More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1941 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1941  sodium/hydrogen exchanger  100 
 
 		 422 aa  823    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5941  sodium/hydrogen exchanger  58.05 
 
 		 418 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5869  sodium/hydrogen exchanger  57.8 
 
 		 418 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3823  sodium/hydrogen exchanger  55.12 
 
 		 417 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6040  sodium/hydrogen exchanger  54.37 
 
 		 417 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.208832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3351  sodium/hydrogen exchanger  54.13 
 
 		 420 aa  410  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4495  sodium/hydrogen exchanger  48.55 
 
 		 413 aa  337  1.9999999999999998e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.434433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1902  Na+/H+ antiporter NhaP  43.44 
 
 		 427 aa  318  1e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0607816  normal  0.757338 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1351  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  44.28 
 
 		 435 aa  316  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5804  sodium/hydrogen exchanger  40.95 
 
 		 418 aa  315  7e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0577051  normal  0.596223 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0433  sodium/hydrogen exchanger  41.71 
 
 		 420 aa  314  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4974  sodium/hydrogen exchanger  44.93 
 
 		 411 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4810  Sodium/hydrogen exchanger  43.77 
 
 		 419 aa  300  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0366  Na+/H+ antiporter NhaP  43.23 
 
 		 419 aa  300  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4847  sodium/hydrogen exchanger  44.84 
 
 		 411 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0299578  normal  0.108736 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0629  sodium/hydrogen exchanger  43.3 
 
 		 427 aa  298  1e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844683 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0546  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  40.24 
 
 		 424 aa  296  4e-79  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0323  sodium/hydrogen exchanger  39.28 
 
 		 434 aa  296  5e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5023  sodium/hydrogen exchanger  44.44 
 
 		 411 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1993  sodium/hydrogen exchanger  41.23 
 
 		 424 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2140  hypothetical protein  44.33 
 
 		 437 aa  291  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.387464 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5097  sodium/hydrogen exchanger  42.72 
 
 		 418 aa  291  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161414  normal  0.674736 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0534  sodium/hydrogen exchanger  40.14 
 
 		 424 aa  290  3e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0303628 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5277  Sodium/hydrogen exchanger  42.65 
 
 		 421 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0491  sodium/hydrogen exchanger  43.8 
 
 		 411 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13620  Na+/H+ antiporter NhaP  42.69 
 
 		 424 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.474103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1220  Na+/H+ antiporter NhaP  42.72 
 
 		 424 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181275  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3528  sodium/hydrogen exchanger  37.8 
 
 		 410 aa  267  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.339739  normal  0.944351 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0159  Sodium/hydrogen exchanger  40.88 
 
 		 422 aa  266  4e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0652  Na+/H+ antiporter  39.74 
 
 		 436 aa  264  2e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1783  Na+/H+ antiporter  37.62 
 
 		 415 aa  258  2e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.146431  normal  0.0568049 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0398  Na+/H+ antiporter  37.1 
 
 		 417 aa  253  4.0000000000000004e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0744665  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0253  sodium/hydrogen exchanger  38.33 
 
 		 416 aa  253  6e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31800  Na+/H+ antiporter NhaP protein  40.33 
 
 		 423 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1777  Na(+)/H(+) antiporter NhaP  36.86 
 
 		 417 aa  252  1e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.105994  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002354  hypothetical protein  37.94 
 
 		 417 aa  240  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03713  hypothetical protein  37.06 
 
 		 427 aa  240  4e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1377  sodium/hydrogen exchanger  36.54 
 
 		 427 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0441  sodium/proton antiporter  37.4 
 
 		 425 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2807  putative Na+/H+ antiporter  37.67 
 
 		 444 aa  236  4e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.70387  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2741  sodium/hydrogen exchanger  34.27 
 
 		 426 aa  233  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2928  sodium/hydrogen exchanger  34.07 
 
 		 428 aa  232  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.942918  normal  0.659233 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1366  sodium/hydrogen exchanger family protein  38.48 
 
 		 434 aa  225  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2829  sodium/hydrogen exchanger  38.66 
 
 		 434 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1219  sodium/hydrogen exchanger  37.36 
 
 		 434 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3094  sodium/hydrogen exchanger  37.36 
 
 		 434 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0166581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2911  sodium/hydrogen exchanger  38.38 
 
 		 434 aa  216  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1263  sodium/hydrogen exchanger  37.36 
 
 		 434 aa  216  8e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1296  sodium/hydrogen exchanger  37.36 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1058  sodium/hydrogen exchanger  36.13 
 
