More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4346 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4346  D-alanine--D-alanine ligase A  100 
 
 		 352 aa  720    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1521  D-alanine--D-alanine ligase  99.43 
 
 		 352 aa  715    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3672  D-alanine--D-alanine ligase  88.07 
 
 		 364 aa  638    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  42.82 
 
 		 364 aa  267  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  40.9 
 
 		 367 aa  265  8.999999999999999e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  40.44 
 
 		 366 aa  263  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  42.09 
 
 		 366 aa  259  4e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0922  D-alanyl-alanine synthetase A  44.86 
 
 		 382 aa  258  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5988  D-alanyl-alanine synthetase A  42.7 
 
 		 355 aa  256  6e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  40.88 
 
 		 367 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896032 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0388  D-ala D-ala ligase  39.11 
 
 		 375 aa  253  3e-66  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4219  D-alanyl-alanine synthetase A  43.29 
 
 		 367 aa  249  4e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.899986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  41 
 
 		 368 aa  249  5e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  39.78 
 
 		 366 aa  248  9e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  39.94 
 
 		 363 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  39.43 
 
 		 364 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  39.43 
 
 		 364 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  39.43 
 
 		 364 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  40.06 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  40.06 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  40.06 
 
 		 364 aa  245  9e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  39.71 
 
 		 364 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  40.65 
 
 		 371 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  39.71 
 
 		 364 aa  244  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  40.65 
 
 		 371 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  40.65 
 
 		 371 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  40.17 
 
 		 363 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  39.55 
 
 		 361 aa  243  3e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  39.61 
 
 		 360 aa  243  5e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02772  D-alanyl-alanine synthetase A  41.92 
 
 		 369 aa  241  1e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  41.8 
 
 		 367 aa  241  1e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09160  D-alanyl-alanine synthetase A  41.53 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.616014 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0633  D-alanyl-alanine synthetase A  40.61 
 
 		 371 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  38.71 
 
 		 376 aa  239  6.999999999999999e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  40.66 
 
 		 373 aa  239  8e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  41.6 
 
 		 357 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  38.71 
 
 		 377 aa  238  1e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8008  D-alanine--D-alanine ligase  39.55 
 
 		 369 aa  236  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1308  D-alanyl-alanine synthetase A  43.35 
 
 		 378 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.375804  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  40.11 
 
 		 373 aa  233  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1485  D-alanine/D-alanine ligase  40.82 
 
 		 367 aa  233  5e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.209909  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2841  D-alanine/D-alanine ligase  41.27 
 
 		 362 aa  231  1e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1271  D-alanyl-alanine synthetase A  39.03 
 
 		 353 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1232  D-alanyl-alanine synthetase A  39.03 
 
 		 366 aa  230  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0514331  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1363  D-alanine--D-alanine ligase  40.27 
 
 		 376 aa  230  3e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.905553  normal  0.282026 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  41.8 
 
 		 386 aa  229  4e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  37.81 
 
 		 383 aa  229  4e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1130  D-alanyl-alanine synthetase A  43.53 
 
 		 367 aa  229  8e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.177002 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  37.53 
 
 		 376 aa  228  1e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0107  D-alanyl-alanine synthetase A  37.22 
 
 		 375 aa  227  2e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0129798  hitchhiker  0.000000000349499 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  37.95 
 
 		 359 aa  227  2e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  38.13 
 
 		 372 aa  226  4e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  38.86 
 
 		 376 aa  226  4e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  37.54 
 
 		 362 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  38.11 
 
 		 400 aa  225  9e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4044  D-alanine/D-alanine ligase  40.67 
 
 		 384 aa  224  1e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.15517  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  37.6 
 
 		 363 aa  225  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0872  D-alanyl-alanine synthetase A  38.42 
 
 		 348 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.658926  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2342  D-alanyl-alanine synthetase A  38.33 
 
 		 358 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.958781 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0360  D-alanyl-alanine synthetase A  39.13 
 
 		 367 aa  223  3e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1480  D-alanyl-alanine synthetase A  38.33 
 
 		 360 aa  223  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.351068 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  40.63 
 
 		 383 aa  223  4e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08790  D-alanine--D-alanine ligase  39.44 
 
 		 379 aa  222  8e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0347411  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  40.9 
 
 		 339 aa  222  8e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17261  D-alanyl-alanine synthetase A  38.64 
 
 		 348 aa  222  9e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.82734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  37.9 
 
 		 370 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4592  D-alanine--D-alanine ligase  37 
 
 		 393 aa  221  1.9999999999999999e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79248  normal  0.646635 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2251  D-alanyl-alanine synthetase A  38.21 
 
 		 382 aa  220  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000796375 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  37.85 
 
 		 365 aa  219  3.9999999999999997e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  38.87 
 
 		 351 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2310  D-alanine/D-alanine ligase  38.32 
 
 		 389 aa  218  1e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0189199  hitchhiker  0.00305681 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1586  D-alanine--D-alanine ligase  39.34 
 
 		 377 aa  218  1e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0347832 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  38.59 
 
 		 351 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8041  D-alanyl-alanine synthetase A  38.12 
 
 		 394 aa  217  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2514  D-alanyl-alanine synthetase A  38.86 
 
 		 382 aa  217  2.9999999999999998e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.94876  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1529  D-alanyl-alanine synthetase A  38.55 
 
 		 363 aa  216  4e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  36.11 
 
 		 364 aa  216  5e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  40.11 
 
 		 351 aa  216  5.9999999999999996e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3791  D-alanine--D-alanine ligase  37.54 
 
 		 353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  35.91 
 
 		 362 aa  215  8e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  36.39 
 
 		 367 aa  215  8e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  36.19 
 
 		 360 aa  215  9e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0477  D-alanyl-alanine synthetase A  36.59 
 
 		 378 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000107455  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  36.77 
 
 		 371 aa  212  7e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  37.67 
 
 		 366 aa  212  7.999999999999999e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  36.16 
 
 		 361 aa  212  9e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  36.47 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18500  D-alanine--D-alanine ligase  37.7 
 
 		 371 aa  211  2e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.384065  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2952  D-alanine--D-alanine ligase  39.83 
 
 		 351 aa  211  2e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  36.14 
 
 		 361 aa  210  3e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  36.14 
 
 		 361 aa  210  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  36.14 
 
 		 361 aa  210  3e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  35.89 
 
 		 361 aa  210  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13541  D-alanine--D-alanine ligase  38.44 
 
 		 353 aa  209  4e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.337392  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  35.07 
 
 		 368 aa  209  5e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>