More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2024 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 779 aa  1521    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  82.36 
 
 		 784 aa  1202    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  39.71 
 
 		 780 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  38.2 
 
 		 751 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  39.97 
 
 		 774 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  38.37 
 
 		 773 aa  425  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  36.18 
 
 		 801 aa  385  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  35.1 
 
 		 803 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  32.07 
 
 		 681 aa  283  9e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  29.19 
 
 		 819 aa  265  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  29.67 
 
 		 745 aa  259  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  29.34 
 
 		 720 aa  251  4e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  27.95 
 
 		 775 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  27.2 
 
 		 775 aa  239  2e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  29.29 
 
 		 772 aa  234  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  42.33 
 
 		 797 aa  226  9e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  38.01 
 
 		 767 aa  199  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  38.77 
 
 		 805 aa  196  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  37.04 
 
 		 686 aa  184  8.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  37.58 
 
 		 756 aa  180  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  27.17 
 
 		 752 aa  172  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  35.1 
 
 		 829 aa  170  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  35.57 
 
 		 776 aa  162  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  34.77 
 
 		 763 aa  160  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  24.52 
 
 		 750 aa  157  9e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  31.79 
 
 		 733 aa  156  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  25.61 
 
 		 789 aa  147  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  32.32 
 
 		 751 aa  147  9e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  25.89 
 
 		 728 aa  145  4e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  23.94 
 
 		 696 aa  144  7e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  33.63 
 
 		 738 aa  144  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  30.82 
 
 		 711 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  32.69 
 
 		 750 aa  141  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  32.69 
 
 		 757 aa  140  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 		 757 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 		 757 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 		 757 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 		 757 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  31.83 
 
 		 747 aa  140  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  32.36 
 
 		 757 aa  139  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  31.39 
 
 		 740 aa  139  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  30.63 
 
 		 696 aa  138  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  31.56 
 
 		 744 aa  138  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  33.54 
 
 		 807 aa  138  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  32.2 
 
 		 805 aa  136  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  32.59 
 
 		 781 aa  135  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  25.25 
 
 		 793 aa  135  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  33.44 
 
 		 803 aa  134  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  32.25 
 
 		 660 aa  134  9e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  31.58 
 
 		 781 aa  134  9e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  26.15 
 
 		 640 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  27.96 
 
 		 799 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  26.15 
 
 		 640 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  25 
 
 		 787 aa  132  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  25.91 
 
 		 717 aa  132  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  31.76 
 
 		 689 aa  132  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  31.51 
 
 		 780 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  25.15 
 
 		 662 aa  131  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  30.89 
 
 		 793 aa  131  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  34.27 
 
 		 702 aa  131  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  28.67 
 
 		 833 aa  130  8.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  30.45 
 
 		 791 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  32.93 
 
 		 673 aa  130  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 		 781 aa  130  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  30.66 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  30.66 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  25.97 
 
 		 640 aa  130  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  30.66 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  29.26 
 
 		 641 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  24.76 
 
 		 748 aa  130  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  30.66 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  33 
 
 		 753 aa  129  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  34.94 
 
 		 736 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  31.99 
 
 		 686 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  25.68 
 
 		 697 aa  129  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 766 aa  128  5e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  31.45 
 
 		 783 aa  127  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  33.11 
 
 		 650 aa  126  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  32.23 
 
 		 804 aa  126  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  33.11 
 
 		 654 aa  126  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  33.11 
 
 		 654 aa  126  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  25.39 
 
 		 675 aa  126  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  31.15 
 
 		 774 aa  126  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  31.15 
 
 		 774 aa  126  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  30.48 
 
 		 716 aa  125  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  25.97 
 
 		 707 aa  125  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  31.55 
 
 		 775 aa  125  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  30.9 
 
 		 787 aa  124  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  29.75 
 
 		 703 aa  124  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  30.21 
 
 		 650 aa  124  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  26.45 
 
 		 681 aa  123  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  29.49 
 
 		 814 aa  123  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  31.76 
 
 		 703 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  30.48 
 
 		 710 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  28.25 
 
 		 672 aa  121  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  32.58 
 
 		 794 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  30.25 
 
 		 705 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  30.41 
 
 		 704 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  28.43 
 
 		 635 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  29.88 
 
 		 702 aa  119  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>