More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2084 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2084  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  100 
 
 		 391 aa  797    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113455  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4468  putative Beta-lactamase family protein  54.09 
 
 		 389 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2715  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  42.64 
 
 		 387 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1974  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  36.11 
 
 		 385 aa  208  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624159  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2020  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  36.11 
 
 		 385 aa  208  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1411  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  33.78 
 
 		 452 aa  208  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  34.92 
 
 		 385 aa  206  5e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.792193 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3787  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  34.21 
 
 		 445 aa  202  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0617311  normal  0.585556 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  35.05 
 
 		 395 aa  201  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1441  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  33.24 
 
 		 467 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.793132  normal  0.012799 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1765  6-aminohexanoate-dimer hydrolase lipoprotein  34.06 
 
 		 397 aa  199  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.431055  normal  0.446623 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1482  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.7 
 
 		 467 aa  199  7.999999999999999e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0769543  normal  0.0469616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5145  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  33.16 
 
 		 442 aa  198  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.603584  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2098  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.94 
 
 		 442 aa  196  7e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4946  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  34.08 
 
 		 444 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0869  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.63 
 
 		 443 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2807  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  33.52 
 
 		 448 aa  189  5e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0455053  normal  0.617954 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0655  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  33.7 
 
 		 397 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0338  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.77 
 
 		 446 aa  181  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.691557  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3101  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.95 
 
 		 419 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0260575  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3346  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.95 
 
 		 419 aa  179  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2998  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.51 
 
 		 419 aa  178  1e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520876  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11737  hydrolase  32.33 
 
 		 415 aa  178  1e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.19965e-18  normal  0.71078 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3087  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.78 
 
 		 419 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.641141  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3306  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.58 
 
 		 419 aa  177  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0177135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3323  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.23 
 
 		 419 aa  176  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3014  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.78 
 
 		 419 aa  173  5.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00694763  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3310  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.96 
 
 		 419 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3282  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.59 
 
 		 449 aa  172  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.622718  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2876  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.4 
 
 		 410 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2128  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.01 
 
 		 439 aa  171  2e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3316  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.69 
 
 		 419 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1926  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.48 
 
 		 419 aa  168  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2107  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.43 
 
 		 420 aa  167  4e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0139547  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1945  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.18 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0642639  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3290  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.59 
 
 		 446 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1793  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.56 
 
 		 408 aa  159  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1370  hypothetical protein  29.92 
 
 		 426 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5884  beta-lactamase  31.36 
 
 		 412 aa  146  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2479  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.2 
 
 		 449 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3884  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.2 
 
 		 444 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.383079 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0215  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.62 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1381  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.34 
 
 		 405 aa  132  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0916  hypothetical protein  29.68 
 
 		 405 aa  132  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3144  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.94 
 
 		 439 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5936  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.23 
 
 		 430 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3124  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.83 
 
 		 415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5283  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.9 
 
 		 450 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.236721 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0905  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.57 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1376  hypothetical protein  27.91 
 
 		 431 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1472  beta-lactamase  25.27 
 
 		 395 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.210469  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1544  beta-lactamase  29.21 
 
 		 389 aa  124  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.518663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1524  beta-lactamase  27 
 
 		 404 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00136534  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1669  beta-lactamase  31.09 
 
 		 410 aa  122  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13265  hitchhiker  0.00573007 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2025  beta-lactamase  29.59 
 
 		 401 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1841  hypothetical protein  27.59 
 
 		 446 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.288478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0474  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.69 
 
 		 449 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73090  hypothetical protein  27.25 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.129935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1494  Beta-lactamase  27.12 
 
 		 505 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0788592  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4421  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.25 
 
 		 452 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.819432  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2902  beta-lactamase  25.9 
 
 		 413 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.684015  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1691  beta-lactamase  27.8 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00227097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6213  beta-lactamase  26.32 
 
 		 390 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0919  beta-lactamase  29.66 
 
 		 405 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.357433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6344  hypothetical protein  25.56 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2177  beta-lactamase  32.2 
 
 		 417 aa  104  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0017  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.42 
 
 		 468 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1842  hypothetical protein  28.09 
 
 		 457 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0953  beta-lactamase  29.89 
 
 		 323 aa  98.6  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.062274  normal  0.647225 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56530  hypothetical protein  29.83 
 
 		 384 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1013  beta-lactamase  25.4 
 
 		 598 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.373365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5459  beta-lactamase  26.09 
 
 		 447 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5403  beta-lactamase  26.09 
 
 		 447 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00345414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4917  hypothetical protein  31.03 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.870689  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1634  beta-lactamase  23.4 
 
 		 416 aa  93.6  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.374388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4867  beta-lactamase  26.86 
 
 		 447 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4710  beta-lactamase  27.45 
 
 		 396 aa  92.8  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1289  Beta-lactamase  29.73 
 
 		 359 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0319  putative beta-lactamase  29.67 
 
 		 455 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.833917  normal  0.501894 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0984  beta-lactamase  25 
 
 		 450 aa  90.9  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2731  beta-lactamase  25.16 
 
 		 640 aa  90.1  6e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0047  Beta-lactamase  24.68 
 
 		 397 aa  89  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.705226  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5746  beta-lactamase  28.15 
 
 		 328 aa  88.6  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0186796  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2408  putative Beta-lactamase  29.9 
 
 		 366 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.967786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6417  beta-lactamase  25.47 
 
 		 396 aa  87  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.131467  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4352  hydrolase, putative  29.43 
 
 		 368 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3665  beta-lactamase  28.1 
 
 		 374 aa  86.7  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0974173 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2861  beta-lactamase  25.76 
 
 		 530 aa  86.3  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0282  beta-lactamase  23.95 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0196  beta-lactamase  26.76 
 
 		 399 aa  84  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2638  beta-lactamase  23.87 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2086  putative beta-lactamase  23.1 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114725  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2115  Beta-lactamase  23.4 
 
 		 420 aa  80.9  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269149  normal  0.194976 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4047  Beta-lactamase  29.11 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1082  beta-lactamase  25 
 
 		 384 aa  80.1  0.00000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00482001  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0029  beta-lactamase  24.75 
 
 		 505 aa  79.7  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.667975  normal  0.0405415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0928  beta-lactamase  28.28 
 
 		 359 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1129  beta-lactamase  27.81 
 
 		 372 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03585  hypothetical protein  24.49 
 
 		 383 aa  78.2  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.45249  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5602  beta-lactamase  26.58 
 
 		 475 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.887864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>