More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3919 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3825  sodium/hydrogen exchanger  83.16 
 
 		 680 aa  1154    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3919  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 682 aa  1370    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0636  cyclic nucleotide-binding protein  42.94 
 
 		 812 aa  489  1e-137  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29184  CPA1 family transporter: sodium ion/proton  30.57 
 
 		 1247 aa  228  3e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0426  Na+/H+ antiporter  32.32 
 
 		 832 aa  194  7e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2082  cyclic nucleotide-binding protein  32.32 
 
 		 832 aa  194  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.584605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2350  cyclic nucleotide-binding protein  32.11 
 
 		 832 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2078  Na+/H+ antiporter  36.68 
 
 		 533 aa  182  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.886185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2454  Na+/H+ antiporter  36.68 
 
 		 533 aa  182  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10409  predicted protein  33.7 
 
 		 368 aa  179  1e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0013  cyclic nucleotide-regulated Na/H exchanger  28.36 
 
 		 874 aa  176  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.969543  normal  0.36884 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3633  sodium/hydrogen exchanger  32.37 
 
 		 531 aa  171  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.544202  normal  0.880072 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2041  Sodium/hydrogen exchanger  34.82 
 
 		 520 aa  169  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.27132 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4011  Na+/H+ antiporter  34.04 
 
 		 521 aa  169  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.276255 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3408  Na+/H+ antiporter NhaP  35.11 
 
 		 399 aa  166  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.435217  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2245  Na+/H+ antiporter, putative  35.13 
 
 		 397 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.207208  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2108  hypothetical protein  32.17 
 
 		 835 aa  165  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1895  sodium/hydrogen exchanger  34.83 
 
 		 397 aa  164  6e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.554149 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3954  Sodium/hydrogen exchanger  29.86 
 
 		 725 aa  159  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48886  predicted protein  27.05 
 
 		 813 aa  160  1e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.515683  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3674  cyclic nucleotide-binding protein  31.17 
 
 		 788 aa  154  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.301148 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4268  sodium/hydrogen exchanger  30.65 
 
 		 703 aa  151  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.199403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4378  sodium/hydrogen exchanger  30.65 
 
 		 703 aa  151  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.746015  normal  0.209778 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0680  sodium/hydrogen exchanger  30.2 
 
 		 705 aa  148  3e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0811  Na+/H+ antiporter  32.95 
 
 		 527 aa  141  3e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2906  Sodium/hydrogen exchanger  29.14 
 
 		 431 aa  133  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6240  Na+/H+ antiporter  25.81 
 
 		 537 aa  132  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.972993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0578  Na+/H+ antiporter  28.34 
 
 		 525 aa  128  3e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0293668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4062  sodium/hydrogen exchanger  26.1 
 
 		 425 aa  127  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000359855  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2253  Na+/H+ antiporter  28.42 
 
 		 526 aa  125  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0325  Na+/H+ antiporter  28.21 
 
 		 537 aa  125  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.201623  normal  0.0465423 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1264  Na+/H+ antiporter  29.53 
 
 		 547 aa  124  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.380967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2874  Na+/H+ antiporter  27.92 
 
 		 531 aa  123  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000139579  normal  0.0106447 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3510  Na+/H+ antiporter  25.68 
 
 		 534 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0652  Na+/H+ antiporter  29.06 
 
 		 436 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0170  Na+/H+ antiporter  25.05 
 
 		 524 aa  120  7e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0441  sodium/proton antiporter  29.1 
 
 		 425 aa  120  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5646  Na+/H+ antiporter  27.01 
 
 		 531 aa  120  7.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5690  Na+/H+ antiporter  27.23 
 
 		 527 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.949344 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2630  sodium/hydrogen exchanger  28.16 
 
 		 423 aa  120  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.498782  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0211  Na+/H+ antiporter  28.7 
 
 		 526 aa  118  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603284  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0975  Na+/H+ antiporter  28.7 
 
 		 526 aa  118  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4985  sodium/hydrogen exchanger  26.8 
 
 		 435 aa  119  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0820317  normal  0.370325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3351  sodium/hydrogen exchanger  30.9 
 
 		 420 aa  119  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0244  Na+/H+ antiporter  28.7 
 
 		 526 aa  118  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1388  Na+/H+ antiporter  28.7 
 
 		 526 aa  118  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1585  Na+/H+ antiporter  28.7 
 
 		 526 aa  118  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2698  Na+/H+ antiporter  28.92 
 
 		 526 aa  119  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2552  Na+/H+ antiporter  28.45 
 
