More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5555 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 642 aa  1325    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  63.4 
 
 		 641 aa  878    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  42.69 
 
 		 651 aa  510  1e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  38.46 
 
 		 638 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  35.99 
 
 		 645 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  35.37 
 
 		 645 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  37.62 
 
 		 671 aa  414  1e-114  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 655 aa  330  6e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  35.68 
 
 		 655 aa  325  2e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  32.64 
 
 		 640 aa  318  1e-85  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  32.91 
 
 		 638 aa  315  9.999999999999999e-85  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.7 
 
 		 633 aa  304  4.0000000000000003e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 664 aa  303  6.000000000000001e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 		 657 aa  298  3e-79  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  32.91 
 
 		 643 aa  295  2e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 		 658 aa  292  1e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 658 aa  292  1e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  31.7 
 
 		 657 aa  286  1.0000000000000001e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  30.67 
 
 		 765 aa  268  2.9999999999999995e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 		 682 aa  253  1e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  30.71 
 
 		 686 aa  246  9e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  30.36 
 
 		 735 aa  238  3e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  28.9 
 
 		 656 aa  237  6e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  28.96 
 
 		 729 aa  231  3e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  27.95 
 
 		 659 aa  229  2e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  29.67 
 
 		 645 aa  227  6e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  30.41 
 
 		 664 aa  225  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  28.39 
 
 		 635 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 		 635 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  30.15 
 
 		 633 aa  213  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 639 aa  211  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.87 
 
 		 626 aa  207  7e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 643 aa  205  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  30.94 
 
 		 679 aa  199  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 757 aa  197  6e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 735 aa  196  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 655 aa  187  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 728 aa  186  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 727 aa  182  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 693 aa  140  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  26.28 
 
 		 580 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 578 aa  138  4e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  27.96 
 
 		 696 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 594 aa  131  3e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  28.02 
 
 		 695 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  25.89 
 
 		 584 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  25.12 
 
 		 695 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  26.46 
 
 		 589 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  27.87 
 
 		 587 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 595 aa  120  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 589 aa  118  3.9999999999999997e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 578 aa  117  5e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  23.53 
 
 		 607 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  23.53 
 
 		 607 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 591 aa  115  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  25.55 
 
 		 587 aa  108  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  25.63 
 
 		 548 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 587 aa  105  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 638 aa  105  3e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  25.81 
 
 		 548 aa  105  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 537 aa  103  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 579 aa  103  9e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  25.18 
 
 		 578 aa  102  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 579 aa  102  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  25.06 
 
 		 533 aa  98.2  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 584 aa  97.8  6e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 539 aa  97.4  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  25.69 
 
 		 573 aa  95.9  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 551 aa  95.9  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.82 
 
 		 534 aa  95.1  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  23.94 
 
 		 540 aa  95.1  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  23.8 
 
 		 560 aa  94  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  25.54 
 
 		 537 aa  94  8e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  25.53 
 
 		 544 aa  93.6  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  22.99 
 
 		 557 aa  93.2  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  23.97 
 
 		 560 aa  91.3  5e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  25.18 
 
 		 554 aa  89.4  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  22.76 
 
 		 577 aa  87.8  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3498  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.15 
 
 		 586 aa  87.4  8e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  23.19 
 
 		 495 aa  86.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  23.11 
 
 		 532 aa  86.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.15 
 
 		 538 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  21.48 
 
 		 631 aa  86.3  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  25.12 
 
 		 529 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1182  extracellular solute-binding protein family 5  25.28 
 
 		 581 aa  86.3  0.000000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.39 
 
 		 532 aa  86.3  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 538 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 494 aa  85.5  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 		 559 aa  85.1  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  23.33 
 
 		 577 aa  84.7  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  23.61 
 
 		 593 aa  84.7  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  24.82 
 
 		 550 aa  84  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 		 597 aa  84  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 492 aa  83.6  0.000000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  24.75 
 
 		 546 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  22.97 
 
 		 536 aa  83.2  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.94 
 
 		 531 aa  83.2  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 565 aa  83.6  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  23.13 
 
 		 544 aa  82.8  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 530 aa  81.6  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>