More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_0135 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  100 
 
 		 414 aa  857    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  80.79 
 
 		 384 aa  648    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  53.91 
 
 		 406 aa  419  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  52.3 
 
 		 415 aa  404  1e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.1 
 
 		 380 aa  403  1e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.83 
 
 		 400 aa  399  9.999999999999999e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.6 
 
 		 379 aa  396  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  51.31 
 
 		 419 aa  397  1e-109  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  48.63 
 
 		 436 aa  391  1e-107  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.57 
 
 		 397 aa  389  1e-107  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  51.73 
 
 		 392 aa  385  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  51.22 
 
 		 388 aa  388  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  53.42 
 
 		 391 aa  382  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.01 
 
 		 392 aa  376  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.95 
 
 		 398 aa  369  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.26 
 
 		 393 aa  370  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.16 
 
 		 442 aa  370  1e-101  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  54.21 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  52.25 
 
 		 373 aa  366  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  50.55 
 
 		 455 aa  354  2e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  54.96 
 
 		 368 aa  354  2e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.94 
 
 		 394 aa  350  3e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  52.54 
 
 		 370 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  52.54 
 
 		 370 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  52.54 
 
 		 370 aa  349  5e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  51.1 
 
 		 377 aa  348  9e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.87 
 
 		 400 aa  348  9e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.62 
 
 		 394 aa  347  2e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.44 
 
 		 396 aa  343  2.9999999999999997e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  48.75 
 
 		 389 aa  339  5e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  50.56 
 
 		 386 aa  338  8e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 		 347 aa  234  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  36.86 
 
 		 322 aa  229  9e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.38 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.8 
 
 		 319 aa  223  6e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.9 
 
 		 324 aa  222  9e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.13 
 
 		 325 aa  221  9.999999999999999e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.44 
 
 		 321 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.17 
 
 		 325 aa  219  7e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.44 
 
 		 342 aa  218  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.86 
 
 		 320 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38 
 
 		 333 aa  216  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.13 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.5 
 
 		 324 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  37.78 
 
 		 325 aa  212  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.91 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.91 
 
 		 327 aa  210  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.67 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.03 
 
 		 332 aa  209  8e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.03 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  34.73 
 
 		 332 aa  209  1e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.73 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.73 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.28 
 
 		 322 aa  209  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.73 
 
 		 332 aa  209  1e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.54 
 
 		 347 aa  208  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.94 
 
 		 333 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  39.07 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.66 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.58 
 
 		 320 aa  207  3e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.08 
 
 		 332 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.18 
 
 		 327 aa  206  6e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 		 353 aa  206  7e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.83 
 
 		 351 aa  204  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 		 332 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.78 
 
 		 333 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  34.56 
 
 		 324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  34.56 
 
 		 324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  35.65 
 
 		 343 aa  199  6e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.56 
 
 		 332 aa  199  7e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.67 
 
 		 326 aa  199  7e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.67 
 
 		 326 aa  199  7e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.94 
 
 		 328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.44 
 
 		 343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  35.76 
 
 		 318 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 		 337 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 		 336 aa  196  8.000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  37.14 
 
 		 337 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  37.14 
 
 		 337 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.39 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 		 337 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 347 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  35.83 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  34.38 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  35.83 
 
 		 332 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  34.7 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  32.61 
 
 		 333 aa  188  2e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 		 337 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.66 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.69 
 
 		 354 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.09 
 
 		 381 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.48 
 
 		 346 aa  187  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.76 
 
 		 354 aa  186  5e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.85 
 
 		 334 aa  186  5e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  36.97 
 
 		 327 aa  186  7e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.78 
 
 		 327 aa  186  9e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.97 
 
 		 357 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  34.66 
 
 		 344 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>