More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3404 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_3404  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
331 aa  654    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115962  decreased coverage  0.00803245 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6169  D-alanine--D-alanine ligase  62.69 
 
 
329 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0498246 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3389  D-alanine--D-alanine ligase  62.85 
 
 
329 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.734796  hitchhiker  0.00462713 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1055  D-alanine--D-alanine ligase  61.61 
 
 
330 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2001  D-alanine--D-alanine ligase  64.09 
 
 
329 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4043  D-alanine--D-alanine ligase  62.54 
 
 
329 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860654  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1283  D-alanine--D-alanine ligase  59.75 
 
 
340 aa  384  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  34.01 
 
 
340 aa  156  6e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  36.98 
 
 
346 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  36.69 
 
 
346 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  36.12 
 
 
308 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 
313 aa  150  3e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  38.11 
 
 
302 aa  149  6e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  33.83 
 
 
306 aa  146  5e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  35.74 
 
 
302 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  36.44 
 
 
336 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  33.85 
 
 
337 aa  143  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  32.94 
 
 
303 aa  142  6e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  34.39 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  31.45 
 
 
305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  38.74 
 
 
311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  32.3 
 
 
327 aa  139  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  32.04 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  31.68 
 
 
331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  35.68 
 
 
327 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  33.64 
 
 
314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  35.04 
 
 
331 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  32.61 
 
 
337 aa  135  8e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  31.29 
 
 
338 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  34.95 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  34.44 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  32.13 
 
 
303 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  32.15 
 
 
312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  33.04 
 
 
316 aa  134  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 
314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  31.4 
 
 
306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  34.35 
 
 
308 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  32.25 
 
 
304 aa  132  6e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  32.45 
 
 
304 aa  132  6e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  30.15 
 
 
299 aa  132  6.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  31.13 
 
 
303 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  31.07 
 
 
308 aa  132  9e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  29.23 
 
 
319 aa  132  9e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  31.67 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  38 
 
 
311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  32.75 
 
 
316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  33.64 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  31 
 
 
323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  32.94 
 
 
313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  30.77 
 
 
313 aa  129  6e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  33.64 
 
 
308 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  30.86 
 
 
332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3486  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 
311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  30.86 
 
 
332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 
304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  32.15 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 
304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  32.15 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  36 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  30.97 
 
 
311 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  33.58 
 
 
329 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 
304 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  28.44 
 
 
311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7091  D-alanine--D-alanine ligase  32.35 
 
 
314 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.581394  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  33.04 
 
 
317 aa  125  7e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2638  D-alanine--D-alanine ligase  32.33 
 
 
311 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.482426 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  34.88 
 
 
319 aa  125  1e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  31.95 
 
 
313 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  28.48 
 
 
329 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  33.54 
 
 
308 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  29.54 
 
 
308 aa  124  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0452  D-alanine/D-alanine ligase  30.7 
 
 
324 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0742321  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  33.43 
 
 
302 aa  124  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  29.38 
 
 
309 aa  124  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  33.59 
 
 
333 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  38.68 
 
 
301 aa  123  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  28.66 
 
 
334 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  30.15 
 
 
316 aa  122  9e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  33.04 
 
 
313 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  34.55 
 
 
331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  29.88 
 
 
306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  29.88 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  29.43 
 
 
318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  34.01 
 
 
331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2618  D-alanyl-alanine synthetase A  28.66 
 
 
323 aa  120  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4976  D-alanine/D-alanine ligase  32.65 
 
 
319 aa  120  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  30.91 
 
 
326 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  29.17 
 
 
306 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  30.18 
 
 
306 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  30.22 
 
 
306 aa  120  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  29.79 
 
 
306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0260  D-alanine/D-alanine ligase  30.06 
 
 
305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000015088  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  32.7 
 
 
304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  29.79 
 
 
306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1588  D-alanyl-alanine synthetase A  28.36 
 
 
316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000341303  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  38.2 
 
 
301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  30.09 
 
 
306 aa  119  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  30.77 
 
 
308 aa  119  7e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.063714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>