More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2601 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  60.87 
 
 		 763 aa  890    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  100 
 
 		 737 aa  1488    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  58.91 
 
 		 759 aa  850    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  61.9 
 
 		 763 aa  921    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  96.74 
 
 		 737 aa  1423    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  52.62 
 
 		 752 aa  771    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  55.56 
 
 		 777 aa  776    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  48.52 
 
 		 720 aa  633  1e-180  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  46.15 
 
 		 758 aa  592  1e-167  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  44.89 
 
 		 762 aa  585  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  46.05 
 
 		 716 aa  576  1.0000000000000001e-163  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  44.66 
 
 		 806 aa  560  1e-158  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  44.66 
 
 		 808 aa  559  1e-158  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  44.66 
 
 		 804 aa  560  1e-158  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  44.66 
 
 		 810 aa  559  1e-158  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  44.35 
 
 		 812 aa  560  1e-158  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  44.66 
 
 		 808 aa  559  1e-158  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  44.81 
 
 		 806 aa  560  1e-158  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  44.66 
 
 		 806 aa  559  1e-158  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  44.2 
 
 		 814 aa  558  1e-157  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  44.51 
 
 		 808 aa  558  1e-157  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  44.31 
 
 		 792 aa  553  1e-156  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  43.35 
 
 		 788 aa  552  1e-156  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  43.5 
 
 		 751 aa  545  1e-153  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  42.65 
 
 		 790 aa  540  9.999999999999999e-153  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0805  ribonuclease R  42.65 
 
 		 790 aa  540  9.999999999999999e-153  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.127645  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  43.21 
 
 		 751 aa  539  9.999999999999999e-153  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  43.88 
 
 		 706 aa  535  1e-151  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  40.08 
 
 		 827 aa  538  1e-151  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  43.14 
 
 		 706 aa  532  1e-150  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  43.32 
 
 		 792 aa  528  1e-148  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  42.98 
 
 		 722 aa  526  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  44.08 
 
 		 722 aa  528  1e-148  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  43.35 
 
 		 757 aa  516  1.0000000000000001e-145  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  41.7 
 
 		 1055 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  41.51 
 
 		 857 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  41.1 
 
 		 716 aa  510  1e-143  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  41.37 
 
 		 857 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  41.18 
 
 		 758 aa  508  9.999999999999999e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  41.61 
 
 		 857 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  41.27 
 
 		 827 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  41.27 
 
 		 827 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  44.59 
 
 		 715 aa  503  1e-141  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  40.43 
 
 		 828 aa  504  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  40.45 
 
 		 907 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  41.27 
 
 		 827 aa  504  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  41 
 
 		 817 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  40.06 
 
 		 937 aa  502  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  40.32 
 
 		 906 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  41 
 
 		 817 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  40.58 
 
 		 812 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  40.58 
 
 		 896 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  40.58 
 
 		 838 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  40.58 
 
 		 895 aa  496  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  40.58 
 
 		 838 aa  496  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  40.58 
 
 		 838 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  40.61 
 
 		 828 aa  498  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  40.58 
 
 		 896 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  40.92 
 
 		 859 aa  499  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  39.75 
 
 		 817 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  39.48 
 
 		 870 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  39.97 
 
 		 876 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  41 
 
 		 818 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  44.27 
 
 		 770 aa  493  9.999999999999999e-139  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  39.45 
 
 		 840 aa  495  9.999999999999999e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  39.48 
 
 		 876 aa  492  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  40.58 
 
 		 886 aa  495  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  41.26 
 
 		 755 aa  491  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  39.03 
 
 		 818 aa  492  1e-137  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  40.12 
 
 		 735 aa  491  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  39.46 
 
 		 833 aa  491  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  44.21 
 
 		 903 aa  491  1e-137  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  39.43 
 
 		 833 aa  491  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  39.83 
 
 		 861 aa  491  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  40.11 
 
 		 871 aa  487  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  39.62 
 
 		 736 aa  486  1e-136  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  39.86 
 
 		 749 aa  486  1e-136  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  39.61 
 
 		 877 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  39.52 
 
 		 848 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  40.43 
 
 		 804 aa  488  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  40.95 
 
 		 709 aa  484  1e-135  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  39.17 
 
 		 877 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  45.43 
 
 		 858 aa  483  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  39.38 
 
 		 864 aa  484  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  40.08 
 
 		 817 aa  485  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  40.28 
 
 		 829 aa  485  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  39.86 
 
 		 803 aa  483  1e-135  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  39.66 
 
 		 808 aa  479  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  45.33 
 
 		 857 aa  481  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  39.83 
 
 		 824 aa  480  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  39.92 
 
 		 815 aa  478  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  44.41 
 
 		 910 aa  476  1e-133  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  39.66 
 
 		 808 aa  479  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  39.66 
 
 		 808 aa  479  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  39.6 
 
 		 809 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  39.43 
 
 		 807 aa  475  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  39.15 
 
 		 726 aa  473  1e-132  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  39.43 
 
 		 807 aa  474  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  40.83 
 
 		 819 aa  474  1e-132  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  39.43 
 
 		 807 aa  475  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>