More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3901 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  100 
 
 
413 aa  849    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  83.29 
 
 
413 aa  725    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  56.16 
 
 
415 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  55.28 
 
 
415 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  52.44 
 
 
445 aa  437  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  51.17 
 
 
419 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  49.88 
 
 
432 aa  396  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  31.16 
 
 
417 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  33.84 
 
 
415 aa  176  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1288  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
415 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.166473  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1450  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
415 aa  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.702119  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  31.97 
 
 
391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3558  Extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
415 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.987899  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
417 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0549  extracellular ligand-binding receptor  32.03 
 
 
413 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1052  extracellular ligand-binding receptor  37.2 
 
 
417 aa  153  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  31.2 
 
 
415 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
411 aa  150  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0057  extracellular ligand-binding receptor  31.27 
 
 
405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652717  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3537  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.91 
 
 
402 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277166  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5857  extracellular ligand-binding receptor  30.13 
 
 
411 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.101493  normal  0.03083 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.78 
 
 
384 aa  139  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.32 
 
 
398 aa  138  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3211  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
402 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.37 
 
 
398 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4065  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
398 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
398 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.37 
 
 
392 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  28.11 
 
 
398 aa  136  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.11 
 
 
398 aa  136  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3342  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.08 
 
 
402 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1152  UreA/short-chain amide ABC transporter  28.83 
 
 
415 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.471291  normal  0.323569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2466  Extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
400 aa  133  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.469696  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0008  extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
400 aa  132  9e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0939525  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3120  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.23 
 
 
400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.347887  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2581  hypothetical protein  28.35 
 
 
410 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.516981  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 
402 aa  131  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1440  extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
398 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.615682  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0048  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  26.12 
 
 
410 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3119  Extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 
403 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.741733  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6461  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.65 
 
 
399 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.56224  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1803  hypothetical protein  27.01 
 
 
417 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.387974  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0087  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356646  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0076  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3369  extracellular ligand-binding receptor  24.88 
 
 
402 aa  126  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.998438  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0103  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.38 
 
 
399 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.32797  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  26.37 
 
 
427 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3267  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.37 
 
 
399 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2970  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.38 
 
 
399 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5530  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  26.54 
 
 
401 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0085  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.38 
 
 
399 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.782241  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5573  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.88 
 
 
396 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1437  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
401 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.694305 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  28.03 
 
 
448 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3244  extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
401 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114685  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1936  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 
409 aa  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0141282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4450  Extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
401 aa  123  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.378958  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2318  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  26.61 
 
 
403 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.555979  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0682  putative branched chain amino acid binding protein  27.81 
 
 
395 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.246685  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.83 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
404 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  29.4 
 
 
411 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5162  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  27.65 
 
 
398 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15516  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2030  LivK, ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  28.82 
 
 
407 aa  120  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.438312  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6729  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
401 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1793  hypothetical protein  26.65 
 
 
411 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000632283 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6432  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 
407 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00470186  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1077  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 
397 aa  119  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000554995  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1674  ABC transporter substrate-binding protein  26.26 
 
 
409 aa  119  9e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4077  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
397 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0019  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.97 
 
 
404 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3913  Extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
404 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.956199  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5823  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  26.75 
 
 
401 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281514  normal  0.102648 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0894  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.48 
 
 
401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4029  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  26.79 
 
 
400 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7057  Extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
420 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1790  Leu/Ile/Val-binding family protein  26.74 
 
 
417 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.322977  normal  0.0207356 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3297  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.06 
 
 
400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.300791  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0008  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
408 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0278078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  27.34 
 
 
412 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4022  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 
404 aa  117  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339015  normal  0.405471 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0953  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.2 
 
 
401 aa  116  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1381  twin-arginine translocation pathway signal  26.12 
 
 
452 aa  116  7.999999999999999e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0638843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0182  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 
413 aa  116  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3485  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  25.33 
 
 
407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3119  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125075  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3421  ABC transporter substrate-binding protein  27.78 
 
 
406 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  30.57 
 
 
387 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3757  ABC transporter substrate-binding protein  26.96 
 
 
409 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4449  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 
416 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29774  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  26.73 
 
 
451 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  25.82 
 
 
443 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2465  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
398 aa  113  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.357174  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3593  putative ABC transporter substrate binding protein  26.61 
 
 
403 aa  113  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.636574 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2864  putative periplasmic binding ABC transporter protein  26.34 
 
 
401 aa  113  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.581336 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6250  ABC transporter substrate-binding protein  26.88 
 
 
413 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0435582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0709  Leu/Ile/Val-binding family protein  27.04 
 
 
406 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195015  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0074  putative branched chain amino acid periplasmic binding protein of ABC transporter  27.61 
 
 
399 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>