.982613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1162 aa  655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1134 aa  668    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1148 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.39 
 
 		 1179 aa  644    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  40.41 
 
 		 1157 aa  691    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  41.36 
 
 		 1176 aa  729    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  61.93 
 
 		 1218 aa  1458    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.34 
 
 		 1182 aa  733    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1148 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.56 
 
 		 1148 aa  716    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  55.2 
 
 		 1211 aa  1238    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.52 
 
 		 1159 aa  701    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  35.19 
 
 		 1160 aa  638    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  63.68 
 
 		 1188 aa  1408    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 		 1196 aa  740    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1162 aa  791    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1162 aa  789    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 		 1207 aa  704    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1165 aa  679    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1160 aa  656    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 		 1160 aa  656    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.83 
 
 		 1169 aa  794    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  36.81 
 
 		 1137 aa  663    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  47.34 
 
 		 1073 aa  636    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.16 
 
 		 1157 aa  637    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1157 aa  646    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  35.76 
 
 		 1179 aa  729    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1162 aa  701    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.89 
 
 		 1246 aa  770    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.41 
 
 		 1165 aa  702    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  36.38 
 
 		 1179 aa  668    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  56.32 
 
 		 1194 aa  1258    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  62.52 
 
 		 1222 aa  1452    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.24 
 
 		 1189 aa  682    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1198 aa  680    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  37.47 
 
 		 1160 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  60.1 
 
 		 1192 aa  1311    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1177 aa  701    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  37.11 
 
 		 1168 aa  699    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1176 aa  726    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  61.7 
 
 		 1224 aa  1441    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1155 aa  643    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  55.2 
 
 		 1211 aa  1238    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1148 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  55.09 
 
 		 1212 aa  1230    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  36.57 
 
 		 1173 aa  650    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1174 aa  693    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1168 aa  672    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>