183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0984 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0984  beta-lactamase  100 
 
 		 450 aa  930    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2086  putative beta-lactamase  36.47 
 
 		 421 aa  258  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114725  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1441  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.57 
 
 		 467 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.793132  normal  0.012799 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1482  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.33 
 
 		 467 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0769543  normal  0.0469616 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1765  6-aminohexanoate-dimer hydrolase lipoprotein  28.01 
 
 		 397 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.431055  normal  0.446623 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0869  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.89 
 
 		 443 aa  163  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4946  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.33 
 
 		 444 aa  160  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3282  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  31.78 
 
 		 449 aa  159  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.622718  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1411  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.38 
 
 		 452 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2098  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  32.77 
 
 		 442 aa  157  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3787  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.66 
 
 		 445 aa  141  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0617311  normal  0.585556 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1793  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.17 
 
 		 408 aa  138  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0655  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.4 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5145  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.31 
 
 		 442 aa  136  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.603584  normal  0.248455 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2128  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.74 
 
 		 439 aa  137  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  33.57 
 
 		 395 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2876  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  30.52 
 
 		 410 aa  126  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2107  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.02 
 
 		 420 aa  124  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0139547  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2807  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.09 
 
 		 448 aa  123  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0455053  normal  0.617954 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1926  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.03 
 
 		 419 aa  123  7e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3087  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.53 
 
 		 419 aa  123  8e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.641141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3101  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.26 
 
 		 419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0260575  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3346  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.26 
 
 		 419 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3323  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.88 
 
 		 419 aa  121  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3306  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.56 
 
 		 419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0177135  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2998  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.21 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.520876  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1945  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.73 
 
 		 430 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0642639  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3014  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.12 
 
 		 419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00694763  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1974  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.92 
 
 		 385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.624159  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2020  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.92 
 
 		 385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3310  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.24 
 
 		 419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11737  hydrolase  27.08 
 
 		 415 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.19965e-18  normal  0.71078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3144  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.94 
 
 		 439 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.175175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4710  beta-lactamase  26.45 
 
 		 396 aa  113  6e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3290  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.41 
 
 		 446 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1954  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.65 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.792193 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3316  putative 6-aminohexanoate-dimer hydrolase  27.24 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0338  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.01 
 
 		 446 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.691557  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4468  putative Beta-lactamase family protein  26.95 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2715  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.59 
 
 		 387 aa  107  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1472  beta-lactamase  27.42 
 
 		 395 aa  107  6e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.210469  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0215  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  29.13 
 
 		 419 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0916  hypothetical protein  27.06 
 
 		 405 aa  102  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5283  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  24.25 
 
 		 450 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.236721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1376  hypothetical protein  28.22 
 
 		 431 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3884  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.35 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.383079 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4421  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  23.28 
 
 		 452 aa  99.8  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.819432  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1634  beta-lactamase  25.29 
 
 		 416 aa  97.8  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.374388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1381  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.69 
 
 		 405 aa  97.4  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6344  hypothetical protein  26.99 
 
 		 414 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2479  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.32 
 
 		 449 aa  95.5  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2025  beta-lactamase  27.38 
 
 		 401 aa  95.5  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1370  hypothetical protein  24.92 
 
 		 426 aa  92  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3124  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  28.01 
 
 		 415 aa  91.3  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5936  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  26.26 
 
 		 430 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2084  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25 
 
 		 391 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113455  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1669  beta-lactamase  25.85 
 
 		 410 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13265  hitchhiker  0.00573007 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6213  beta-lactamase  25.45 
 
 		 390 aa  89  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1841  hypothetical protein  26.54 
 
 		 446 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.288478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73090  hypothetical protein  26.11 
 
 		 414 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.129935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5884  beta-lactamase  24.53 
 
 		 412 aa  82.8  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1544  beta-lactamase  24.6 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.518663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1494  Beta-lactamase  26.39 
 
 		 505 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0788592  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0919  beta-lactamase  25.93 
 
 		 405 aa  77.8  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.357433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0905  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.31 
 
 		 425 aa  77.4  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0474  6-aminohexanoate-dimer hydrolase  25.37 
 
 		 449 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1524  beta-lactamase  23.82 
 
 		 404 aa  73.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00136534  normal  0.421597 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1013  beta-lactamase  25.51 
 
 		 598 aa  69.3  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.373365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4867  beta-lactamase  24.38 
 
 		 447 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.132295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5459  beta-lactamase  24.38 
 
 		 447 aa  67  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5403  beta-lactamase  24.38 
 
 		 447 aa  67  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00345414 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6417  beta-lactamase  22.35 
 
 		 396 aa  66.6  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.131467  normal  0.356444 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2902  beta-lactamase  23.66 
 
 		 413 aa  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.684015  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1842  hypothetical protein  23.29 
 
 		 457 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1082  beta-lactamase  24.32 
 
 		 384 aa  63.2  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00482001  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0282  beta-lactamase  22.7 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145038  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2177  beta-lactamase  23.41 
 
 		 417 aa  60.8  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0029  beta-lactamase  27.59 
 
 		 505 aa  59.7  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.667975  normal  0.0405415 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0571  beta-lactamase  27.6 
 
 		 406 aa  59.7  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0190  beta-lactamase  22.48 
 
 		 476 aa  58.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2861  beta-lactamase  24.13 
 
 		 530 aa  58.2  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6049  putative Beta-lactamase  24.68 
 
 		 524 aa  58.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2775  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  22.75 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.522634  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2368  beta-lactamase  25.9 
 
 		 530 aa  57.8  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21424  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3068  hypothetical protein  22.32 
 
 		 315 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0375  beta-lactamase  31.06 
 
 		 381 aa  57  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1790  beta-lactamase  24.24 
 
 		 483 aa  57  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0797219 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2426  beta-lactamase  23.23 
 
 		 459 aa  56.2  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00208801  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1289  Beta-lactamase  21.52 
 
 		 359 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0047  Beta-lactamase  23.29 
 
 		 397 aa  54.3  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.705226  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3052  beta-lactamase  22.67 
 
 		 313 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1691  beta-lactamase  24.25 
 
 		 380 aa  53.9  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00227097  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2815  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  22.32 
 
 		 315 aa  53.5  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.22186  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0954  Beta-lactamase  24.41 
 
 		 416 aa  53.5  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  22.67 
 
 		 467 aa  53.5  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2538  beta-lactamase  28.03 
 
 		 416 aa  53.5  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3087  hypothetical protein  23.38 
 
 		 315 aa  53.5  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00657543  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  27.15 
 
 		 582 aa  53.5  0.000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1202  beta-lactamase class C and other pencillin-binding proteins  24.89 
 
 		 340 aa  53.1  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  29.61 
 
 		 740 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>