More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1841 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1841  hypothetical protein  100 
 
 		 446 aa  924    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.288478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1370  hypothetical protein  45.59 
 
 		 426 aa  374  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1376  hypothetical protein  42.53 
 
 		 431 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1842  hypothetical protein  28.17 
 
 		 457 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3282  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  33.22 
 
 		 449 aa  151  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.622718  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4946  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.38 
 
 		 444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3787  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.15 
 
 		 445 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0617311  normal  0.585556 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1411  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.69 
 
 		 452 aa  143  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1482  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.8 
 
 		 467 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0769543  normal  0.0469616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0869  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.68 
 
 		 443 aa  143  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5145  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.66 
 
 		 442 aa  142  9e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.603584  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1441  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.14 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.793132  normal  0.012799 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2098  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.57 
 
 		 442 aa  139  8.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1765  6-aminohexanoate-dimer hydrolase lipoprotein  31.34 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.431055  normal  0.446623 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0338  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.49 
 
 		 446 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.691557  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.4 
 
 		 395 aa  134  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2020  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.48 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1974  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.48 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624159  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2107  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.18 
 
 		 420 aa  133  6e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0139547  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3101  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.08 
 
 		 419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0260575  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3306  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.8 
 
 		 419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0177135  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3346  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.08 
 
 		 419 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3323  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.53 
 
 		 419 aa  130  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3087  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.19 
 
 		 419 aa  130  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.641141  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2807  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.15 
 
 		 448 aa  129  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0455053  normal  0.617954 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2998  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.07 
 
 		 419 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520876  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0655  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.22 
 
 		 397 aa  129  9.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3310  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.77 
 
 		 419 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2128  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.29 
 
 		 439 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3290  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.92 
 
 		 446 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.69 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.792193 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3014  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.72 
 
 		 419 aa  125  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00694763  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1926  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.22 
 
 		 419 aa  123  7e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3316  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.45 
 
 		 419 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2084  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.59 
 
 		 391 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113455  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4468  putative Beta-lactamase family protein  27.91 
 
 		 389 aa  120  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1945  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.81 
 
 		 430 aa  116  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0642639  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11737  hydrolase  26.5 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.19965e-18  normal  0.71078 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0916  hypothetical protein  27.99 
 
 		 405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3124  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.6 
 
 		 415 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1793  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.07 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0905  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.52 
 
 		 425 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2025  beta-lactamase  26.62 
 
 		 401 aa  104  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2876  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.93 
 
 		 410 aa  102  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4421  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.84 
 
 		 452 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.819432  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2715  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.23 
 
 		 387 aa  101  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1669  beta-lactamase  27.81 
 
 		 410 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13265  hitchhiker  0.00573007 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1381  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.16 
 
 		 405 aa  99.8  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1472  beta-lactamase  27.63 
 
 		 395 aa  98.2  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.210469  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5936  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.06 
 
 		 430 aa  93.6  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0047  Beta-lactamase  27.05 
 
 		 397 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.705226  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5283  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.96 
 
 		 450 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.236721 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1544  beta-lactamase  26.96 
 
 		 389 aa  91.3  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.518663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0190  beta-lactamase  24.16 
 
 		 476 aa  90.1  7e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1691  beta-lactamase  26.26 
 
 		 380 aa  89.4  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00227097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5884  beta-lactamase  25.08 
 
 		 412 aa  88.2  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3144  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25 
 
 		 439 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0215  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.41 
 
 		 419 aa  86.7  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1524  beta-lactamase  25.95 
 
 		 404 aa  86.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00136534  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0984  beta-lactamase  26.54 
 
 		 450 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4213  beta-lactamase  25.62 
 
 		 504 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.780595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6344  hypothetical protein  25.94 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4710  beta-lactamase  27.88 
 
 		 396 aa  82.8  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5459  beta-lactamase  25.82 
 
 		 447 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4867  beta-lactamase  25.82 
 
 		 447 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5403  beta-lactamase  25.82 
 
 		 447 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00345414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0474  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.42 
 
 		 449 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73090  hypothetical protein  25.54 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.129935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3884  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.92 
 
 		 444 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.383079 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2086  putative beta-lactamase  23.47 
 
 		 421 aa  80.1  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114725  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0196  beta-lactamase  26.43 
 
 		 399 aa  79.7  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6213  beta-lactamase  27.31 
 
 		 390 aa  79.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5027  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  22.67 
 
 		 476 aa  78.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.140335  decreased coverage  0.0061347 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2902  beta-lactamase  25.26 
 
 		 413 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.684015  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2177  beta-lactamase  27.56 
 
 		 417 aa  78.2  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1082  beta-lactamase  24.32 
 
 		 384 aa  75.9  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00482001  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5881  beta-lactamase  23.82 
 
 		 475 aa  76.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1494  Beta-lactamase  24.89 
 
 		 505 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0788592  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1284  beta-lactamase  26.48 
 
 		 462 aa  74.7  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.149602  normal  0.973635 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2479  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.49 
 
 		 449 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0029  beta-lactamase  23.68 
 
 		 505 aa  74.3  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.667975  normal  0.0405415 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1634  beta-lactamase  23.79 
 
 		 416 aa  74.3  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.374388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1013  beta-lactamase  24.92 
 
 		 598 aa  73.6  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.373365  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2731  beta-lactamase  25 
 
 		 640 aa  72.4  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4279  beta-lactamase  24.48 
 
 		 400 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0919  beta-lactamase  25.78 
 
 		 405 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.357433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3665  beta-lactamase  24.92 
 
 		 374 aa  71.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0974173 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1123  hypothetical protein  24.42 
 
 		 371 aa  71.2  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2861  beta-lactamase  24.89 
 
 		 530 aa  71.6  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2638  beta-lactamase  23.91 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1119  hypothetical protein  24.35 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03585  hypothetical protein  24.84 
 
 		 383 aa  69.7  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.45249  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  27.9 
 
 		 582 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1949  beta-lactamase  23.2 
 
 		 486 aa  68.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5369  beta-lactamase  28.45 
 
 		 432 aa  68.2  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.545883 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2312  beta-lactamase  29.47 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3232  beta-lactamase  22.18 
 
 		 382 aa  67  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0255  beta-lactamase  23.15 
 
 		 503 aa  66.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1234  beta-lactamase  23.51 
 
 		 519 aa  65.5  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.565811  normal  0.301621 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4788  beta-lactamase  26.23 
 
 		 400 aa  64.3  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.416977  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>