More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4774 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4774  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 760 aa  1538    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594782  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0041  putative TonB-dependent siderophore receptor  45.08 
 
 		 821 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.130227 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0477  TonB-dependent receptor  42.26 
 
 		 778 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.642633  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3037  TonB-dependent receptor  41.84 
 
 		 778 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000978239  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2999  TonB-dependent receptor  41.84 
 
 		 778 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4626  TonB-dependent receptor  42.15 
 
 		 804 aa  532  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22062  normal  0.899276 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1000  TonB-dependent receptor  42.26 
 
 		 778 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0146  TonB-dependent receptor  42.26 
 
 		 778 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.580852  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2630  TonB-dependent receptor  42.26 
 
 		 778 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1598  TonB-dependent receptor  42.24 
 
 		 778 aa  535  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0220938  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2935  TonB-dependent receptor  41.84 
 
 		 778 aa  532  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0458457  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0909  TonB-dependent siderophore receptor  40.31 
 
 		 794 aa  529  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.794253 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0870  TonB-dependent receptor  42.07 
 
 		 784 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0970  TonB-dependent receptor  42.2 
 
 		 786 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108903  normal  0.157986 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4118  TonB-dependent receptor  42.04 
 
 		 788 aa  525  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00057818  normal  0.54154 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0532  hypothetical protein  42.34 
 
 		 790 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.203812  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1010  TonB-dependent receptor  42.34 
 
 		 790 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0114301  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0882  TonB-dependent receptor  41.94 
 
 		 784 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.72079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4248  TonB-dependent receptor  39.57 
 
 		 772 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05316  putative ferrisiderophore receptor protein  40.7 
 
 		 779 aa  505  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2388  TonB-dependent receptor  41.78 
 
 		 788 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  39.57 
 
 		 772 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1838  TonB-dependent receptor  38.6 
 
 		 796 aa  451  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2380  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 		 782 aa  419  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397663  normal  0.960991 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1245  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 761 aa  357  5e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384236  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0635  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 874 aa  263  6.999999999999999e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2882  TonB-dependent receptor protein  27.58 
 
 		 780 aa  260  8e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00344491  hitchhiker  0.00617905 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1629  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 718 aa  259  9e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00166049  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 762 aa  174  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 719 aa  171  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 742 aa  156  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 736 aa  152  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 737 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 742 aa  137  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 764 aa  104  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  22.98 
 
 		 764 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  22.49 
 
 		 764 aa  77.8  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 726 aa  75.9  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1826  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.86 
 
 		 718 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0529347  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2089  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor family protein  23.86 
 
 		 767 aa  72  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329074  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1115  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor family protein  23.86 
 
 		 767 aa  72  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0824  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor family protein  23.86 
 
 		 767 aa  72  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359227  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0440  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor family protein  23.72 
 
 		 764 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1781  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.59 
 
 		 769 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 836 aa  69.7  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0347  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor family protein  23.59 
 
 		 759 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.72 
 
 		 867 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 698 aa  67  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1987  TonB-dependent siderophore receptor  26.81 
 
 		 769 aa  67  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 698 aa  67  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 698 aa  67  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 653 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.21 
 
 		 862 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1659  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 714 aa  63.9  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000365717  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 709 aa  63.5  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 		 743 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3667  TonB-dependent receptor plug  24.2 
 
 		 624 aa  63.2  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0876  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor, C-terminal  28.81 
 
 		 760 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.341234  normal  0.740329 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1173  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 		 741 aa  63.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 721 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 649 aa  62.8  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1228  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 623 aa  62  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0002097  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 702 aa  62  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  26.91 
 
 		 656 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  21.21 
 
 		 828 aa  61.6  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1014  TonB-dependent receptor, putative  27.78 
 
 		 760 aa  60.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  31.55 
 
 		 673 aa  60.1  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1412  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 399 aa  60.5  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.158027  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1648  ferric receptor CfrA  23.92 
 
 		 696 aa  59.7  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1522  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 721 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  25.73 
 
 		 650 aa  59.7  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0469  iron-regulated outer membrane virulence protein, TonB receptor CfrA  21.53 
 
 		 698 aa  59.7  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.442515  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  26.36 
 
 		 695 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2675  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 667 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 627 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 694 aa  60.1  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 635 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0988  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 806 aa  58.9  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124203 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  27.8 
 
 		 668 aa  58.5  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3540  putative outer membrane TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 805 aa  58.5  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0614736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  23.98 
 
 		 739 aa  58.2  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4255  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 720 aa  58.2  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  22.39 
 
 		 807 aa  57.4  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  33.01 
 
 		 652 aa  57  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 725 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1472  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 		 683 aa  57  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.907424  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 648 aa  57  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  21.99 
 
 		 732 aa  56.6  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 725 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 746 aa  57  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  31.47 
 
 		 617 aa  57.4  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1978  colicin I receptor  26.95 
 
 		 351 aa  57.4  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  27.27 
 
 		 862 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 777 aa  57  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 723 aa  57.4  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 723 aa  57.4  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 725 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 777 aa  57  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  22.42 
 
 		 710 aa  56.2  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3324  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  24.31 
 
 		 713 aa  56.2  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.992566  normal  0.497085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>