More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0729 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0729  D-alanyl-alanine synthetase A  100 
 
 		 330 aa  676    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5946  D-alanyl-alanine synthetase A  41.95 
 
 		 329 aa  275  8e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.588243  normal  0.0506502 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1370  D-alanyl-alanine synthetase A  44.38 
 
 		 325 aa  272  7e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.675036  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2618  D-alanyl-alanine synthetase A  42.06 
 
 		 323 aa  270  2.9999999999999997e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07996  D-alanylalanine synthetase  39.69 
 
 		 324 aa  253  2.0000000000000002e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1847  D-alanyl-alanine synthetase A  40.67 
 
 		 328 aa  249  4e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00879872  normal  0.0251209 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  36.78 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  37.38 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  34.55 
 
 		 309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  34.17 
 
 		 317 aa  172  9e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  32.31 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  35.02 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  33.94 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0816  D-alanine--D-alanine ligase  30.86 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  33.03 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  31.58 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  33.73 
 
 		 311 aa  159  8e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  31.8 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  31.76 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  31.8 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  32.92 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  32.92 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  32.38 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  30.33 
 
 		 319 aa  156  4e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  32.62 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  30.41 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  31.38 
 
 		 304 aa  156  6e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  32.09 
 
 		 338 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  31.38 
 
 		 304 aa  156  6e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  31.9 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  31.46 
 
 		 360 aa  155  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  31.23 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  33.75 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0661  D-alanine/D-alanine ligase  32.42 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.435945  normal  0.336706 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  30.75 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  30.34 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  30.43 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  31.52 
 
 		 366 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  30.43 
 
 		 306 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  29.23 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  33.76 
 
 		 329 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  33.75 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  30.46 
 
 		 306 aa  152  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  32.26 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  31.16 
 
 		 364 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  33.54 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  31.13 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  31.16 
 
 		 364 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  31.08 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  33.54 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  32.55 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  30.89 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  30.12 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  31.16 
 
 		 364 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  32.71 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  31.05 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  30.11 
 
 		 360 aa  150  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1485  D-alanine/D-alanine ligase  31.83 
 
 		 367 aa  150  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.209909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  31.58 
 
 		 327 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  30.12 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  30.12 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  30.12 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  30.12 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  30.12 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  30.12 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  30.12 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1090  D-alanine/D-alanine ligase  31.58 
 
 		 353 aa  149  7e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  32.41 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  29.59 
 
 		 373 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  30.59 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4044  D-alanine/D-alanine ligase  31.84 
 
 		 384 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.15517  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  32.61 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  32.5 
 
 		 319 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  30.59 
 
 		 364 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  30.9 
 
 		 367 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  29.81 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  30.17 
 
 		 365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  30.12 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  33.44 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  33.44 
 
 		 331 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  31.48 
 
 		 316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  30.34 
 
 		 333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  30.09 
 
 		 316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  30.11 
 
 		 368 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  31.76 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  32.19 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1664  D-alanine--D-lactate ligase  32.27 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  29.97 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  30.75 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  29.38 
 
 		 365 aa  145  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  30.75 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5406  D-alanine--D-alanine ligase  32.1 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  30.75 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  35.86 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  35.71 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>