144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1842 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1842  hypothetical protein  100 
 
 		 457 aa  948    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1376  hypothetical protein  30.47 
 
 		 431 aa  189  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1841  hypothetical protein  28.17 
 
 		 446 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.288478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1370  hypothetical protein  29.08 
 
 		 426 aa  161  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4468  putative Beta-lactamase family protein  24.51 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1411  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.1 
 
 		 452 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4946  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.6 
 
 		 444 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1482  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.88 
 
 		 467 aa  99.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0769543  normal  0.0469616 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2084  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.09 
 
 		 391 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113455  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1441  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.16 
 
 		 467 aa  96.7  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.793132  normal  0.012799 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1381  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.45 
 
 		 405 aa  95.9  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3787  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.78 
 
 		 445 aa  96.3  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0617311  normal  0.585556 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0215  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.19 
 
 		 419 aa  94.4  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2715  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.48 
 
 		 387 aa  94.4  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0869  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.28 
 
 		 443 aa  94  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1765  6-aminohexanoate-dimer hydrolase lipoprotein  22.77 
 
 		 397 aa  91.7  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.431055  normal  0.446623 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2098  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.6 
 
 		 442 aa  90.1  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0916  hypothetical protein  23.56 
 
 		 405 aa  89.4  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3282  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.12 
 
 		 449 aa  88.6  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.622718  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1974  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  21.95 
 
 		 385 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624159  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2020  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  21.95 
 
 		 385 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11737  hydrolase  24.08 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.19965e-18  normal  0.71078 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0338  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.13 
 
 		 446 aa  84.3  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.691557  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0655  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.3 
 
 		 397 aa  82  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4710  beta-lactamase  26.45 
 
 		 396 aa  82  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2807  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.27 
 
 		 448 aa  81.3  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0455053  normal  0.617954 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  21.68 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.792193 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3014  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.86 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00694763  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1669  beta-lactamase  26.37 
 
 		 410 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13265  hitchhiker  0.00573007 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.53 
 
 		 395 aa  80.9  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3323  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.34 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5145  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.08 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.603584  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1472  beta-lactamase  24.5 
 
 		 395 aa  79  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.210469  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3306  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.61 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0177135  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0474  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.18 
 
 		 449 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3232  beta-lactamase  24.84 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3101  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.34 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0260575  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3346  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.34 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0190  beta-lactamase  23.53 
 
 		 476 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2086  putative beta-lactamase  25.55 
 
 		 421 aa  76.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114725  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2998  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.61 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520876  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3087  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.8 
 
 		 419 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.641141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3316  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.52 
 
 		 419 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0196  beta-lactamase  23.65 
 
 		 399 aa  74.3  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1926  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.38 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3290  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.18 
 
 		 446 aa  73.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3310  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.52 
 
 		 419 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3124  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.87 
 
 		 415 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2025  beta-lactamase  22.89 
 
 		 401 aa  72.4  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2107  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.4 
 
 		 420 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0139547  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2177  beta-lactamase  22.22 
 
 		 417 aa  70.9  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5884  beta-lactamase  24.21 
 
 		 412 aa  70.1  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2128  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.03 
 
 		 439 aa  67.4  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0905  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.23 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4867  beta-lactamase  21.73 
 
 		 447 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5459  beta-lactamase  21.26 
 
 		 447 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1945  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.48 
 
 		 430 aa  64.7  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0642639  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5403  beta-lactamase  21.26 
 
 		 447 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00345414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0984  beta-lactamase  23.29 
 
 		 450 aa  63.5  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1524  beta-lactamase  24.03 
 
 		 404 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00136534  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2479  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.51 
 
 		 449 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1793  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.13 
 
 		 408 aa  62  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0919  beta-lactamase  24.24 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.357433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3884  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.44 
 
 		 444 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.383079 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1544  beta-lactamase  24.36 
 
 		 389 aa  60.1  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.518663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6417  beta-lactamase  21.6 
 
 		 396 aa  60.1  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.131467  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6213  beta-lactamase  21.97 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1634  beta-lactamase  23.17 
 
 		 416 aa  58.5  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.374388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1691  beta-lactamase  24.37 
 
 		 380 aa  58.2  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00227097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73090  hypothetical protein  18.82 
 
 		 414 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.129935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2902  beta-lactamase  21.22 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.684015  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2876  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  21.91 
 
 		 410 aa  56.2  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  22.65 
 
 		 406 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6344  hypothetical protein  20.45 
 
 		 414 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5936  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.79 
 
 		 430 aa  53.9  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56530  hypothetical protein  23.17 
 
 		 384 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1284  beta-lactamase  22.53 
 
 		 462 aa  52.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.149602  normal  0.973635 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2573  fmtA-like protein, putative  27.5 
 
 		 482 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00911316  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0154  beta-lactamase  27.5 
 
 		 482 aa  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5283  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.2 
 
 		 450 aa  51.2  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.236721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  26.11 
 
 		 447 aa  51.2  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1082  beta-lactamase  22.45 
 
 		 384 aa  50.8  0.00005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00482001  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4421  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  22.76 
 
 		 452 aa  50.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.819432  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  25.41 
 
 		 402 aa  50.8  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  27.07 
 
 		 424 aa  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4213  beta-lactamase  22.48 
 
 		 504 aa  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.780595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5881  beta-lactamase  22.59 
 
 		 475 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1494  Beta-lactamase  22.57 
 
 		 505 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0788592  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  21.23 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1926  beta-lactamase  33.33 
 
 		 387 aa  49.7  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.449475  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1885  hypothetical protein  41.51 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1874  hypothetical protein  41.51 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0627  beta-lactamase  24.19 
 
 		 566 aa  48.9  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1364  beta-lactamase  25.88 
 
 		 574 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.185265  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0934  beta-lactamase  25.14 
 
 		 475 aa  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000419238  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  26.16 
 
 		 410 aa  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4043  beta-lactamase  24.88 
 
 		 361 aa  48.5  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1134  beta-lactamase  25.63 
 
 		 603 aa  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.260461 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  45.61 
 
 		 417 aa  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  29.09 
 
 		 414 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>