More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3389 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3389  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
329 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.734796  hitchhiker  0.00462713 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2001  D-alanine--D-alanine ligase  86.93 
 
 
329 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4043  D-alanine--D-alanine ligase  82.32 
 
 
329 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860654  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1283  D-alanine--D-alanine ligase  69.82 
 
 
340 aa  482  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1055  D-alanine--D-alanine ligase  69.82 
 
 
330 aa  479  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6169  D-alanine--D-alanine ligase  69.6 
 
 
329 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0498246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3404  D-alanine--D-alanine ligase  62.73 
 
 
331 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115962  decreased coverage  0.00803245 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  36.39 
 
 
313 aa  168  1e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  36.7 
 
 
327 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  33.63 
 
 
306 aa  160  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  39.18 
 
 
311 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 
308 aa  159  7e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  37.15 
 
 
308 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  35.78 
 
 
327 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  33.53 
 
 
312 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  32.54 
 
 
307 aa  155  7e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  33.75 
 
 
331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  37.96 
 
 
316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  35.83 
 
 
303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  34.76 
 
 
326 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  34.36 
 
 
306 aa  153  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 
317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  32.18 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  33.64 
 
 
331 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  35.65 
 
 
302 aa  150  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  33.04 
 
 
340 aa  150  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  35.22 
 
 
305 aa  149  6e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  33.54 
 
 
329 aa  149  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  37.16 
 
 
302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  34.73 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 
338 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  33.33 
 
 
302 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  33.83 
 
 
314 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  32.72 
 
 
306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  34.91 
 
 
305 aa  145  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  34.04 
 
 
331 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  36.02 
 
 
336 aa  145  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  32.32 
 
 
319 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  33.13 
 
 
319 aa  143  3e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  39.34 
 
 
318 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  34.38 
 
 
346 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  31.48 
 
 
337 aa  143  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  36 
 
 
316 aa  142  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  36.95 
 
 
329 aa  142  7e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  31.6 
 
 
306 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  30.12 
 
 
299 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  32.73 
 
 
310 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  40.17 
 
 
326 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  34.45 
 
 
331 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  32.21 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  32.21 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  37.75 
 
 
301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  31.52 
 
 
308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  32.52 
 
 
306 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  32.03 
 
 
311 aa  140  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  35.15 
 
 
346 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  36.14 
 
 
333 aa  140  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 
334 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  30.98 
 
 
306 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  35.45 
 
 
346 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  33.23 
 
 
332 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 
306 aa  139  7e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  32.21 
 
 
306 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  32.52 
 
 
306 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 
306 aa  139  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  32.1 
 
 
337 aa  139  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 
306 aa  139  7.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  35.61 
 
 
342 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  31.29 
 
 
306 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  31.29 
 
 
306 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 
306 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  31.29 
 
 
306 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  33.23 
 
 
332 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  36.55 
 
 
301 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  39.26 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  31.08 
 
 
309 aa  136  4e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  31.72 
 
 
313 aa  136  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  31.4 
 
 
323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  34.06 
 
 
310 aa  136  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  35.1 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  34.06 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  33.72 
 
 
316 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  31.78 
 
 
325 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  33.03 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  32.62 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  31.5 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  34.57 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  32.71 
 
 
307 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  31.63 
 
 
318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  33.23 
 
 
308 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1521  D-alanine--D-alanine ligase  33.83 
 
 
352 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.435 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4346  D-alanine--D-alanine ligase A  33.53 
 
 
352 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  34.8 
 
 
304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  30.98 
 
 
333 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  32.21 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  32.61 
 
 
324 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  31.6 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  37.66 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3672  D-alanine--D-alanine ligase  32.64 
 
 
364 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  33.02 
 
 
310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>