More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2001 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2001  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 329 aa  660    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3389  D-alanine--D-alanine ligase  86.93 
 
 		 329 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.734796  hitchhiker  0.00462713 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4043  D-alanine--D-alanine ligase  86.28 
 
 		 329 aa  554  1e-156  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860654  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6169  D-alanine--D-alanine ligase  72.34 
 
 		 329 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0498246 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1283  D-alanine--D-alanine ligase  71.95 
 
 		 340 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1055  D-alanine--D-alanine ligase  70.73 
 
 		 330 aa  483  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3404  D-alanine--D-alanine ligase  63.98 
 
 		 331 aa  388  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.115962  decreased coverage  0.00803245 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  35.47 
 
 		 327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  34.97 
 
 		 327 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  34.23 
 
 		 311 aa  160  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  36.04 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  35 
 
 		 331 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  33.73 
 
 		 306 aa  159  8e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  37.39 
 
 		 308 aa  159  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  33.23 
 
 		 308 aa  159  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2649  D-alanine--D-alanine ligase  37.11 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  36.62 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  34.76 
 
 		 326 aa  156  5.0000000000000005e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  33.53 
 
 		 312 aa  156  6e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  34.94 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  34.89 
 
 		 331 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 		 340 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  33.54 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  32.18 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  34.64 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  35.67 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  33.83 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  34.06 
 
 		 338 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  33.03 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  36.18 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1074  D-alanine/D-alanine ligase  35.45 
 
 		 302 aa  149  9e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.254672  normal  0.307992 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  33.23 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39720  D-alanine--D-alanine ligase  34.63 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  36.04 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  37.25 
 
 		 336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0524  D-alanine--D-alanine ligase  33.64 
 
 		 329 aa  145  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.860729 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  31.95 
 
 		 337 aa  145  8.000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  32.34 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  34.69 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  30.67 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  32.34 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  32.64 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2236  D-alanine--D-alanine ligase  41.42 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0429667  normal  0.174652 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  35.09 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  32.34 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  32.34 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  31.27 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  32.34 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  32.34 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  36.95 
 
 		 329 aa  143  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  35.06 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  36.52 
 
 		 333 aa  142  6e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  32.34 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4572  D-alanine--D-alanine ligase  35.56 
 
 		 331 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  33.96 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  41.42 
 
 		 308 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  34.38 
 
 		 346 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  36.69 
 
 		 346 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  33.95 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  33.54 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  31.75 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  34.76 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  33.54 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  30.35 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  33.53 
 
 		 334 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  36.87 
 
 		 346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  36.1 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9380  D-alanine--D-alanine ligase  38.14 
 
 		 318 aa  139  7e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  32.13 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0921  D-alanine--D-alanine ligase  33.02 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  33.13 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  32.21 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  39.41 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  34.27 
 
 		 627 aa  136  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  39.57 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  32.84 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  38.7 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  32.04 
 
 		 306 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  31.25 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  32.74 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  34.25 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  35.52 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  31.74 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  31.74 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4346  D-alanine--D-alanine ligase A  33.83 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1521  D-alanine--D-alanine ligase  34.12 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.435 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  31.74 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  35.28 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  32.73 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  29.61 
 
 		 371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  32.51 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  29.61 
 
 		 371 aa  133  5e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 		 318 aa  133  5e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  29.61 
 
 		 371 aa  133  5e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  34.97 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  33.44 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5946  D-alanyl-alanine synthetase A  34.55 
 
 		 329 aa  132  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.588243  normal  0.0506502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  35.53 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>