More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_2970 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008312  Tery_2970  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
361 aa  749    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2971  D-alanine--D-alanine ligase  93.91 
 
 
361 aa  707    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.157266 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4256  D-alanine--D-alanine ligase  37.36 
 
 
339 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.231762  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  29.05 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  28.63 
 
 
305 aa  109  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  30.08 
 
 
316 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  29.51 
 
 
310 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1847  D-alanyl-alanine synthetase A  26.02 
 
 
328 aa  99.4  9e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00879872  normal  0.0251209 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  27.44 
 
 
313 aa  97.4  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  28.33 
 
 
306 aa  95.5  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  29.81 
 
 
310 aa  95.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  30.36 
 
 
308 aa  94  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2618  D-alanyl-alanine synthetase A  27.13 
 
 
323 aa  91.3  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  30.29 
 
 
627 aa  90.9  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  30.61 
 
 
308 aa  90.9  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1370  D-alanyl-alanine synthetase A  26.97 
 
 
325 aa  89.4  9e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.675036  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  27.64 
 
 
364 aa  89  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  27.64 
 
 
364 aa  89  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  27.64 
 
 
364 aa  89  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  27.64 
 
 
364 aa  89  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  27.64 
 
 
364 aa  89  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  27.64 
 
 
364 aa  89  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  27.64 
 
 
364 aa  89  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  27.64 
 
 
364 aa  89  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  30.5 
 
 
304 aa  86.3  8e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  28.91 
 
 
300 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  28 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  27.62 
 
 
317 aa  83.6  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  26.27 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  30.1 
 
 
308 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  25.81 
 
 
360 aa  83.2  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  24.36 
 
 
360 aa  82  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  31.25 
 
 
363 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  29.06 
 
 
308 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  27.74 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  31.06 
 
 
302 aa  80.9  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  32.49 
 
 
306 aa  80.1  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  30.47 
 
 
363 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  28.37 
 
 
307 aa  78.2  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  27.54 
 
 
306 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5946  D-alanyl-alanine synthetase A  23.33 
 
 
329 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.588243  normal  0.0506502 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  28.17 
 
 
311 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2550  D-alanine--D-alanine ligase  29.5 
 
 
319 aa  78.6  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352521  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  25.82 
 
 
364 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  25.82 
 
 
364 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  26.45 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  26.92 
 
 
347 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1232  D-alanyl-alanine synthetase A  25.07 
 
 
366 aa  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0514331  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  29.5 
 
 
329 aa  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  25.82 
 
 
364 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  33.16 
 
 
308 aa  77  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  25.54 
 
 
357 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  25.97 
 
 
366 aa  77  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1271  D-alanyl-alanine synthetase A  23.93 
 
 
353 aa  77  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  34.76 
 
 
350 aa  76.6  0.0000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2342  D-alanyl-alanine synthetase A  24.12 
 
 
358 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958781 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  26.88 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  32.99 
 
 
307 aa  76.3  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07996  D-alanylalanine synthetase  24.69 
 
 
324 aa  75.9  0.0000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  31.05 
 
 
308 aa  75.5  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  25.81 
 
 
743 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  30.24 
 
 
308 aa  75.1  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1331  D-alanyl-alanine synthetase A  24.51 
 
 
361 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  27.17 
 
 
364 aa  74.7  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  27.54 
 
 
367 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  28.52 
 
 
363 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  25.61 
 
 
360 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  31.44 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  25.45 
 
 
364 aa  74.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  25.45 
 
 
364 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  28.28 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  27.24 
 
 
368 aa  73.6  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  27.67 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  26.96 
 
 
301 aa  73.6  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  27.62 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  21.62 
 
 
365 aa  73.2  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3389  D-alanine--D-alanine ligase  27.16 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.734796  hitchhiker  0.00462713 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  30.61 
 
 
307 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0388  D-ala D-ala ligase  23.53 
 
 
375 aa  72.8  0.000000000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  31.12 
 
 
322 aa  72.4  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  29.61 
 
 
301 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  28.97 
 
 
306 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  25.52 
 
 
337 aa  72  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  26.09 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  31.44 
 
 
307 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  26.27 
 
 
360 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  31.44 
 
 
307 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0337  D-alanine/D-alanine ligase  26.67 
 
 
322 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  29.07 
 
 
308 aa  71.2  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  29.27 
 
 
308 aa  70.5  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  25.19 
 
 
366 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 
307 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  31.58 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0922  D-alanyl-alanine synthetase A  28.24 
 
 
382 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 
307 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  27.51 
 
 
313 aa  70.1  0.00000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6169  D-alanine--D-alanine ligase  27.27 
 
 
329 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0498246 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1664  D-alanine--D-lactate ligase  22.95 
 
 
341 aa  70.1  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  30.14 
 
 
302 aa  69.7  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  24.9 
 
 
327 aa  69.7  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>