More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0125 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 759 aa  1530    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  68.74 
 
 		 759 aa  1066    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38 
 
 		 751 aa  525  1e-148  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 		 749 aa  505  1e-141  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 		 760 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.38 
 
 		 765 aa  412  1e-113  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.72 
 
 		 751 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  35.22 
 
 		 776 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 		 760 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.67 
 
 		 769 aa  398  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.42 
 
 		 760 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.61 
 
 		 779 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.54 
 
 		 774 aa  393  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.79 
 
 		 775 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 		 775 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 		 751 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 		 758 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.99 
 
 		 758 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  33.73 
 
 		 762 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 		 769 aa  371  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 		 746 aa  368  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  32.67 
 
 		 745 aa  363  6e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.25 
 
 		 745 aa  362  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 		 762 aa  360  4e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 		 745 aa  360  8e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 		 762 aa  353  5.9999999999999994e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 746 aa  348  3e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 		 756 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.35 
 
 		 1002 aa  337  2.9999999999999997e-91  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 		 748 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 		 783 aa  336  1e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  33.77 
 
 		 755 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 791 aa  333  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.4 
 
 		 1013 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.33 
 
 		 1002 aa  330  4e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.19 
 
 		 1002 aa  330  7e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.69 
 
 		 748 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.26 
 
 		 743 aa  321  3.9999999999999996e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  31.82 
 
 		 993 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  39.15 
 
 		 798 aa  311  4e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 755 aa  309  1.0000000000000001e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 799 aa  308  3e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 		 752 aa  301  3e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  36.94 
 
 		 760 aa  299  1e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 		 763 aa  298  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  30.86 
 
 		 1003 aa  297  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 		 757 aa  296  9e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.7 
 
 		 772 aa  295  2e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  37.04 
 
 		 755 aa  293  6e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  34.53 
 
 		 783 aa  291  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.35 
 
 		 771 aa  287  5.999999999999999e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  33.61 
 
 		 772 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 		 775 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35.57 
 
 		 849 aa  277  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.56 
 
 		 762 aa  277  6e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  37.77 
 
 		 722 aa  273  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  33.56 
 
 		 732 aa  268  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  35.63 
 
 		 770 aa  267  5e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  35.43 
 
 		 980 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  38.37 
 
 		 738 aa  263  6.999999999999999e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  34.45 
 
 		 732 aa  263  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  35.24 
 
 		 931 aa  262  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 		 709 aa  262  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  34.69 
 
 		 723 aa  257  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  30.31 
 
 		 509 aa  256  9e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  34.8 
 
 		 812 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  30.59 
 
 		 728 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  35.46 
 
 		 731 aa  254  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.45 
 
 		 847 aa  252  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  33.4 
 
 		 842 aa  251  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  29.99 
 
 		 728 aa  249  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.31 
 
 		 844 aa  244  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  33.99 
 
 		 847 aa  243  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.72 
 
 		 846 aa  243  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  34.06 
 
 		 847 aa  243  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  33.69 
 
 		 855 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 		 721 aa  238  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 		 874 aa  232  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  35.2 
 
 		 936 aa  232  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  29.45 
 
 		 895 aa  231  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  28.74 
 
 		 506 aa  231  4e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 		 875 aa  231  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  32.65 
 
 		 625 aa  230  9e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 864 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  31.41 
 
 		 856 aa  228  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  25.92 
 
 		 884 aa  223  7e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 		 740 aa  221  6e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  35.19 
 
 		 567 aa  220  8.999999999999998e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  28.68 
 
 		 508 aa  219  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  29.06 
 
 		 852 aa  217  5.9999999999999996e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  29.77 
 
 		 844 aa  214  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.35 
 
 		 871 aa  206  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  31.61 
 
 		 856 aa  199  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 		 770 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  31.6 
 
 		 689 aa  197  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 		 865 aa  197  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  29.49 
 
 		 822 aa  197  6e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  26.81 
 
 		 908 aa  191  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  25.75 
 
 		 1871 aa  153  1e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  25.41 
 
 		 1280 aa  152  3e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>