 		 526 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4062  Na+/H+ antiporter  26.83 
 
 		 533 aa  118  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2378  Na+/H+ antiporter  25.85 
 
 		 524 aa  117  6e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00588494  normal  0.191499 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03713  hypothetical protein  27.79 
 
 		 427 aa  117  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2566  Na+/H+ antiporter  30.21 
 
 		 526 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0211  Na+/H+ antiporter  27.39 
 
 		 533 aa  117  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.654489 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0546  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  30.58 
 
 		 424 aa  117  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1398  sodium/hydrogen exchanger  26.98 
 
 		 517 aa  115  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1739  Na+/H+ antiporter  27.02 
 
 		 536 aa  115  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.190097 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0906  sodium/hydrogen exchanger  29.81 
 
 		 517 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002354  hypothetical protein  26.63 
 
 		 417 aa  114  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3823  sodium/hydrogen exchanger  29.48 
 
 		 417 aa  113  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0159  Sodium/hydrogen exchanger  29.08 
 
 		 422 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6647  sodium/hydrogen exchanger  26.02 
 
 		 521 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6040  sodium/hydrogen exchanger  29.78 
 
 		 417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.208832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6819  Na+/H+ antiporter  26.21 
 
 		 524 aa  112  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.388749 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0366  Na+/H+ antiporter NhaP  31.28 
 
 		 419 aa  111  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2807  putative Na+/H+ antiporter  28.02 
 
 		 444 aa  111  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.70387  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0534  sodium/hydrogen exchanger  29.82 
 
 		 424 aa  110  9.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0303628 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4810  Sodium/hydrogen exchanger  30.42 
 
 		 419 aa  110  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4948  Na+/H+ antiporter  27.39 
 
 		 527 aa  110  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13620  Na+/H+ antiporter NhaP  30.11 
 
 		 424 aa  110  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.474103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1715  Na+/H+ antiporter  27.74 
 
 		 524 aa  110  1e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1069  Na+/H+ antiporter  28.15 
 
 		 517 aa  109  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0151071 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3451  sodium/hydrogen exchanger  29.3 
 
 		 538 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2626  Na+/H+ antiporter  26.64 
 
 		 537 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000319507  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2665  sodium/hydrogen exchanger  29.3 
 
 		 538 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4485  Na+/H+ antiporter  31.78 
 
 		 534 aa  108  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0101363 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0496  Na+/H+ antiporter  28.45 
 
 		 526 aa  108  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1220  Na+/H+ antiporter NhaP  29.83 
 
 		 424 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181275  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5799  Na+/H+ antiporter  26.94 
 
 		 533 aa  108  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0629  sodium/hydrogen exchanger  30.19 
 
 		 427 aa  107  5e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844683 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2741  sodium/hydrogen exchanger  28.37 
 
 		 426 aa  108  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1143  Na+/H+ antiporter  26.6 
 
 		 534 aa  107  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31800  Na+/H+ antiporter NhaP protein  30.37 
 
 		 423 aa  106  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5023  sodium/hydrogen exchanger  30.47 
 
 		 411 aa  106  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1993  sodium/hydrogen exchanger  28.27 
 
 		 424 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0315  Na+/H+ antiporter  25.67 
 
 		 550 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1377  sodium/hydrogen exchanger  27.65 
 
 		 427 aa  105  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6974  Na+/H+ antiporter  27 
 
 		 528 aa  105  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000126561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1941  sodium/hydrogen exchanger  30.03 
 
 		 422 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0582  Na+/H+ antiporter  26.5 
 
 		 538 aa  104  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.373273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4847  sodium/hydrogen exchanger  29.92 
 
 		 411 aa  104  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0299578  normal  0.108736 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4974  sodium/hydrogen exchanger  29.92 
 
 		 411 aa  104  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1351  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  29.43 
 
 		 435 aa  104  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5941  sodium/hydrogen exchanger  31.25 
 
 		 418 aa  104  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7391  sodium/hydrogen exchanger  26.29 
 
 		 521 aa  104  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.90592  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0253  sodium/hydrogen exchanger  31.27 
 
 		 416 aa  103  7e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0433  sodium/hydrogen exchanger  28.29 
 
 		 420 aa  103  8e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1649  Na+/H+ antiporter  26.73 
 
 		 524 aa  103  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3839  sodium/hydrogen antiporter  24.95 
 
 		 527 aa  102  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3769  Na+/H+ antiporter  27.72 
 
 		 527 aa  102  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>