More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5702 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 124 aa  243  8e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  72.58 
 
 		 124 aa  186  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  48.36 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  54.13 
 
 		 110 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  48.33 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  45.22 
 
 		 115 aa  102  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  45.6 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  49.54 
 
 		 201 aa  100  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 165 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 263 aa  90.9  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  40.68 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  40.34 
 
 		 143 aa  76.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  49.3 
 
 		 155 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 123 aa  75.9  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  42.4 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 62 aa  72.8  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  37.39 
 
 		 129 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  36.52 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  34.11 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 245 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  39.44 
 
 		 115 aa  53.9  0.0000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  44.83 
 
 		 201 aa  53.9  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2666  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 86 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355164  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 197 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 371 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 123 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 105 aa  51.2  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.1 
 
 		 323 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 219 aa  51.2  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 		 195 aa  50.8  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 140 aa  50.8  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 252 aa  50.4  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  41.07 
 
 		 223 aa  50.4  0.000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 176 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  34.65 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 199 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 191 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 191 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 191 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 194 aa  50.1  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  38.3 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 256 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 197 aa  49.3  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 223 aa  49.3  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 143 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0783  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 394 aa  48.5  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.500633  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 321 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 200 aa  48.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 		 200 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 260 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  41.33 
 
 		 483 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  35.71 
 
 		 195 aa  47.8  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  28.16 
 
 		 255 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.35 
 
 		 299 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 82 aa  47.8  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 83 aa  47.4  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 77 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 91 aa  47.4  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 390 aa  47.4  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4441  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 123 aa  47.4  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 218 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.6 
 
 		 299 aa  47  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.6 
 
 		 299 aa  47  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 180 aa  47  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 106 aa  47  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  39.62 
 
 		 180 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 152 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 228 aa  47  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  48 
 
 		 196 aa  47  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 101 aa  47  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.21 
 
 		 306 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.84 
 
 		 342 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 490 aa  46.2  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 198 aa  46.2  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 255 aa  46.2  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  31.97 
 
 		 131 aa  47  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 191 aa  47  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  39.22 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  36.84 
 
 		 302 aa  45.8  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 504 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.84 
 
 		 294 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03340  predicted transcriptional regulator  48.28 
 
 		 190 aa  45.4  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 79 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>