More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_07110 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  47 
 
 		 831 aa  676    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  49.13 
 
 		 845 aa  748    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  48.71 
 
 		 828 aa  719    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 847 aa  1687    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  54.84 
 
 		 878 aa  833    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.05 
 
 		 858 aa  726    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  53.2 
 
 		 852 aa  819    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  46.5 
 
 		 816 aa  611  1e-173  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  43.06 
 
 		 758 aa  600  1e-170  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  43.06 
 
 		 758 aa  600  1e-170  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.91 
 
 		 797 aa  602  1e-170  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  43.21 
 
 		 759 aa  599  1e-170  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.99 
 
 		 778 aa  594  1e-168  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  42.82 
 
 		 758 aa  593  1e-168  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  42.87 
 
 		 763 aa  590  1e-167  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  42.25 
 
 		 766 aa  582  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.46 
 
 		 495 aa  315  1.9999999999999998e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  39.89 
 
 		 815 aa  310  6.999999999999999e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  40.75 
 
 		 477 aa  308  2.0000000000000002e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  50.17 
 
 		 304 aa  268  2e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.52 
 
 		 847 aa  268  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  49.66 
 
 		 303 aa  265  3e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  34.75 
 
 		 882 aa  263  8e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.41 
 
 		 863 aa  258  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  35.7 
 
 		 833 aa  257  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  35.62 
 
 		 871 aa  257  6e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.87 
 
 		 902 aa  256  9e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  36.07 
 
 		 833 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  36.01 
 
 		 833 aa  255  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.56 
 
 		 867 aa  254  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  34.22 
 
 		 853 aa  254  6e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  36.73 
 
 		 832 aa  253  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.92 
 
 		 877 aa  253  2e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  46.03 
 
 		 352 aa  248  4e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  37.75 
 
 		 896 aa  247  4.9999999999999997e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  35.1 
 
 		 845 aa  247  6e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  33.63 
 
 		 851 aa  247  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  47.16 
 
 		 303 aa  246  9.999999999999999e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  47.65 
 
 		 302 aa  246  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  45.83 
 
 		 305 aa  244  7e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  35.47 
 
 		 837 aa  242  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  31.78 
 
 		 815 aa  241  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  34.16 
 
 		 848 aa  240  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.44 
 
 		 436 aa  240  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  35.24 
 
 		 837 aa  238  4e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.62 
 
 		 865 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  31.94 
 
 		 896 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.68 
 
 		 871 aa  236  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  33.33 
 
 		 813 aa  236  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  47.32 
 
 		 321 aa  235  3e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.31 
 
 		 292 aa  234  4.0000000000000004e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  35.53 
 
 		 846 aa  232  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  43.25 
 
 		 302 aa  232  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.27 
 
 		 861 aa  232  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  33.68 
 
 		 864 aa  232  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  33.97 
 
 		 901 aa  232  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.28 
 
 		 855 aa  231  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.67 
 
 		 837 aa  230  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.41 
 
 		 302 aa  228  3e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.27 
 
 		 847 aa  227  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  34.37 
 
 		 818 aa  226  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.25 
 
 		 868 aa  226  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  34.47 
 
 		 895 aa  226  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  33.8 
 
 		 868 aa  224  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  33.27 
 
 		 840 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  42.52 
 
 		 306 aa  223  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  33.27 
 
 		 822 aa  222  3e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  44.3 
 
 		 293 aa  221  5e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  33.21 
 
 		 847 aa  219  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  32.56 
 
 		 534 aa  218  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.38 
 
 		 313 aa  217  9e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  34.15 
 
 		 834 aa  216  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  31.37 
 
 		 883 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  45.58 
 
 		 305 aa  214  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  46.05 
 
 		 313 aa  213  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  34.88 
 
 		 846 aa  213  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  30.2 
 
 		 900 aa  211  4e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.05 
 
 		 313 aa  211  4e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  33.85 
 
 		 825 aa  211  5e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  34.79 
 
 		 856 aa  207  5e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  33.89 
 
 		 949 aa  206  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  32.95 
 
 		 927 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  31.05 
 
 		 886 aa  197  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  31.55 
 
 		 817 aa  197  7e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.63 
 
 		 316 aa  194  5e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.02 
 
 		 306 aa  194  6e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  30.74 
 
 		 882 aa  193  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  32 
 
 		 845 aa  192  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  39.45 
 
 		 301 aa  191  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  30.39 
 
 		 825 aa  189  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  32.39 
 
 		 932 aa  187  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  36.96 
 
 		 376 aa  181  4e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 316 aa  170  9e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  36.94 
 
 		 320 aa  166  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  34.58 
 
 		 866 aa  158  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.08 
 
 		 311 aa  158  4e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  36.88 
 
 		 358 aa  157  5.0000000000000005e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  32.7 
 
 		 313 aa  157  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  32.28 
 
 		 608 aa  157  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  32.73 
 
 		 303 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>