More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4256 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4256  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 339 aa  668    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.231762  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2970  D-alanine--D-alanine ligase  37.36 
 
 		 361 aa  185  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2971  D-alanine--D-alanine ligase  37.64 
 
 		 361 aa  185  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.157266 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  31.3 
 
 		 336 aa  97.4  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  30.97 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  32.2 
 
 		 308 aa  92.8  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  31.82 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  29.74 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  30.99 
 
 		 386 aa  90.5  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  32.58 
 
 		 307 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  34.32 
 
 		 323 aa  89.7  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  32.58 
 
 		 307 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  31.84 
 
 		 307 aa  89.4  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  32.32 
 
 		 307 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  30.88 
 
 		 360 aa  87.8  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  32.57 
 
 		 336 aa  87  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8008  D-alanine--D-alanine ligase  28.21 
 
 		 369 aa  86.3  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  28.52 
 
 		 300 aa  86.3  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  29.49 
 
 		 371 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  29.49 
 
 		 371 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  30.29 
 
 		 367 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  29.49 
 
 		 371 aa  85.9  8e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4219  D-alanyl-alanine synthetase A  28.95 
 
 		 367 aa  85.9  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.899986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  29.2 
 
 		 373 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  29.94 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  28.98 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1414  D-alanine/D-alanine ligase  29.85 
 
 		 346 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  33.19 
 
 		 346 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  33.62 
 
 		 346 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  28.4 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  29.1 
 
 		 373 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  31.87 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  31.87 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  30.8 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  27.27 
 
 		 637 aa  80.1  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  33.98 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1004  D-alanyl-alanine synthetase A  25.28 
 
 		 360 aa  79.3  0.00000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714352 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  27.94 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  30.4 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  28.34 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  31.89 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  31.2 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  32.13 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4044  D-alanine/D-alanine ligase  28.8 
 
 		 384 aa  76.6  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.15517  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  28.07 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  25.42 
 
 		 338 aa  76.6  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  32 
 
 		 731 aa  76.3  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  29.5 
 
 		 354 aa  76.3  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  25.21 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  26.92 
 
 		 340 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  27.21 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  31.89 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  31.7 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  25.07 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0407  D-alanine/D-alanine ligase  29.39 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  26.67 
 
 		 338 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8041  D-alanyl-alanine synthetase A  28.61 
 
 		 394 aa  75.1  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 		 727 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  26.38 
 
 		 363 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  29.43 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  30.34 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  23.4 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  26.53 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  23.76 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 		 728 aa  73.9  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  30.4 
 
 		 728 aa  73.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  28.68 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  29.18 
 
 		 338 aa  73.6  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  24.11 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  27.12 
 
 		 370 aa  72.8  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  30.42 
 
 		 383 aa  72.8  0.000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  29.21 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  23.05 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  25 
 
 		 359 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  29.03 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  29.2 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  23.73 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  23.73 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  25.36 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  28.4 
 
 		 346 aa  71.2  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2841  D-alanine/D-alanine ligase  29.04 
 
 		 362 aa  71.6  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  31.71 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  27.03 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2310  D-alanine/D-alanine ligase  30.35 
 
 		 389 aa  71.6  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0189199  hitchhiker  0.00305681 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  23.73 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  23.32 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  23.73 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  24.5 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  27.52 
 
 		 663 aa  70.5  0.00000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4988  D-alanine/D-alanine ligase  28.61 
 
 		 364 aa  70.5  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.467567  normal  0.084905 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  26.64 
 
 		 743 aa  70.5  0.00000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  25.99 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1501  hypothetical protein  30.62 
 
 		 348 aa  70.5  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5793  D-alanine--D-lactate ligase  26.93 
 
 		 346 aa  70.1  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  23.39 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  31.29 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1363  D-alanine--D-alanine ligase  31.3 
 
 		 376 aa  70.1  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.905553  normal  0.282026 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1331  D-alanyl-alanine synthetase A  29.53 
 
 		 361 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18500  D-alanine--D-alanine ligase  28.31 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.384065  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  32.13 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>