More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1847 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1847  D-alanyl-alanine synthetase A  100 
 
 		 328 aa  668    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00879872  normal  0.0251209 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5946  D-alanyl-alanine synthetase A  53.52 
 
 		 329 aa  379  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.588243  normal  0.0506502 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2618  D-alanyl-alanine synthetase A  40.8 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0729  D-alanyl-alanine synthetase A  40.67 
 
 		 330 aa  249  4e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1370  D-alanyl-alanine synthetase A  39.76 
 
 		 325 aa  246  4e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.675036  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07996  D-alanylalanine synthetase  37.77 
 
 		 324 aa  239  5e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  33.63 
 
 		 339 aa  202  5e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  33.62 
 
 		 360 aa  194  1e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  34.2 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  34.76 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  33.71 
 
 		 376 aa  188  1e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  34.27 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  34.1 
 
 		 364 aa  188  1e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  34.56 
 
 		 363 aa  187  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  34.25 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  34.76 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1331  D-alanyl-alanine synthetase A  33.53 
 
 		 361 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  34.76 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  35.49 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  34.45 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  33.94 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  33.94 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  34.77 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  35.02 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  34.15 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  34.78 
 
 		 359 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  34.15 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  34.15 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  34.15 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  33.24 
 
 		 376 aa  182  6e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  34.06 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  34.05 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  34.15 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  33.64 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  33.84 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  32.12 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  35.6 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  34.98 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  31.64 
 
 		 360 aa  177  3e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  32.72 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  32.72 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  34.86 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  32.72 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  33.99 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  32.01 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  34.56 
 
 		 364 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  32.01 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  34.92 
 
 		 310 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5988  D-alanyl-alanine synthetase A  33.24 
 
 		 355 aa  172  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1004  D-alanyl-alanine synthetase A  30.75 
 
 		 360 aa  171  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714352 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  31.82 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  32.11 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  32.92 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  30.06 
 
 		 371 aa  169  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  33.43 
 
 		 312 aa  169  9e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7137  D-alanine--D-lactate ligase  33.33 
 
 		 348 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5356  D-alanine/D-alanine ligase  34.18 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315218  normal  0.0664489 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0523  D-alanine/D-alanine ligase  32.27 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.346273  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  32.08 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  32.08 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  33.14 
 
 		 367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  32.47 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1485  D-alanine/D-alanine ligase  33.7 
 
 		 367 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.209909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  34.36 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  35.45 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  30.81 
 
 		 370 aa  166  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0585  D-alanine--D-alanine ligase  33.64 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.034882  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  31.46 
 
 		 316 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  35.69 
 
 		 305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  33.74 
 
 		 314 aa  165  9e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1586  D-alanine--D-alanine ligase  30.62 
 
 		 377 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0347832 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  32.82 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  32.44 
 
 		 343 aa  163  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  30.88 
 
 		 365 aa  164  3e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  32.12 
 
 		 316 aa  164  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1664  D-alanine--D-lactate ligase  32.26 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  32.72 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  32.44 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0260  D-alanine/D-alanine ligase  32.72 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000015088  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  31.03 
 
 		 350 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  30.79 
 
 		 373 aa  162  6e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  30.79 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5793  D-alanine--D-lactate ligase  31.61 
 
 		 346 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328939  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0767  D-alanyl-alanine synthetase A  32.34 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  32.57 
 
 		 340 aa  161  1e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3791  D-alanine--D-alanine ligase  31.88 
 
 		 353 aa  161  1e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  33.02 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  34.34 
 
 		 310 aa  161  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  31.91 
 
 		 311 aa  160  4e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  33.04 
 
 		 336 aa  159  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  31.99 
 
 		 313 aa  160  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  33.13 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  32.84 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  32.09 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  32.57 
 
 		 627 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  30.81 
 
 		 361 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  32.09 
 
 		 308 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  32.84 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>