More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1370 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1370  D-alanyl-alanine synthetase A  100 
 
 		 325 aa  667    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.675036  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2618  D-alanyl-alanine synthetase A  67.6 
 
 		 323 aa  450  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07996  D-alanylalanine synthetase  54.94 
 
 		 324 aa  383  1e-105  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5946  D-alanyl-alanine synthetase A  44.04 
 
 		 329 aa  280  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.588243  normal  0.0506502 
 
 
-
 
NC_002950  PG0729  D-alanyl-alanine synthetase A  44.38 
 
 		 330 aa  272  7e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1847  D-alanyl-alanine synthetase A  39.76 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00879872  normal  0.0251209 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  38.66 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  36.17 
 
 		 309 aa  188  9e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  34.85 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  35.42 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  36.86 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 313 aa  176  7e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  31.89 
 
 		 316 aa  174  9.999999999999999e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  34.49 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  34.56 
 
 		 306 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  34.44 
 
 		 627 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  34.81 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0260  D-alanine/D-alanine ligase  32.19 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000015088  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  34.47 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  34.47 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  33.44 
 
 		 317 aa  169  5e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  34.78 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  34.78 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  34.78 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  34.16 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  33.23 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  34.46 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  34.47 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  34.78 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  34.47 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  34.47 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  32.81 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  33.23 
 
 		 311 aa  166  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  33.02 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  32.23 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  32.92 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  32.92 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  32.29 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  33.02 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  32.29 
 
 		 304 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  32.29 
 
 		 304 aa  164  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  31.78 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  32.29 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  33.43 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  31.97 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  31.35 
 
 		 304 aa  162  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  33.13 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  33.75 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  31.89 
 
 		 304 aa  161  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  31.32 
 
 		 363 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  30.35 
 
 		 363 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  32.8 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  30.34 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  36.45 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  31.88 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  30.59 
 
 		 360 aa  156  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  32.32 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  34.44 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  34.44 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  34.44 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  32.62 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  33.12 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  33.12 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  32.62 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  32.23 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1522  D-alanine--D-alanine ligase  29.15 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0539481  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1312  D-alanine--D-alanine ligase  29.15 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0281442  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  30.89 
 
 		 331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0523  D-alanine/D-alanine ligase  32.24 
 
 		 344 aa  153  4e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.346273  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1402  D-alanyl-alanine synthetase A  31.59 
 
 		 355 aa  152  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  30.06 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  32.91 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  32.91 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3468  D-alanine--D-alanine ligase  33.02 
 
 		 313 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00570253  hitchhiker  0.00196625 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  30.89 
 
 		 331 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  32.6 
 
 		 333 aa  152  8.999999999999999e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  29.39 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  31.66 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  30.86 
 
 		 366 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  31.5 
 
 		 364 aa  151  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0488  D-alanine--D-alanine ligase  32.38 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0391876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  31.93 
 
 		 376 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  31.08 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  30.35 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  32.5 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  32.94 
 
 		 336 aa  150  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14921  D-alanyl-alanine synthetase A  30.79 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9048  D-alanine/D-alanine ligase  30.7 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.499515  normal  0.480227 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  31.04 
 
 		 376 aa  149  5e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  29.97 
 
 		 365 aa  149  6e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  30.06 
 
 		 364 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  30.06 
 
 		 364 aa  149  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  30.06 
 
 		 364 aa  149  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  30.06 
 
 		 364 aa  149  8e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  30.06 
 
 		 364 aa  149  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>