More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4043 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4043  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 
329 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860654  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2001  D-alanine--D-alanine ligase  86.28 
 
 
329 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3389  D-alanine--D-alanine ligase  82.32 
 
 
329 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.734796  hitchhiker  0.00462713 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1055  D-alanine--D-alanine ligase  74.09 
 
 
330 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6169  D-alanine--D-alanine ligase  72.92 
 
 
329 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0498246 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1283  D-alanine--D-alanine ligase  72.26 
 
 
340 aa  482  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3404  D-alanine--D-alanine ligase  62.42 
 
 
331 aa  375  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115962  decreased coverage  0.00803245 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  36.69 
 
 
313 aa  156  4e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  33.53 
 
 
312 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  35.74 
 
 
303 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  33.63 
 
 
307 aa  154  2.9999999999999998e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  33.53 
 
 
308 aa  153  5e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  35.14 
 
 
313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  33.83 
 
 
340 aa  152  7e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  35.17 
 
 
327 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  36.12 
 
 
316 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  37.93 
 
 
336 aa  150  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  33.55 
 
 
305 aa  149  9e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  32.63 
 
 
306 aa  149  9e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  35.28 
 
 
327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  32.83 
 
 
311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  36.78 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  35.37 
 
 
346 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  34.37 
 
 
338 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  34.69 
 
 
331 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  35.06 
 
 
346 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  33.84 
 
 
326 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  34.27 
 
 
331 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  31.86 
 
 
337 aa  142  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  33.54 
 
 
306 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  32.93 
 
 
314 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  31.71 
 
 
309 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  34.27 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 
307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  34.73 
 
 
308 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  34.55 
 
 
308 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 
308 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  36.82 
 
 
329 aa  138  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  32.23 
 
 
317 aa  139  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  33.53 
 
 
316 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  33.44 
 
 
329 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  34.06 
 
 
325 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  32.52 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  32.43 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  34.56 
 
 
302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  35.52 
 
 
302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4346  D-alanine--D-alanine ligase A  33.43 
 
 
352 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  28.75 
 
 
299 aa  137  4e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 
310 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  31.89 
 
 
337 aa  135  8e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  36.12 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  32.6 
 
 
332 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  32 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  32.83 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  32.13 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1521  D-alanine--D-alanine ligase  33.43 
 
 
352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  32.6 
 
 
332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  33.22 
 
 
316 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  35.52 
 
 
333 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  31.96 
 
 
319 aa  133  5e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  38.14 
 
 
301 aa  133  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  33.64 
 
 
308 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  34.26 
 
 
310 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  31.34 
 
 
308 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  38.26 
 
 
301 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.392221 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  32.14 
 
 
306 aa  132  9e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  34.43 
 
 
331 aa  132  9e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  32.92 
 
 
308 aa  132  9e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  32.14 
 
 
306 aa  132  9e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  33.93 
 
 
331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  33.33 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  33.74 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  31.42 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  32.91 
 
 
305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  37.89 
 
 
326 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  32.92 
 
 
314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  32.14 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  32.44 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  32.14 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  32.14 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  31.48 
 
 
333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0260  D-alanine/D-alanine ligase  33.07 
 
 
305 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000015088  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  31.66 
 
 
334 aa  130  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  39.83 
 
 
318 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  32.14 
 
 
306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  34.69 
 
 
313 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  32.14 
 
 
306 aa  129  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1244  D-alanine/D-alanine ligase  33.94 
 
 
316 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00234913  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  31.74 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  35.44 
 
 
311 aa  129  8.000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3582  D-alanine/D-alanine ligase  37.39 
 
 
316 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301963  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  32.8 
 
 
305 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  30.94 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  31.16 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  31.74 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  33.74 
 
 
300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  31.74 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>