 		 428 aa  195  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.484917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3008  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.46 
 
 		 389 aa  186  9e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2078  Na+/H+ antiporter  32.95 
 
 		 533 aa  150  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.886185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2454  Na+/H+ antiporter  32.95 
 
 		 533 aa  150  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4011  Na+/H+ antiporter  35.51 
 
 		 521 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.276255 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3633  sodium/hydrogen exchanger  33.52 
 
 		 531 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.544202  normal  0.880072 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1895  sodium/hydrogen exchanger  31.36 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.554149 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2245  Na+/H+ antiporter, putative  31.36 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.207208  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1264  Na+/H+ antiporter  33.97 
 
 		 547 aa  130  5.0000000000000004e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.380967  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3408  Na+/H+ antiporter NhaP  30.45 
 
 		 399 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.435217  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2041  Sodium/hydrogen exchanger  32.06 
 
 		 520 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.27132 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0811  Na+/H+ antiporter  32.4 
 
 		 527 aa  123  5e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1398  sodium/hydrogen exchanger  30.51 
 
 		 517 aa  121  1.9999999999999998e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3919  cyclic nucleotide-binding protein  31.18 
 
 		 682 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3825  sodium/hydrogen exchanger  30.25 
 
 		 680 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2665  sodium/hydrogen exchanger  31.97 
 
 		 538 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3451  sodium/hydrogen exchanger  31.97 
 
 		 538 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4815  sodium/hydrogen exchanger  32.77 
 
 		 551 aa  113  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0906  sodium/hydrogen exchanger  31.42 
 
 		 517 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6819  Na+/H+ antiporter  31.46 
 
 		 524 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.388749 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1143  Na+/H+ antiporter  30.87 
 
 		 534 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0636  cyclic nucleotide-binding protein  31.56 
 
 		 812 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2253  Na+/H+ antiporter  29.45 
 
 		 526 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1069  Na+/H+ antiporter  28.94 
 
 		 517 aa  99.4  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0151071 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0680  sodium/hydrogen exchanger  29.14 
 
 		 705 aa  97.8  3e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0582  Na+/H+ antiporter  27.94 
 
 		 538 aa  97.8  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.373273 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2350  cyclic nucleotide-binding protein  30.68 
 
 		 832 aa  96.7  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2566  Na+/H+ antiporter  29.15 
 
 		 526 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6240  Na+/H+ antiporter  28.39 
 
 		 537 aa  94.4  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.972993  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0211  Na+/H+ antiporter  26.97 
 
 		 526 aa  94  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603284  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0975  Na+/H+ antiporter  26.97 
 
 		 526 aa  94  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0244  Na+/H+ antiporter  26.97 
 
 		 526 aa  94  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1388  Na+/H+ antiporter  26.97 
 
 		 526 aa  94  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1585  Na+/H+ antiporter  26.97 
 
 		 526 aa  94  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2552  Na+/H+ antiporter  26.97 
 
 		 526 aa  93.6  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2698  Na+/H+ antiporter  26.64 
 
 		 526 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4062  Na+/H+ antiporter  26.32 
 
 		 533 aa  92  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0578  Na+/H+ antiporter  26.05 
 
 		 525 aa  90.5  6e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0293668  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0379  Na+/H+ antiporter  27.72 
 
 		 531 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1466  sodium/hydrogen exchanger  29.27 
 
 		 487 aa  88.2  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.576685  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0183  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  28.8 
 
 		 528 aa  87.4  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.496587 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1739  Na+/H+ antiporter  27.7 
 
 		 536 aa  87.8  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.190097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6647  sodium/hydrogen exchanger  27.55 
 
 		 521 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6974  Na+/H+ antiporter  27.74 
 
 		 528 aa  86.7  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000126561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1343  Na+/H+ antiporter  26.42 
 
 		 532 aa  85.5  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000220901  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1404  Na+/H+ antiporter  26.42 
 
 		 532 aa  85.5  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2874  Na+/H+ antiporter  28.1 
 
 		 531 aa  84.3  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000139579  normal  0.0106447 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0871  sodium/hydrogen exchanger  29.27 
 
 		 511 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0530872  hitchhiker  0.00104579 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0170  Na+/H+ antiporter  27.12 
 
 		 524 aa  84.3  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4062  sodium/hydrogen exchanger  26.78 
 
 		 425 aa  84  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000359855  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5799  Na+/H+ antiporter  26.58 
 
 		 533 aa  84  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>