More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2882 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2882  TonB-dependent receptor protein  100 
 
 		 780 aa  1606    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00344491  hitchhiker  0.00617905 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0635  TonB-dependent receptor  34.28 
 
 		 874 aa  452  1e-125  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4626  TonB-dependent receptor  32.97 
 
 		 804 aa  365  3e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22062  normal  0.899276 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0909  TonB-dependent siderophore receptor  32.63 
 
 		 794 aa  362  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.794253 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2999  TonB-dependent receptor  33.03 
 
 		 778 aa  356  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3037  TonB-dependent receptor  33.25 
 
 		 778 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000978239  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2935  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 778 aa  353  5e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0458457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0477  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 778 aa  353  8e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.642633  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0146  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 778 aa  353  8e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.580852  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2630  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 778 aa  353  8e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1000  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 778 aa  353  8e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1598  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 		 778 aa  352  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0220938  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1245  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 761 aa  351  4e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384236  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0970  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 		 786 aa  346  8e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108903  normal  0.157986 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0532  hypothetical protein  31.83 
 
 		 790 aa  346  1e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.203812  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1010  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 		 790 aa  346  1e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0114301  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4118  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 788 aa  345  2e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00057818  normal  0.54154 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0870  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 784 aa  345  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0882  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 784 aa  342  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.72079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 772 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4248  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 772 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2388  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 788 aa  327  6e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05316  putative ferrisiderophore receptor protein  30.7 
 
 		 779 aa  320  6e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.469557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1838  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 796 aa  314  3.9999999999999997e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0041  putative TonB-dependent siderophore receptor  28.36 
 
 		 821 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.130227 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2380  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 782 aa  299  2e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397663  normal  0.960991 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4774  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 760 aa  260  9e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594782  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1629  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 718 aa  257  7e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00166049  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 762 aa  159  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 742 aa  144  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0778  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 742 aa  132  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 737 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 736 aa  124  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 764 aa  104  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 719 aa  93.2  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  22.84 
 
 		 706 aa  77.4  0.0000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 699 aa  69.3  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1273  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 		 665 aa  68.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.227492  normal  0.0101206 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.38 
 
 		 631 aa  67.8  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0667  putative TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 793 aa  65.5  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  21.33 
 
 		 828 aa  65.9  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 649 aa  65.5  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  21.17 
 
 		 828 aa  63.9  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 648 aa  63.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  27.73 
 
 		 617 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.19 
 
 		 631 aa  62.4  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0385  TonB-dependent receptor, plug  24.03 
 
 		 713 aa  60.8  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 836 aa  60.5  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  23.38 
 
 		 728 aa  60.1  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 626 aa  59.7  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4255  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 720 aa  59.7  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 626 aa  59.7  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1375  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 681 aa  58.9  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 700 aa  58.9  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 657 aa  58.5  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.42 
 
 		 616 aa  58.2  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.4 
 
 		 631 aa  57  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 661 aa  57.4  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  28.83 
 
 		 628 aa  57  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1659  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 714 aa  56.2  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000365717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.81 
 
 		 630 aa  55.8  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 709 aa  55.8  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 613 aa  55.8  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.81 
 
 		 630 aa  55.8  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 791 aa  55.1  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3531  TonB-dependent receptor plug  27.49 
 
 		 678 aa  55.1  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0790413  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 700 aa  55.1  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  25.32 
 
 		 670 aa  55.1  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 688 aa  55.1  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4330  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 780 aa  54.7  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.971491 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  22.71 
 
 		 668 aa  55.1  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1253  TonB-dependent receptor, plug  26.32 
 
 		 702 aa  55.1  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.98016  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 845 aa  55.1  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.31 
 
 		 728 aa  54.7  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 705 aa  54.7  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 801 aa  54.7  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  28.74 
 
 		 859 aa  54.3  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1549  TonB-dependent receptor  21.51 
 
 		 656 aa  54.3  0.000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.751142  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 624 aa  54.3  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 700 aa  54.3  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  22.3 
 
 		 706 aa  54.3  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  21.94 
 
 		 706 aa  53.9  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  30.5 
 
 		 774 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  21.92 
 
 		 700 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  22.3 
 
 		 706 aa  53.9  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 700 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0798  TonB-dependent siderophore receptor  30.22 
 
 		 773 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.302135 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 644 aa  53.5  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 700 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 700 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  30.5 
 
 		 774 aa  53.9  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  22.3 
 
 		 721 aa  53.9  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  22.3 
 
 		 706 aa  53.5  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.83 
 
 		 615 aa  52.8  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 700 aa  53.5  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.93 
 
 		 615 aa  52.8  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.77 
 
 		 631 aa  53.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 653 aa  52.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  30 
 
 		 769 aa  52.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3627  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 744 aa  52.8  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000139063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>