More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4173 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  48.21 
 
 		 785 aa  704    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  53.71 
 
 		 740 aa  729    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  48.87 
 
 		 786 aa  699    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  48.09 
 
 		 787 aa  702    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 739 aa  1471    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  33.76 
 
 		 720 aa  300  4e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  31.65 
 
 		 712 aa  251  3e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 678 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 726 aa  237  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  30.14 
 
 		 681 aa  236  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 733 aa  229  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 700 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  29.1 
 
 		 727 aa  223  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 698 aa  222  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 736 aa  222  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 715 aa  221  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  30.26 
 
 		 717 aa  221  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 681 aa  218  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 713 aa  216  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 742 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 734 aa  211  4e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 		 664 aa  207  8e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 714 aa  200  7.999999999999999e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 737 aa  191  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 692 aa  187  7e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 718 aa  173  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 690 aa  169  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  27.46 
 
 		 715 aa  169  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 702 aa  167  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 688 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  27.59 
 
 		 690 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 708 aa  162  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  28.94 
 
 		 712 aa  161  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  35.07 
 
 		 706 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 680 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 716 aa  126  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 702 aa  124  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 694 aa  122  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 742 aa  120  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 706 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  25.49 
 
 		 710 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.5 
 
 		 681 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.61 
 
 		 706 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 682 aa  112  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 705 aa  112  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.32 
 
 		 721 aa  112  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  23.29 
 
 		 728 aa  109  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.35 
 
 		 706 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.06 
 
 		 706 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.35 
 
 		 706 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 731 aa  108  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.01 
 
 		 726 aa  105  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  22.93 
 
 		 700 aa  100  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  22.93 
 
 		 700 aa  100  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 675 aa  100  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 700 aa  99  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 700 aa  99  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 700 aa  98.2  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 700 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 700 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 700 aa  97.4  9e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 709 aa  96.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 688 aa  96.7  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 700 aa  96.3  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 715 aa  95.9  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  23.17 
 
 		 690 aa  96.3  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  21.91 
 
 		 705 aa  93.6  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 697 aa  91.7  5e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  24.71 
 
 		 701 aa  87.8  6e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 705 aa  87.8  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 709 aa  87.4  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 800 aa  87  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 688 aa  82  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 680 aa  80.5  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  28.57 
 
 		 788 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  21.71 
 
 		 762 aa  78.6  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  32.64 
 
 		 683 aa  78.2  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  20.76 
 
 		 688 aa  77.8  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 614 aa  76.3  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  32.62 
 
 		 683 aa  75.9  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 757 aa  75.9  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 741 aa  75.5  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.64 
 
 		 712 aa  75.1  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  25.52 
 
 		 780 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 729 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 		 736 aa  73.6  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  24.74 
 
 		 725 aa  73.2  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 769 aa  72.8  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3599  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 822 aa  72.8  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  29.81 
 
 		 768 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  29.17 
 
 		 693 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 777 aa  72  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  21.07 
 
 		 750 aa  72  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 751 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  36.22 
 
 		 778 aa  72  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 700 aa  71.6  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1760  TonB-dependent heme receptor  21.81 
 
 		 664 aa  71.2  0.00000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  26.2 
 
 		 703 aa  70.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 777 aa  70.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 777 aa  70.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>