More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3931 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  56.89 
 
 		 635 aa  733    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  57.05 
 
 		 635 aa  733    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 626 aa  1283    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  57.6 
 
 		 633 aa  763    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  46.21 
 
 		 664 aa  537  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  44.06 
 
 		 639 aa  528  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  45.62 
 
 		 655 aa  501  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  44.62 
 
 		 643 aa  498  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  33.39 
 
 		 664 aa  301  3e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  32.86 
 
 		 638 aa  292  2e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 		 655 aa  277  5e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  32.4 
 
 		 640 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  32.23 
 
 		 655 aa  268  2e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 657 aa  268  2e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  32.57 
 
 		 657 aa  267  4e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.11 
 
 		 633 aa  265  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  31.15 
 
 		 643 aa  261  3e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 		 658 aa  261  4e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  31.26 
 
 		 658 aa  258  3e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  30.12 
 
 		 682 aa  240  4e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  32.33 
 
 		 645 aa  236  7e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  30.64 
 
 		 645 aa  229  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  29.94 
 
 		 686 aa  215  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.69 
 
 		 671 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 642 aa  207  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.16 
 
 		 638 aa  205  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  29.03 
 
 		 651 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 		 735 aa  191  4e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  27.41 
 
 		 641 aa  188  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  29.63 
 
 		 645 aa  184  3e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 765 aa  181  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  29.61 
 
 		 729 aa  178  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  26.2 
 
 		 659 aa  177  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  27.82 
 
 		 656 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  26.62 
 
 		 679 aa  167  6.9999999999999995e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 727 aa  153  8e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 728 aa  152  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 735 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 757 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 693 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  22.47 
 
 		 695 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  23.83 
 
 		 696 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  24.11 
 
 		 695 aa  118  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 578 aa  116  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 573 aa  92  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 539 aa  91.3  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 578 aa  90.9  6e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 584 aa  90.5  9e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  24.56 
 
 		 589 aa  86.3  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 		 578 aa  85.5  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 535 aa  85.5  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.54 
 
 		 535 aa  84.7  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  26.54 
 
 		 535 aa  84.7  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  26.54 
 
 		 535 aa  84.7  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  24.38 
 
 		 534 aa  84  0.000000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  24.94 
 
 		 533 aa  84  0.000000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0567  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.64 
 
 		 592 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 535 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  24.91 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  24.91 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.68 
 
 		 538 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.91 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.91 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  24.91 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.91 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  24.91 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.91 
 
 		 535 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  22.1 
 
 		 579 aa  82.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  24.94 
 
 		 589 aa  82  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.1 
 
 		 526 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.1 
 
 		 526 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.1 
 
 		 526 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0570  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 		 591 aa  81.3  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  25.88 
 
 		 535 aa  80.9  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  23.52 
 
 		 587 aa  80.9  0.00000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  24.94 
 
 		 540 aa  80.5  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  25.88 
 
 		 526 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  24.78 
 
 		 535 aa  80.1  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  25.88 
 
 		 526 aa  80.1  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  21.46 
 
 		 579 aa  77.8  0.0000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  22 
 
 		 591 aa  77.8  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  25.22 
 
 		 535 aa  77.8  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 		 604 aa  76.3  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  23.97 
 
 		 580 aa  74.7  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 538 aa  74.3  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 544 aa  73.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.17 
 
 		 531 aa  72.8  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0566  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.89 
 
 		 593 aa  72  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  22.34 
 
 		 591 aa  72  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0724  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  21.89 
 
 		 593 aa  71.6  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  22.49 
 
 		 546 aa  71.2  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 544 aa  71.2  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0623  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.52 
 
 		 593 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0656  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.52 
 
 		 593 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0713  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.52 
 
 		 593 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00303874 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0197  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 605 aa  70.5  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  21.91 
 
 		 595 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  22.8 
 
 		 607 aa  69.3  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  22.51 
 
 		 587 aa  69.3  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  22.65 
 
 		 594 aa  69.3  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>